鎌倉時代高漲的宗教精神，令佛教界誕生了眾多新宗派。新佛教教團借時局變動的東風，從十四世紀末至十五世紀大幅度擴大陣線，奠定了牢固的大眾基礎。
十五世紀中期，日蓮宗的日親和淨土真宗的蓮如的活動，分別在都市商人階層和地方農民階層中推廣佛教。特別是蓮如領導的本願寺教團，在各地發動了一向宗暴動，勢力迅速壯大，甚至威脅到了武士的統治地位。
如果統計在前近代保持了相對優勢的昭和初期的全國寺院的話,根據各宗派的數據可以看到下列排位順序：真宗以一萬九千多所位居第一、曹洞宗一萬四千所、真言宗萬二千所、淨土宗八千所、臨濟宗六千所、日蓮宗四千九百所、天台宗四千五百所，從新佛教各派佔據壓倒性多數這一點也能了解，這一時代新佛教教團的發展十分顯著。
從貴族信仰發展起來的舊佛教，依靠的是統治階級給予的寺領莊園，而直接抓住民眾的新佛教，巧妙地利用民眾地位上升這一歷史大趨勢，從而取得了這樣的成績。但是，教團外部的發展並非必然象徵著佛教精神在思想上的成長。
恰恰相反，它在很大程度上讓人感覺到，正是因為淡化了開宗鼻祖嚴格的宗風，並與社會現實妥協才得以擴大陣營。
證據就是，儘管教團得到了發展，但十五世紀以後並沒有出現值得稱道的佛教思想發展，大致在這一時期，佛教喪失了在日本思想界的主導地位。佛教美術在這個時代，之所以水平明顯下降，雖然也與新佛教基本上不重視建寺造佛等外在功德不無關係，但不能不看到其中的一個原因在於，新佛教喪失了古代般熱烈的宗教精神，創造優秀佛教美術的能量已經枯竭。
之後，佛教在很長的歲月裡保持了其不可小覷的社會地位，卻難以掩蓋其宗教世俗化的傾向，禪宗文化的內容則如實反映了這一點。臨濟禪得到了以足利將軍為首的統治階級的大力保護，由足利義滿引進宋朝制度並指定的五山禪僧，甚至成了室町幕府的政治顧問，參與政治、外交、貿易等事務，在藝術、學術領域中也扮演起了指導性角色。
禪宗文化在十四和十五世紀文化界所佔的比重雖然很大，但儘是一些對於深化宗教精神不起任何作用的東西，具有諷刺意義的是，禪宗文化的流行，成為宗教文化向世俗文化轉變的第一步。
禪僧的日常修行中，飲食起居無一例外試圖原封不動地再現中國禪宗寺院的規矩。來往於明朝的禪僧們，則熱衷於學習明朝文化。因此，五山禪僧與統治階級密切勾結的結果，是自然而然地為上流社會造就了中國式禪宗文化趣味橫溢的局面。
古代貴族文化失去權威的這一時代，在貴族化了的上層武士面前，作為適合於為其崇高地位裝點門面的新貴族文化，外來性較強的禪宗文化較之從底層發展起來的大眾文化更符合其口味，受到了他們的寵愛。另一方面，在大眾化傾向非常鮮明的室町時代，禪宗那樣的貴族文化之所以受到尊重，其歷史原因應該也是出自上述背景吧。
禪宗文化中，首先必須提到的是五山文化，但可以說它不外乎是游離於日本人現實生活的禪僧們出自賣弄學問的心理而創造的智力遊戲。例如一休的詩歌，甚至赤裸裸地描寫了性，然而他那宗教與文學渾然一體的詩歌也僅停留於反映日本禪文學的獨創境界。玩弄語言文學技巧本身脫離了禪的宗旨，因此，五山文化的繁榮終究不過是禪宗文化世俗化的一個標誌罷了。
其次，在造型美術的領域裡，禪宗文化產生了巨大影響。前面已經闡述了"頂相"，水墨畫的流行也與禪宗有著密切的關係。用單一墨色畫出極度抽象的線條和構圖、從精神角度來表現對象的水墨畫，取代以情趣和色彩為生命的大和繪，成為這個時代畫壇的代表，這意味著它完全切斷了與日本畫既往歷史的聯繫，形成了新的傳統。活躍於十四世紀中期水墨畫初期的畫家默庵以及可翁都是禪僧，他們的主題也以布袋圖、五祖六祖圖等宗教畫居多。
由此可知，水墨畫是禪文化的一個構成元素。進入室町時代以後，雖然在水墨畫的發展史上佔有重要地位的如拙和周文等人均出身禪林，但是繪畫本身逐漸向宗教色彩淡薄、觀賞性強的藝術轉變。
大和繪也與和歌、屏風畫緊密結合在一起，而五山文學中的自然關照，則通過詩畫軸這一形式與繪畫結合，自此開始了真正意義上的宋元風格山水畫的發展。從切斷與日本繪畫傳統的聯繫、專注於學習中國繪畫技法開始起步的水墨畫，不僅在技法上，而且主題、構圖等無一跳出模仿中國畫的框架，究竟在多大程度上體現了日本人藝術的獨特性，並非毫無疑問。
1469年，從明朝回國的雪舟的作品中，終於誕生了令日本人足可自豪的水墨畫傑作。雪舟也努力向夏理等中國畫家學習，這一點與前輩諸多畫家沒有區別。
然而，他不僅全身心成功把握了自然的力量，而且遠離世俗化了的畫壇，居住在豐後、周防等偏遠地區，在與各階層人的廣泛接觸中從事創作，畫出了真正以日本人精神為精神的水墨畫，而不是對中國畫的模仿。通過對空間進行純視覺處理來構成繪畫獨有的造型美，這是雪舟在日本繪畫史上的首創，也是因過度追求藝術趣味而使造型藝術的獨特性稍有欠缺的大和繪中無法見到的，《秋冬山水圖》《山水長卷》等作品便是其中的代表，雪舟不正可以稱為日本最早的個性畫家嗎?
《風濤圖》的作者雪村，也是堪稱在水墨畫的日本化進程中佔據了重要地位的畫家。雖然在氣勢上不及雪舟，但他的《風濤圖》，在冰雪覆蓋的東北地區嚴酷環境中敏銳抓取了激蕩震撼的大自然威力。總之，水墨畫源於禪宗，但在不知不覺中擺脫了宗教意義，獨自發展成表達自然關照的藝術。然而，水墨畫所開創的新造型美學，在追求和漢綜合技法的狩野派手中，與大和繪的色彩主義相融合，成為後來日本畫蓬勃發展的出發點。在繁雜的對象中捨棄並非本質的東西，只以象徵手法將本質的事物表現為單純形象，這就是水墨畫的目標，在大自然中對這一目標進行造型化嘗試的，就是從大約十五世紀開始引人注目的這一時代特有的庭園樣式。
古代貴族嗜好庭園之美，他們在"寢殿造"的住宅中建池、築島，還在他們建造的阿彌陀堂的前庭造池、立石。這種趣味來自室町時代，足利義滿在北山建造的別墅一金閣寺的庭園，其創意似乎與古代淨土教寺院的庭園出自同一源流。但是，室町時代中期以後的禪宗寺院，將廣袤的大自然壓縮在一個狹小的空間，用象徵性手法來加以表現，就此開始了新樣式庭園的建設。如龍安寺的石庭，只在別無他物的白砂石上配置大小不等的十五塊石頭表現大海的意境；大德寺大仙院的庭園，在猶如貓額般狹窄的場地上同樣僅用石塊組合製造出溪水從深山流入谷間的複雜景觀，這些都是出類拔萃的事例。
同時，它們也是在一粒微塵中發現全宇宙生命這一佛教泛神論哲學的藝術表現，所以也許並不能說與宗教無關，不過，也可以說這是禪宗文化脫離宗教特徵向純藝術方向轉化並日趨精湛的典型事例。較之庭園，在與人的日常生活關係更為密切的住宅建築中更是出現了同樣的現象。現代被視為日式榻榻米住宅基本配置的壁龕、擱架、客廳等，無論在古代貴族的"寢殿造"還是鎌倉時代的武家住宅中都尚未出現，它們構成了室町時代末期出現的書院住宅建築的特色，其源流則來自寺院中的僧侶書齋。尤其是生活在現代的我們十分熟悉的"玄關"就來自禪宗的專業術語，從這一點來考量的話，應該說不少方面受到了禪宗寺院的影響。
寺院建築通過書院造而為一般住宅建築所採用，由此可以看到宗教文化世俗化的特徵。書院造的形成，創造出了只有以書院造結構為前提才能理解的各種文化形態。
在這之前，除了禮拜用的佛畫之外，提到用以欣賞的繪畫，不是屏風畫，就是展開在書桌上的畫卷，但是有了壁龕之後，掛軸就能掛在壁龕上欣賞了，掛軸不僅成了日本畫的一個重要形式，而且比屏風畫以及畫卷的形式更加簡易，使日本畫在大眾中比過去更易普及。
花道的形成，如果忽視了與書院造住宅的關係也無從談起。因為壁龕誕生後人們才開始在住宅的客廳裡放置花瓶，有了欣賞插花藝術的場地。在花瓶中插花，本來是供佛的一種禮儀。
平安時代的貴族住宅好像也放置花瓶，他們有插花的場地，但是插花成為一種藝術並開始出現專業的名人還是在進入室町時代以後，從那時起客廳的壁龕用插花來裝飾成為不可或缺的要素。
總之，為了供佛而進行的插花，在不知不覺中其宗教的用途被淡忘，變成了將日常生活藝術化的手段，這一點可以從中理解宗教的世俗化特徵。