儒家思想成為兩漢時期欽定的正統思想，尊稱孔子為「素王」孔子在中國歷史上影響最大。他在世時，雖然政治上是不得意的，但卻以博學多識而馳名魯國內外。他逝世時，魯哀公在誄詞中尊稱他為「尼父」。戰國時，百家爭鳴，在思想家、政治家中首推孔子和墨子。儒家後學對孔子自然倍加頌揚。孟子曾說:「出乎其類，拔乎其萃，自生民以來，未有盛於孔子也。」荀子則稱孔子是足與「三王」（夏禹、商湯、周武）和周公比德齊名的「聖人」。連法家的韓非子也曾說了「仲尼為政於魯，道不拾遺，齊景公患之」的話。
秦始皇重用新禮樂派，焚書坑儒，但秦僅僅三世十五年而已。漢高祖劉邦於公元前195年過曲阜，以太牢祭祀孔子。漢武帝「罷黜百家，獨尊儒術」以後，《五經》立於學官，儒家思想成為兩漢時期欽定的正統思想，尊稱孔子為「素王」。司馬遷的《史記》中專列了《孔子世家》一篇，並讚譽道:「天下君王至於賢人眾矣，當時則榮，沒則已矣。孔子布衣，傳十餘世，學者宗之。自天子王侯，中國言六藝者折中於夫子，可謂至聖矣！」一種思想和理論一經產生，並發生了社會影響，它就脫離了思想家自己確定的軌道，而聽命於社會歷史的擺布。
儘管這種思想和理論的產生，有其特定的歷史原因和萌發的土壤，但是，這種歷史出發點，並不能決定它一定成為所產生的思想和理論的歷史歸宿點。歷代封建統治者尊孔崇儒是儒家思想有利於統治階級的需要而決定的。因此，隨著社會歷史的演變，儒家後學對孔子的思想既有繼承，又有不同的闡發，以至曲解改變，甚至走向極端。後世以孔子名義來宣傳的儒學思想，是儒學發展史上的一個階段，但這同孔子學說的原貌是不完全相同的。孔子死後的戰國時，「儒分為八」，對社會發生深遠影響的是孟軻為代表的「孟氏之儒」和荀卿（孫卿）為代表的「孫氏之儒」。范文瀾把孟子派劃為「仁義派」，子派為「禮樂派」。
戰國末期，荀子以孔子關於禮樂的學說為主，繼承、綜合了道家和前期法家的理論，並在新的歷史條件下加以改造、提高，形成集先秦諸子之大成的荀學。秦朝時，荀子派戰勝了孟子派。荀子的學生李斯、韓非把他的學說運用秦國，使秦完成統一大業，但他們又片面地發展了荀子思想，提出了專任法術勢的法家理論，導致秦朝的速亡自西漢以來，儒學脫離了原始儒學的階段而進入了經學階段。今文經學大師董仲舒為漢武帝封建大一統的需要，提倡「天人感應說」，作為「五權神授」的理論根據給「陰陽五行說」塗上了濃厚的神秘色彩把西周以來的宗教神秘主義推至新的頂點。董仲舒把歷來講的」五倫」，發展成三綱；即君為臣綱，父為子綱，夫為妻綱，把臣、子、妻置於絕對服從的地位。他說:「王道之三綱，可求於天。」「天者，百神之大君也。」
「三綱」加上「神權」，構成了封建社會的四大繩索，以愚弄世人。後來，這種理論又把孔子所強調的「仁」、「義」、「禮」、「智」「信」五項道德情操揉合為「五常」，成為封建社會的「綱常名教」。因此，漢武帝接受了他的建議而「罷黜百家，獨尊儒術」。「經學」思想成為唯一的正宗思想。東漢時，董仲舒的思想繼續發展為「讖緯神學」。從而把儒家的「六經」神秘化，把儒學思想宗教化，把孔子教主化了劉秀就是利用圖讖奪取政權的。與此同時，以劉歆、揚雄、桓譚、王充等人為代表的古文經學家，反對把孔子神化，認為孔子是「人」，是「君子」而不是神。在漢代，這種思想對阻止今文經學宗教化方面起了積極的作用魏晉時期，王弼、何晏、夏侯玄等開玄學清談風氣，「援老人儒」；繼之稽康、阮籍得出了「越名教而任自然」。
否認儒家禮教的繁瑣形式，以老莊學說理解、注釋儒家經典。玄學是儒學的一種形式或發展階段，實際上是提高了儒家名教的精神境界。隋唐時，佛教盛行。有人「援佛入儒」，吸取了某些佛教哲理作為儒家哲學的養分。陸德明的《經典釋文》就是把《老子》《莊子》列入了經典，打破了經典只在儒家的含義。唐太宗令孔穎達作《五經正義》，從經學史上說，是兩漢、魏晉、南北朝以來經學的統一；從儒學發展史上說，是經學時代的結束和理學時代的開啟。韓愈、柳宗元倡導古文運動，主張從堯舜至孟子一脈相傳的「道統」，提出「文以載道」，反對佛、道。這種思想又被後來理學家們全盤接受，成為經學發展的一個階段。
到了宋代，理學家對「道統」又作了發展，特別是朱熹，把《尚書·大禹謨》中的「人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允執厥中」四句作為「道統」真傳，從而變成了理學「道心」與「人慾」對立的天理人慾說，引出了「存天理，滅人慾」的理學思想。他把孔子強調的德才並重的「舉賢才」的政治理論，曲解為「德勝才謂之君子，才勝德謂之小人」，閹割了孔子的「才」。他所強調的「德」，是要人民俯首貼耳，任令封建政治的壓迫和剝削。同時，他們還強調「三綱」、「五常」為「天理」，婦人有「三從四德」，篡改了孔子主張的夫婦和（睦）的平等的原則。理學不同於經學的是，他們注重發揮儒家哲學的精神實質，並構建了自己的理論體系，而不是支離破碎地拘守章句、訓釋辭義、而在理論上無所建樹。理學上的「道統」，是通過道、釋二家的批判吸收來實現的，從儒家發展史的角度看，無疑是一發展。