引起口氣不清新的原因有很多，除了酒精外，張嘴睡覺、抽菸、喝咖啡，以及在運動中沒有適當補充水分也會引起口臭。腸道疾病也是導致口臭的一大原因，胃病患者的口臭一般是由於胃蠕動異常，胃內食物消化不良，返流到食管引起。胃病性口臭比較明顯，呈酸臭味。更讓人不可思議的是，部分婦女的經前期緊張症候群中也包括口腔異味。
約有一半的人可能會在某一時候遭遇口氣問題。通常我們認為，口氣是由口腔中多餘的細菌引起的，良好的衛生習慣能將細菌控制在一定的範圍之內。一旦蛀牙和牙齦疾病出現則可能導致細菌增加，這些細菌釋放惡臭氣體——被稱為揮發性硫化合物，是導致難聞氣味的原因。另外，舌頭上某些特定的細菌也會引起口氣問題。「至於原因，我們還沒有搞清楚，有些人的舌苔上會生出一些菌斑，這些細菌會釋放討厭的氣味。」費城莫耐爾化學感官中心研究人員喬治·普雷蒂（George Preti）解釋說。但是為什麼有些人有良好的口腔衛生習慣，又不吃辛辣食物，口腔中仍散發出一股難聞的氣味呢？
壓力太大據《每日郵報》報導，如果你經常精神緊張那麼身體副交感神經會處於興奮狀態，這種狀態有助於身體對「戰鬥或逃跑」的情況做出立即回應；而另外一個後果則是反射性地出現消化腺尤其是唾液腺分泌的減少，導致口乾，從而有利於厭氧菌生長，產生口臭。
倫敦新鮮呼吸中心的牙科醫生菲兒·斯特曼（Dr Phil Stemmer）說，「那些由細菌釋放出的氣體原本可以被唾液包含併吞噬的，但如果你有口乾燥症，蒸發的唾液就會讓難聞的氣體釋放出來。此外，細菌可能還會粘在嘴裡，那就更糟了，此時多喝水和咀嚼無糖口香糖能幫助產生更多唾液。」
結石產生口氣的另一個原因是唾液腺結石阻塞唾液腺，唾液腺結石長在人體三對唾液腺（腮腺、舌下腺、頜下腺）中，又叫「涎石」，這是由於唾液過分深稠和細菌入侵，引起炎症，使唾液淤滯，鈣鹽沉澱，聚成結石。「結石大小不等，大如雞蛋，小如芝麻；呈白色、淡黃色或棕黃色，形成時間越長色澤越深，結石阻塞唾液腺導管，阻礙口水的流出，造成口腔乾燥，最後導致口臭。」萊斯特大學醫院的耳鼻喉外科醫生喬治·穆爾蒂（George Murty）。
每當吃飯或飲用酸性飲料，甚至只是聞到酸味時，唾液受到味覺、嗅覺刺激，條件反射使唾液腺分泌大量唾液來幫助消化。由於唾液腺結石堵塞了導管，使得唾液腺分泌的液體不能排出來。於是腮幫子或下巴就像氣球般慢慢鼓起來了，出現脹痛。但是如果結石不大，沒有完全堵住導管，在吃飯後鼓脹會慢慢地癟下去。很明顯，這種疼痛與一般炎症痛不一樣，它最主要的特點是在進食時脹痛，口腔內其他炎症一般不會跟進食有關。所以，進食時腮幫子或下巴脹痛多是唾液腺結石在作祟。
另外一種結石——扁桃體結石也是引起口氣的一個原因，扁桃體位於喉嚨後方，它的形狀看起來像是有裂縫的李子，細菌會在裂縫裡積存下來。如果足夠的微生物和食物碎片被積存下來，就會形成扁桃體結石。這種結石味道很難聞，會導致口臭。如果扁桃體的形狀足夠大，又經常結石，可考慮做去除結石的小手術。若其造成的口臭很嚴重，可考慮做摘除扁桃體的手術。扁桃體分泌液體讓口腔溼潤，但結石會阻止這一點。「這有點像積水腐爛然後變臭，」 穆爾蒂醫生說，「此外石頭本身也產生臭味的細菌。」
漱口水很多人使用漱口水，是想保持口氣清新，保護牙齒。但恐怕你想不到的是，漱口水用不好，卻會導致完全相反的效果——口臭和毀牙。斯特曼醫生說：「許多漱口水中都含有酒精，有些含量高達25%。這主要是為了讓漱口水中的薄荷醇、桉油精等成分發揮作用，並滲透和分解牙菌斑，但同時，酒精還會導致口腔乾燥，破壞保持口腔溼潤的黏液保護層，導致口氣不佳，並引發刺痛感。一些漱口水還會導致牙齒變黃。使用何種漱口水要聽取醫生的建議，例如醫生可能會建議齒齦炎患者使用高氟漱口水。如果沒有牙病，可以用不含酒精的漱口水。另外要注意的是，漱口水中含有的去除牙菌斑成分，在10天內就可以發揮作用，不推薦長期使用。」此外，澳大利亞牙科雜誌2009年發表的研究報告顯示，漱口水中的酒精會使尼古丁等致癌物更容易滲透口腔的保護層，使癌症風險升高。
除了酒精外，張嘴睡覺、抽菸、喝咖啡以及在運動中沒有適當補充水分也會引起口臭。還有患有舍格倫症候群（Sjogren s syndrome）也有這方面的困擾，這是一種主要累及外分泌腺體的慢性炎症性自身免疫病，又名自身免疫性外分泌腺體上皮細胞炎或自身免疫性外分泌病。臨床除有唾液腺和淚腺受損功能下降而出現口乾、眼乾外，尚有其他外分泌腺及腺體外其他器官的受累而出現多系統損害的症狀。其血清中則有多種自身抗體和高免疫球蛋白血症，而口乾也會最終帶來口臭。
「相比一般人，患者更容易出現蛀牙，因為細菌粘在牙齒上並沒有被唾液衝走。」 英國牙醫協會的科學顧問達米安·沃姆斯利教授（Professor Damien Walmsley）說。
吃太多蛋白質口臭是堅持低碳水化合物的飲食方式，如阿特金斯飲食的一個眾所周知的副作用——這是因為在缺乏碳水化合物能量的情況下，肝臟開始分解脂肪來代替，這將產生酮類化學物質，而這種物質有非常明顯的金屬味。這種情況也可能發生在那些未控制的糖尿病患者身上，因為肝臟無法分解糖分，所以分解脂肪來取而代之。
另外，「晚期肝硬化的患者可能會發現自己有口臭，這是因為肝臟不能正常處理來自食物中的營養，它會釋放出具有醚類氣味的化合物。」普雷蒂博士說。
胃腸道疾病也是導致口臭的一大原因，胃病患者的口臭一般是由於胃蠕動異常，胃內食物消化不良，返流到食管引起。胃病性口臭比較明顯，呈酸臭味。慢性胃炎、胃潰瘍都可出現口臭。一旦口腔中出現胃中返流的食物酸味，則說明有胃炎和食管炎存在，需要服藥治療。此外，導致許多胃病的幽門螺桿菌可以直接產生硫化物，引起口臭。長期便秘也可能導致體內毒素沒有及時排出，由此帶來腹脹、口臭等現象。
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