民國二十二年（1933）2月5日，一個月黑風高的夜晚，紫禁城內突令戒嚴。一支馱著2千口封條木箱的板車隊從神武門魚貫潛出、蜿蜒綿延，押運者全是一襲黑衣，軍警兩邊荷槍實彈護衛。一場中國近代史上規模最大、搶運最成功、歷史影響最深遠的文物大遷徙拉開了序幕。
九一八事變後，日軍侵華的戰火引起了國民政府對故宮寶物安全的擔憂。故宮博物院院長易培基主張文物南遷避難，院長秘書吳瀛等人反對南遷。反對最厲害的要數古物陳列所所長周肇祥。國寶處置之爭也引發了社會輿論的喧囂，一派主遷，一派反對。胡適、魯迅、徐志摩等人強力反對文物出宮，理由是勢必將造成人心浮動、社會不安。
每天紫禁城外聚滿了來探聽消息的民眾，以文物是否出宮作為判斷時局穩亂的標杆。
1933年1月，日軍突破山海關。亡國可復，物毀難還，文化滅則家國盡滅。代理行政院長宋子文因此做出「北平安靜，原物仍運還」的承諾，決定將故宮文物南遷到上海暫時規避戰火。
就在國寶起運前幾日，故宮古物陳列所所長周肇祥被北平市長下令逮捕，以防他武力劫運。
1933年2月6日，兩列載滿19557箱文物的火車繞開天津，由平漢線轉隴海再轉津浦線，抵達上海。此趟遷運包括價值連城的全套文淵閣《四庫全書》、王羲之的《快雪時晴帖》、翠玉白菜等古籍書畫器物。
文物押運安全級別非常高，一方面避人耳目，躲開日軍轟炸；另一方面沿途還有地方軍隊保護，以防劫匪。車頂架設機槍，車內憲警持槍，至重要關口，車內熄燈。列車在續能時才臨時停車。到達浦口時因未接到正式轉運上海的指示，那志良等押運者為守護文物，只好在列車上居住一月，之後才將文物運往南京朝天宮，其辛苦程度可想而知。
1937年八一三中日淞滬戰役後，「中英庚款董事會」總幹事杭立武緊急面見國防最高委員會秘書長張群，建議將南京朝天宮裡的國寶速速撤至安全地區。張群立刻拍電報請示身在杭州的蔣介石。第二天，張群回復杭立武說總統已批准，同時命令杭立武為國寶大後方遷運負責人。
當時蔣介石為抗戰而投入的軍需物資與費用極高，在財物、運輸方面非常緊張的情況下，蔣介石親批調撥火車貨車車皮，分南北中三路歷經艱險與戰亂，將國寶從南京分運到四川樂山、峨嵋、貴州安順等地安息暫存。
1945年8月抗戰勝利後，分寄各處的文物像流浪的孤兒們一樣，經過殘酷的血與火的洗禮，再次遷移匯聚至重慶，後又越過長江三峽輾轉返回南京歡聚朝天宮闕。
1947年，蔣介石、宋美齡、蔣經國一家三口參觀了在南京舉辦的故宮國寶展覽，眾多展覽的珍寶中，商司母戊大方鼎和周毛公音鼎乃為蔣介石直接經手贈送給故宮博物院的收藏品。
然而，南京朝天宮裡的故宮文物仍然繼續處於戰亂顛簸。
徐蚌會戰後蔣介石就已經考慮撤退地點事宜，擬撤到隔海相望的海南島或臺灣。1948年秋，蔣介石與幕僚討論研究過將故宮寶物如何遷臺事宜。當時的中央圖書館館長蔣復璁與時任教育次長的杭立武在文物遷臺的想法上不謀而合。
據檔案記載，1948年12月31日，杭立武收到兩封信，一封是「總統府代電」公文，公文中蔣介石表示已請海軍軍艦押運3000箱文物赴臺；另一封是蔣介石秘書周憲章的信函，信函提及讓杭立武負責南運文物。
從1948年12月21日到1949年12月9日，故宮文物總共經歷了五次大遷移，最終將38萬件文物與30萬件古籍善本安全運送到臺灣。
據傳，臺北故宮剛落成開館的時候，蔣介石宋美齡夫婦每個禮拜都要蒞臨一次，就像拜訪鄰居似的習慣性地來看一下，看過之後才放心。早在文物存放於北溝庫房那會兒，蔣介石夫婦就經常利用從臺北去日月潭之便，中途就去霧峰北溝休憩一會兒，在庫房門口搬個小桌椅，二人並肩翻閱古籍，怡性情賞名畫。