咖啡磨豆機的清潔是一門重要的功課，無論你用的是多麼威猛高貴的磨豆機，還是會有少許咖啡粉殘留，當殘留的咖啡粉越來越多時就會影響後面的萃取，何況還有咖啡油漬、油耗味吃進刀盤裡的問題。
因此無論是隨手清潔還是定期的，磨豆機大保養是絕對必要的！不好好保養，很可能會直接影響你的咖啡品質和縮短機器的壽命。
一、簡單清潔
每次做完咖啡後，隨手清理肉眼可見的殘餘咖啡粉，不定時用粉刷+吹球將殘留的細粉從磨豆機中和出粉口清理掉，擦拭機身，保持磨豆機的乾淨和擺放區域的乾燥。
二、中度清潔
粉刷與吹球一般只能清潔掉外部的殘粉，偶爾可以使用麥片或者專用清潔錠清洗，原理上是麥片和清潔錠帶有的吸附作用將磨豆機內部的油漬和極細粉帶出來。
這裡需要注意的是：使用麥片時要將磨豆機的刻度調大，清潔錠則根據不同牌子決定，調的太細反而會殘留在磨豆機內部。
三、深入清潔
插上咖啡鬥底部的插板，取下咖啡鬥，若咖啡鬥內有剩餘咖啡豆，要將咖啡豆轉移到密封罐內保存，以保持咖啡豆的新鮮度，將咖啡鬥清潔完畢後晾乾放置一旁，關閉電源。
用勺子舀出咖啡磨豆機中剩餘的咖啡豆，擰開固定磨盤的螺絲，取下磨輪。用毛刷和吹球器清潔磨盤和刀片的咖啡粉，若刀鋒已嚴重磨損，建議更換刀片，不然會影響咖啡粉的均勻度與增加細粉從而影響萃取，清潔完畢以後，重新安裝好零件和咖啡鬥，蓋上儲粉器蓋，調節咖啡磨研磨的粗細度，以達到要求。
定期拆解磨豆機，清潔機身全部包括：咖啡鬥、磨盤、刀片是必要的，同樣也是檢查磨豆機有沒有損壞的時機，但建議由專業咖啡師或者維修師傅操作，避免損壞磨豆機核心。