本禮懺文在藏文中名《菩薩墮懺》，亦名三聚經，以所修三事：一者懺悔，二者回向善根，三者隨喜回向，以此三聚得名。宗喀巴大師修頂禮時，親見三十五佛現身空際，而後乃造此修觀儀軌。《入菩薩行論》說，要做這個課誦：《菩薩墮懺》，早晚各持誦三十五佛名三次，具足四力而懺悔。這樣一來，晚上造的惡業，早上加以淨除，白天造的惡業，晚上加以淨除，不再增長，如果做不到這一點，起碼一天終了時，應當用這個方法修懺悔，加以淨除。
宗喀巴實證了菩提道次第，達到圓滿正覺的境地，他完成了好幾十萬次的三十五佛禮拜，每天睡覺還是要拜三十五佛三十五輪。在他的傳記裡並沒有特別強調他修過幾十萬次的金剛薩埵，但是非常強調他拜了很多次十萬拜的三十五佛，可見這個法門是多麼強力的除障法門。
帕繃喀仁波切在《掌中解脫》中解釋，宗喀巴大師之所以能夠帶給有情浩如虛空的利益，是得力於他在三十五佛除障法門上，下過非常深的功夫。不只宗喀巴大師是這樣，許多菩提道次第的傳承上師，包括阿底峽尊者在內，都每天修這個法好幾遍，加上禮拜。據說，甚至當阿底峽尊者示現老邁、衰弱相的時候，仍然每天做幾千次禮拜。宗喀巴大師的上師及其它許多碩學、證量高的傳承祖師也是這樣，做了許多禮拜而在菩提道中開展心性，獲得很高的證量與成就。
三十五佛禮懺法是非常具威力又很重要的淨罪法。如果你不想受苦，就要禮敬三十五佛來淨障。如果你沒有空間可以禮拜，至少可以合掌念誦三十五佛的名號，萬一你有什麼疾病或缺陷，沒有辦法合掌，至少可以用嘴巴念。你一開始念三十五佛的名號，光是念就有非常大的利益。如果你希望修行上有所證悟、有所成就的話，一定要禮敬三十五佛。就算你不追求很高的成就，只是不想要受苦而已，禮敬三十五佛也非常重要。
如果我們希求安樂，不想遭逢困境，修三十五佛法門十分重要。即使為了世俗的成功，獲得今生的安樂，避免困境，真正的解決之道是淨障集資。聰明才智和教育不保證你能成功，那僅是成功的助緣。當聰明而且受了高等教育的人卻事業失敗或找不到工作，這是一個徵兆，顯示他們還沒有淨除惡業──那是障礙的肇因，而且他們沒有造善業、功德，以資獲得他們希求的成功。
即使為了得到世俗的成功，獲得現世安樂，究竟的解決之道也是淨除障礙的因──惡業，以及生起善良的心念，積集資糧──亦即安樂因。可見，毫無疑問地，成辦菩提道次第的證量，成功地開展心性，是何等重要！
基礎的修行法門是淨除惡業以及累積功德，所以我們必須學習淨除惡業及累積廣大功德的各種方法。帕繃喀仁波切在《掌中解脫》中提到，初學者應當下較多功夫在除障上面。除障法門很多，我們應當在最強力的法門上下功夫，使我們有機會儘速成佛。
菩提道次第中舉出六種除障技巧，持誦三十五佛是其中一種。除障的法門之一是持誦佛名，特別是念三十五佛，這是威力十分強力的法門。三十五佛的每一尊佛均示現來去除某一種我們通常會違犯的惡業，使我們的心淨化。持每一尊佛名，都會淨除好幾劫的惡業，這實在是令人難以置信、威力強大的法門。
持這些佛中的一尊佛名會淨除好幾劫的特定惡業，持一尊佛名一次就可以療除所有四百零四種疾病的肇因，無疑地，這個除障法太寶貴了。僅僅持一次佛名所淨除的惡業，便是所有疾病、困境的肇因。持一次佛名就可以淨除所有我可能必須生生世世，百千世不斷經歷的疾病、困難，以及修行的障礙。所淨除的不僅是一個惡業，而是好幾劫的惡業！
即使沒有持誦三十五佛名，光是念一遍發露罪墮的懺悔文，透過好好地發露懺悔罪墮，禪思懺悔文的意義，其威力就足以淨除甚至是五無間罪這種沉重的惡業：殺父、殺母、殺阿羅漢、出佛身血、破和合僧。
宗喀巴大師每天睡覺前都持三十五遍的三十五佛名。宗喀巴大師往往說：「睡覺前持誦三十五佛名三十五遍，我這個比丘就會以舒坦、安樂的心上床睡覺。」這是指不必掛慮惡業或墮入惡趣。如果你每晚睡覺前都能念誦三十五次的三十五佛名號的話，你每天都能以很歡喜、輕安的心入睡。
所以，人人都應該設法把三十五佛名和金剛薩埵的真言背下來。持誦三十五佛名這個修行法門非常重要，而且依宗喀巴大師的傳承，持誦名號是和禮拜一起做。而如果臨睡前能持誦金剛薩埵的真言，惡業就不會每天倍增。
如果沒有辦法持二十一遍的金剛薩埵長咒的話，建議大家要持二十八遍短咒，以便遏止當天造下的惡業加倍增長，否則，隔天黎明之際，惡業變成兩倍。金剛薩埵的咒不僅可以淨除當天的惡業及今生以來的惡業，還可以淨除過去生以來的諸惡業。
帕繃喀仁波切說，我們死的時候，應當使自己的心舒坦、安樂，這是指死的時候我們應該有不必害怕墮惡趣的信心。使內心舒坦、安樂的方法是修三十五佛除障法。造惡業好比向銀行借款，必須付很高的利息。要遏止由惡業導致的一切苦難，令我們的內心舒坦、安樂，正如帕就喀仁波切說的，務必修三十五佛這個法門。
如果你是出家僧尼，借著每天終了用三十五佛懺悔文做這個圓滿的懺悔，便可淨化當天所破任何戒或所累積的惡業。如果你是比丘，每天終了做這個圓滿的懺悔，你便成為一位清淨的比丘。
律藏中說過，積聚小水滴，可以盈滿一大壺，所以不應對微小的善行或惡行掉以輕心。不要認為微小的惡業沒關係，這相當危險。星星之火足以燎原，如果認為一項微小的惡業太小了便不淨除它，由於一直倍增，它變得愈來愈嚴重，使我們必須受更多更久的苦，實際上，它可能會傷害我們好幾世之久。我們應該連微小的惡業都認出來，並留心加以淨除。教法告訴我們，「智者的惡業縱然重大，會變小，而愚者的惡業雖然微小，卻會變重。」
宗喀巴大師曾經開示：「眾生若欲獲得罪究竟的安樂---解脫成佛，必須具備充分的條件與因緣，其中，最為殊勝難得的，即為暇滿難得的人身；具足暇滿難得的人身，能藉由修持解脫道，從而快速地到達解脫成佛的彼岸。」如同農夫今年受用著去年努力耕種的收穫；而今年辛勤的耕種，方能確保來年生活無虞。吾人此生能獲得暇滿難得的人身，皆根源於過去生中，曾累積殊勝的福德資糧。此生，更當努力令自身的福德累積與增長，來世方能得到更為殊勝的果報。
行者欲邁向解脫成佛的大道，必須圓滿積資淨罪的修持，並藉由虔敬的祈願，方能達成。「積資」即累積福德與智能資糧，此生與來世，欲獲得長壽、富貴、權勢與善好的名聲，乃至終究證得圓滿佛果，均需要累積圓滿的福德與智能資糧。「淨罪」即懺悔與淨除過去生所造作的業障，將累積智能與福德資糧的障礙去除，使各種道次第的證量，能於心續中生起。「虔敬地祈願」即是將自己所累積的智能與福德資糧，回向圓滿菩提，願自己能證得圓滿佛果，以利益無數的有情眾生。若僅是努力的累積資糧，而未能發起「為利眾生願成佛」的心願，則容易在受用福報的同時，卻造作了極大的惡業。此種情形，在行者周遭，有許多鮮明的例子。
修持累積福德與智能資糧最完整的方法，為「七支供養」。在三十五佛禮懺法中，就完整地包含「七支供養」；最後，並將所累積的資糧，回向正確的方向---圓滿菩提。因此，三十五佛禮懺法，完整地涵蓋淨除業障、積聚資糧與發願回向，故亦稱為「三聚經」或「三蘊經」，即根源於此。
密乘行者，欲藉由修持密法，快速地成就圓滿菩提，其關鍵在於是否能精進地作積資淨罪的修持？唯有將業障徹底淨除，心續中，方能產生各種道次第的證量；唯有累積圓滿的智能與福德資糧，方能證得圓滿的佛果。因此，行者殷重地作積資淨罪的修持，精進地修持三十五佛禮懺法，沒有任何的藉口可以拖延。
修持三十五佛禮懺法，須觀想面前虛空有一皈依境，主尊為本師釋迦牟尼佛，佛陀的寶座由大白象所擎舉的寶座（與修持別法，佛陀的寶座由獅子所擎舉，有所不同），其上有蓮花與月輪，周圍有綴滿珍珠的寶幔莊嚴，佛陀具足三十二種妙相，八十種隨好，全身散發如同十萬個太陽般的光芒，如是具足一切威儀，端坐於寶座上。此處觀想佛陀的寶座，由大白象而非獅子所擎舉的原因，在於修持本法的目的，乃是為了淨除業障，而大白象具足極大的力量，以此為修持本法，能淨除一切業障的緣起。珍珠寶幔象徵行者能將心續中的惡業淨除的緣起。
三十四尊佛，前三十尊佛，分別於釋迦牟尼佛的十方（東、西、南、北、東南、西南、東北、西北、上、下），圍繞三周，每一周有十尊佛；最後四尊佛，於圍繞佛陀第四周的東、西、南、北四方安住。諸佛安住的位置與持誦佛號的功德利益，簡列於下：
持誦諸佛佛號的功德利益，系以阿底峽尊者的傳承為依歸；三十五佛的形相，系以宗喀巴大師於「阿喀」地方，閉關修持時，親見三十五佛，遂將三十五佛的形相記錄下來。大師此舉，並非為炫耀自己能親見三十五佛，而是為利益後世眾生，方行此事。一位偉大的修行者，若為利益其它眾生，或許會於適當的時機，示現神通；但若僅以神通誑惑世人，甚至不具足證量，卻自稱有神通，欺騙他人；如此，與佛法大相逕庭，對於後世弟子的修持與佛法的弘揚，將造成極大的傷害。修行能否有成就？關鍵在於心續中的貪、瞋、痴是否已日漸淡薄與清淨，各種道次第的證量是否已漸次生起；而非能看見佛菩薩，或能於天空飛行。宗喀巴大師一生所示現的偉大行儀，雖然具足極為深廣的證量，但大師所展現的外在行為，完全以戒律為依歸；大師的堅持，對於後世弟子的修持與佛法的弘揚，具有卓越且長遠的影響與貢獻。宗喀巴大師所記錄三十五佛的形相與所傳的口訣，完全與經典相符，沒有絲毫違背之處。