1941年底，在成功偷襲珍珠港後，作為這次事件的總策劃和總導演，山本五十六得到了日本各界的頂禮膜拜，儼然如同軍神一般存在著。
但是，山本自己卻非常清楚，以美國的國力而言，日本取勝只是暫時的，美軍的報復或許很快就會來臨。事實上，他的分析和判斷是完全正確的。
偷襲珍珠港事件，被美國總統羅斯福形容為「最無恥的日子」，他在國會面對全國民眾發表廣播講話:
1941年12月7日，將永遠成為國恥日。美利堅合眾國遭到了日軍突然的、有預謀的進攻，這關係到我們國家的安全和生存。我請求:國會宣布美國和日本之間已處於戰爭狀態。
緊接著，美國參議院以82票對0票，眾議院以388票對1票，即刻對日宣戰。為了鼓舞士氣，羅斯福還下令美軍對日本展開報復，實行「轟炸東京」行動。
為此，美軍太平洋艦隊開始積極籌謀部署，為發動空襲創造條件。而日軍也沒閒著，他們憑藉偷襲珍珠港後取得的軍事優勢，積極在太平洋構築防線，不斷通過潛艇、偵察機和巡邏艦逼近美軍的航母艦隊，嚴密監視其動向。
在這種情況下，美軍只得修改對日本的空襲方案，準備使用B-25大型轟炸機。憑藉飛行高度、續航裡程、攜彈數量等出色的性能，B-25轟炸機是當時實施遠程轟炸的最佳機選。
1942年4月2日，裝載有16架B-25轟炸機的「大黃蜂號」航母在護衛艦艇的伴隨下，從舊金山秘密抵達了距離日本首都東京720海裡的海域。之後，16架轟炸機魚貫起飛，在飛行隊長杜立特的率領下飛向東京，實施轟炸任務。
為了降低被發現的機率，他們採取低空飛行的方式，成功突破了日軍的外圍防線。當飛抵東京、長崎、神戶、橫濱和名古屋等城市後，投擲了大量的炸彈和燃燒彈。
由於攜帶的燃油有限，轟炸編隊已經無法返回航母降落，只得一路向西飛行，最終在中國沿海的浙江一帶迫降。落在我國境內的75名飛行員中，有3人遇難身亡，有8人被日軍俘獲，另外的64人全都被中國當地的百姓所營救脫險。
雖然說，這次轟炸並沒有對日本本土造成太過嚴重的損傷，但羅斯福鼓舞士氣和美軍心理威懾的目標已經實現。此事過後，日本朝野震驚，原來自己的本土並非固若金湯的堡壘。
受此影響，日軍將重點打擊目標選定為美軍的航母。就這樣，「珊瑚海海戰」和「中途島海戰」便相繼爆發了，而山本五十六也開始犯下了致命的錯誤。
在中途島海戰後，日軍通過偷襲珍珠港而積累的微弱優勢徹底不復存在，逐漸喪失了太平洋戰場的主動權。
1943年春，雖然日軍集結重兵並且付出了慘痛的代價，但美國人還是攻佔了南太平洋索羅門群島中的瓜達爾卡納爾島。對此，東京統帥部開始指責海軍作戰不力，山本五十六也遭到了質疑，甚至是批評。
向來狂妄的山本決定親自前往南太平洋同屬於索羅門群島的布幹維爾島，給駐守在那裡的日本海軍和航空兵鼓勁和慰問。4月13日，關於山本即將突訪前線的消息，被以密電的形式發往各部，其中還提到了乘坐的機群和時間。
殊不知，美軍已經可以破譯日軍的密電碼，山本五十六還是悲劇了。作為偷襲珍珠港的元兇巨惡，他被美國人恨之入骨，必欲除之而後快。於是，海軍上將尼米茲迅速同意進行空中攔截，擊落山本的座機。
要想成功攔截並擊落山本的機群，並不是一件容易的事。首先，必須做好隱藏工作，不能被日軍偵察機事先發現；其次，執行攔截任務的戰鬥機必須機動靈活。像美軍常規配備的「野貓」和 「海盜」這兩種戰鬥機，根本無法保證可以完成攔截任務。
最終，美軍選定由洛克希德公司產的雙引擎P-38G「閃電」戰鬥機，並由第339中隊的約翰·麥可少校帶隊執行這次任務。
1943年4月18日的凌晨，18架「閃電」戰鬥機呼嘯升空了，在經過600多公裡的長途飛行後，準時飛抵伏擊區域。在9時45分左右，日軍2架轟炸機在6架零式戰鬥機的護航下「如約」出現了。
面對美軍戰鬥機的突然出現，日軍顯然沒有想到，只得擺好隊形開始「護駕」。而美軍也沒有猶豫，立即開始展開攻擊。不過，他們並不知道山本五十六究竟乘坐哪一架轟炸機。在幾輪攻勢後，一架轟炸機撞進了叢林，而另一架則墜入了海中。
不得不說，冥冥之中自有定數。墜入海中的那架轟炸機乘坐的是山本的參謀長宇垣，他被營救並倖存了下來。而墜入叢林中的那架轟炸機上乘坐的正是山本五十六，他同機上的所有機組人員全部死亡。
消息傳回到國內，日軍高層決定隱瞞死訊，擔心此事會挫傷軍國主義的士氣。反倒是美國，對成功攔截並擊殺山本五十六的事件大肆報導，搞得人盡皆知。無奈之下，日本才不得不公布了山本的死訊。
之後，日軍專門派出搜索隊在叢林中尋找，結果只找到了轟炸機的殘骸，燒焦的遺體根本就無法辨認。於是，日軍只好將這些遺體一併火化後送回了東京。
當這些骨灰被運回日本後，天皇還為山本五十六舉行了隆重的國葬，以彰顯皇國對他的「肯定」。甚至於，全國各地還有上百萬的哀悼者慕名前來「拜鬼」，真實瘋狂至極。
作為一個死硬的軍國主義分子，作為日本海軍的旗幟性人物，山本五十六的下場實屬是罪有應得。
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