「九·一八事變」後，日軍侵佔了東北三省，北京故宮博物院所藏文物岌岌可危。為避免故宮文物落入日寇之手，1933年，國民政府決定將故宮館藏文物南遷。但北平各界及普通市民，大多反對南遷，他們召開集會，上街遊行「誓與國寶共存亡」。最後，行政代理院長宋子文代表政府作出承諾"北平安靜,原物仍運還"，此後，近百萬件故宮文物從故宮運出。
故宮文物南遷這批國寶最先存放在上海法租界內，1936年南京的朝天宮文物保存庫建成後，這批文物由遷入南京。
1937年7月7日，抗日戰爭全面爆發。八·一三事變後，日本進攻上海，南京局勢緊張。這批文物再次踏上徵途，為防不測，這批文物一分為三，分別存放。「南線」經重慶轉運到貴州安順存放，「中線」經水路運到重慶，後轉移到樂山存放。「北線」經鐵路卡車輾轉運至四川峨眉存放。途中歷盡艱辛坎坷，險象環生，所幸文物完好無損。
國寶「西遷」途中早在文物運出北京之時，故宮的專家們就找古玩商人學會了文物裝箱的方法：他們選用長三尺、寬高各一尺半的木箱來裝文物，每件文物在裝箱前都用紙、棉花、稻草層層包裹，再用繩子緊緊捆住，避免路途顛簸剮蹭造成損毀，對於字畫這類文物，還需要油紙包裹以防進水。
負責護送文物的部隊，是國民軍精銳部隊改編的二十九師某營，營長陶堅民。1940年陶奉調抗戰前線，繼任營長劉建國。1941年春，該營調走，接任部隊為中央軍委特別工作服務團第五連，連長馮昌運。兩支部隊軍紀嚴明，裝備精良，責任心強，有力地保證了故宮文物轉運安全。
當年存放故宮文物的樂山古佛寺遺址殘碑抗戰結束後，三地存放的文物陸續運回南京。本計劃將文物運回北京，但隨著徐蚌會戰結束，人民解放軍取得決定性勝利，國民黨政權已經搖搖欲墜了。
1948年12月21日，經蔣介石批准，故宮南遷的文物開始運往臺灣，第一批文物由海軍部中鼎輪運送，共計320箱。第二批於1949年1月6日起運，由招商局的海滬輪載運，共運走1680箱，第三批由海軍部崑崙號運輸艦載運，於同月29日出發，共運走972箱。
另外還有中央博物館籌備處852箱文物一併運往臺灣。
蔣中正致杭立武請海軍派艦運送文物赴臺雖然運到臺灣的國寶只佔故宮南遷文物中的四分之一，但大部分都是清宮收藏的精華，包括歷代名畫、書法，清宮內的全部藏書和最精美的宋瓷。其中的翠玉白菜、玉香爐、玉荷葉杯，美輪美奐，精美絕倫，另外還有晉王羲之快雪時晴貼、戰國龍形佩、北宋，都是國寶中的國寶。
本來還有一千餘箱文物待運，但1949年1月21日，蔣介石通電下野，李宗仁擔任代總統後，下令停止文物運臺。至此，故宮文物總共運往臺灣三批2972箱。
快雪時晴帖（晉代）
萬壑松風圖（北宋）
翠玉白菜（清朝）這批文物運臺後，一時找不到足夠大的地方存放，只好先存放在臺中糖廠內。20世紀50年代初，這批珍寶被轉移到臺中霧峰鄉一個叫北溝的小山村存放。
這一放就是15年。直到1962年，臺灣當局才記起這批國寶，在臺北近郊陽明山腳下的外雙溪破土興建了臺北故宮博物院。1965年，新建的博物院落成後，存放在霧峰鄉北溝的文物全部搬往新館。
至此，這些顛沛流離大半個中國的國寶，才算有了一個落腳之處。
臺北故宮博物院故宮文物南遷運臺，形成了今天一個故宮，兩個博物院的局面。兩岸文物大多來自清宮舊藏，雖然分隔兩岸，但隔斷不了兩岸博物院同根同源的聯繫。兩岸藏品都是中華民族文化的遺產，兩岸故宮博物院都堅持弘揚中華文化，在歷史轉折關頭，道路不同，信念卻一樣。
1933年從北京故宮分5批運出的13427箱又64包的文物，經歷南遷、西遷、東歸的顛沛流離後，最終「一分為三」。一部分運往臺灣；一部分建國後回歸北京故宮；另外一部分，至今仍滯留南京。