起初清朝佔臺主要是戰略安全上的考慮，而對於臺灣偏遠荒蠻的觀念並無改變，所以清前期對臺灣的統治極為消極，控制多於經營。為節省行政、治安成本限制人口成長，甚至下達嚴苛的渡臺禁令，這給臺灣發展帶來極大的消極影響。
註：早起漢人移民團體在臺灣分布，由於清中期（尤其嘉慶後）人地矛盾凸顯，沿海仍然有不少移民渡臺，為爭奪各類生存資源，18世紀中到19世紀末，臺灣屢次發生原漢衝突、閩粵械鬥、漳泉械鬥及「頂下郊拼」等各類械鬥。
註：由於清政府公權力不彰，臺灣社會由豪強門閥把持，漢人移民多輕視官府與法令，使社會治安敗壞，械鬥頻傳。臺灣200年來大小民變不斷，圖為林爽文事件（清朝臺灣三大民變之一）。
然而，王朝後期，列強陸續侵略滲透中國，臺灣突然成了緊要的邊疆，清政府再無法忽視臺灣。
兩次鴉片戰爭打破了清朝的大門，臺灣開港通商。對外貿易大為發展，各帝國主義列強勢力亦隨之滲透，東海邊疆頻繁告急。1874年，日本以牡丹社事件為由，派兵3000大舉入臺。
註：牡丹社事件，1871年，琉球貢船歸途遇颱風漂泊臺灣，54人因故被臺灣排灣族原住民馘首，當時臺灣生番為化外之民，不受清朝管轄，而琉球此時同時向清朝和日本兩地進貢，日本以此為藉口出兵臺灣。清朝與日本交涉不力，日軍雖後來撤離臺灣但隨後趁清朝的外交疏忽1879年吞併琉球。
註：臺灣原住民早期分為熟番（漢化較深，生活在西部平原地帶，平鋪族），和生番（未開化，生活在西部，統稱高山族），嚴格來說，清朝版圖並不包括臺灣全島，清朝的統治區與番地有一條界限（土牛界線），圖為法國人畫的清朝實際統治地圖。而日本也是藉此詭辯其討伐原住民與清廷無關。
清王朝終於意識到了臺灣的重要，開始大力經營臺灣。
註：1875年，欽差大臣沈葆楨抵臺。他推行開山撫番的政策，下令開北、中、南三路通往後山，鼓勵漢人入山開墾，至此臺灣東部才逐漸納入清朝版圖，之後經營臺灣的福建巡撫丁日昌也繼承其的現代化政策，修建了臺灣最早的電報線。
1883年中法戰爭爆發，越南和臺灣是中法戰爭的兩個主戰場，臺灣實際統治者，臺灣道道員劉璈率軍積極抗戰。但福建巡撫劉銘傳為打擊政敵，誣告劉璈十八款，導致其被發配黑龍江。
註：劉銘傳，淮軍將領，洋務派骨幹，首任臺灣巡撫，他在臺積極經營，從事建設臺灣鐵路等一系列洋務改革，為臺灣的現代化奠定了深遠的基礎。在中法戰爭期間坐鎮臺北多次擊退法軍，然而他與劉璈（湘系）的派系矛盾終於演化成撫道之爭，雖然劉銘傳最終勝利，但過程中涉及冒功、誣告，這給其的官聲及在臺治跡蒙上了陰影。割讓臺灣後，悲憤交加病死。
註：1885年，中法戰爭結束後，清朝意識到臺灣的重要，提升臺灣的行政層級，將隸屬於福建近兩百年的臺灣獨立改設行省，並任劉銘傳為首任臺灣巡撫。劉銘傳在臺灣積極建設，建成第一條官辦客運鐵路，在臺灣南北普設可通福州的電報線，同時也設立郵政與新式學堂，臺北城的街頭亮起了路燈。在劉銘傳的積極治理下，臺灣成為當時大清帝國近代化程度最高的行省。
然而，此時此刻大清王朝已經日薄西山，表面的龐大終究掩飾不了實際的虛浮，隨之而來的中日甲午戰爭終於打碎了清朝最後一塊遮羞布，而這場戰爭會給臺灣帶來什麼樣的命運？兩岸又是如何走到今天？臺獨的根源究竟是怎的，又為何終將失敗？臺灣的未來在哪裡？請看終章，歷史上的臺灣，沉浮四百年，命運的錯位與迷惘在歷史輪迴的福爾摩薩。