從前理解抑鬱症焦慮症就是心理問題，原因可能是易感基因加上壓力造成的，所以治療手段只有心理輔導和處方藥這兩招。但近年的研究指向腸道菌群失衡，通過腸腦軸影響到中樞神經，原因除了壓力外，抗生素的使用，不健康的飲食和生活習慣才是造成抑鬱症和焦慮症的原因。治療抑鬱症關鍵就是腸道，通過健康飲食，對精神健康友好的益生菌（psychobiotics）,益生元(prebiotics)和腸道菌群移植等手段，可以對抑鬱症焦慮症更有效果。
腸道跟中樞神有非常緊密的關係，腸道跟大腦有「專線」聯繫，稱為腸腦軸 （gut brain axis）,而且專線不止一條，最少3條
1 免疫系統：
當腸漏出現或脂肪過多飲食，都會增加血液中的內毒素LPS,刺激免疫系統，血液中的飽和脂肪跟LPS一樣可以刺激細胞的TLR4信號觸發致炎症細胞因子。
2 神經系統：
交集神經和副交集神經都跟腸道有直接聯繫，交集神經掌管人體戰鬥或逃跑機制，例如其中一個作用是減少腸道的蠕動，副交集神經剛好相反，讓腸道放鬆增加腸道的蠕動。腸道產生的化學物質，例如血清素和穀氨酸等，都是神經遞質，雖然一般不能通過健康的血腦屏障，但在血腦屏障因為炎症失效時，可以到達中樞神經。
3 內分泌系統：腸道產生的荷爾蒙，例如多肽YY可以到達中樞神經影響我們的食慾。但腸道分泌的荷爾蒙不單單跟吃有關，現今發現腸道分泌的荷爾蒙超過20種，在中樞神經也有功能。例如飢餓素（ghrelin）可以調整人體的壓力和焦慮感，膽囊收縮素在中樞神經也有受體影響情緒和焦慮。
隨機對照試驗中共納入 66 名經住院治療後擬出院的躁狂患者，隨機將受試分為兩組，兩組受試分別接受為期 24 周的鼠李糖乳桿菌（lactobacillus rhamnosus GG，LGG）結合乳雙歧桿菌 BB-12（Bifidobacterium animalis subsp. lactis strain Bb12）輔助治療（每天一片含以上兩種益生菌藥片）或安慰劑輔助治療。研究使用 Cox 回歸模型對治療組患者復發再住院風險進行統計學處理，益生菌的炎症調節作用則依靠特定免疫球蛋白水平進以表示。試驗開始時收集患者一次數據，以後每四周收集患者數據數據一次。
在為期 24 周的觀察期間，對照組 33 名受試中的 24 名患者出現了復發再住院的情況，而試驗組 33 名受試中僅有 8 名出現了復發再住院（z = 2.63，P = 0.009）。危險函數（hazard function）提示，益生菌在降低因精神障礙再住院風險在時間縱軸上有其顯著優勢（風險比 [HR]= 0.26，95% 可信區間 [95%CI] 為 [0.10，0.69]；P = 0.007）。
這些結果表明益生菌不僅可較好的降低躁狂患者再住院風險，大幅降低躁狂患者復發再住院率，而且益生菌有減少患者再住院天數的作用，實驗中益生菌治療組再住院的 8 名患者再住院平均天數為 2.8 天，而對照組 24 名再住院患者再住院平均天數則達 8.3 天。
2011 年出版的一篇匈牙利科學評論發表了以下觀點：
抑鬱症通常與胃腸道炎症、自身免疫性疾病、心血管疾病和神經退行性疾病同時出現。慢性低度炎症是所有這些疾病的重要促成因素。因此，「抑鬱症可能是慢性炎症症候群的神經精神症狀
許多臨床研究表明，用益生菌、維生素 B 和維生素 D 治療胃腸道炎症的同時也可以通過減少對大腦的促炎刺激，從而改善抑鬱症狀。
另一項研究發現，益生菌鼠李糖乳桿菌對大腦某些區域的GABA（一種抑制性神經遞質，在調節多種生理與心理進程方面具有重大作用）水平以及降低壓力誘導性激素皮質酮方面具有顯著作用。因而緩解了焦慮、抑鬱相關行為。
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LGG是全球聞名的明星菌株，經過科學研究證實，LGG有以下健康功能：平衡腸道菌群、預防呼吸道感染、雙向調節便秘與腹瀉、提高免疫力、預防與促進過敏恢復、預防齲齒、排除毒素。
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