蒙古人所崇拜的圖騰有狼、鹿、熊、芒牛、鷹、天鵝、樹木等等。 《蒙古秘史》開篇第一句話這樣寫道：成吉思合罕的祖先是承受天命而生的孛兒帖赤那和妻子豁埃馬蘭勒一同蒙古人所崇拜的圖騰有狼、鹿、熊、芒牛、鷹、天鵝、樹木等等。
此外，受中原漢文化的影響，蒙古民族也崇拜龍，還有的部族有樹木圖騰崇拜、芒牛圖騰崇拜等等。各種圖騰神話反映了蒙古民族特點及與北方各民族、特別是阿爾泰語系各民族神話的許多共通之處，體現出他們之間相互交融的密切聯繫。
狼圖騰
蒙古民族的狼圖騰最早只是古代乞顏部落孛兒只斤氏的圖騰，這在《蒙古秘史》和《蒙古源流》中都有記載。經過數百年演繹，狼圖騰被人們當成了整個蒙古民族的圖騰。
《蒙古秘史》開篇明確寫道：「成吉思合罕的祖先是承受天命而生的孛兒帖赤那（蒼色狼)和妻子豁埃馬蘭勒(白色的鹿）一同過騰汲思海來至斡難河源頭的不兒罕山前住下，生子名巴塔赤罕」。反映了唐代末期，兩個以狼鹿為圖騰的蒙古部落姻族從額爾古納河西遷的重要史實。而《國語·周語》記載：「穆天子西狩犬戎，獲其五王，得四白狼四白鹿以歸」。史學家翦伯贊考證：「白狼白鹿是當時的氏族」。
《蒙古源流》記載，成吉思汗在圍獵中特降旨對「郭斡瑪喇勒」（草黃母鹿）和「布爾特克沁綽諾」（蒼色狼）這兩種野獸放生，可見是作為神獸加以愛護的。《多桑蒙古史》記載，窩闊臺將一頭狼放生希望為自己增壽，不想狼卻遭「獵犬群起齧殺之」。窩闊臺當時就覺得這是個不祥之兆。果然，他不久就去世了。
鹿圖騰
蒙古薩滿認為鹿能顯靈，可以驅魔鎮邪。內蒙古巴爾虎、察哈爾、科爾沁等地區薩滿巫師所戴的帽子都用鐵皮製成鹿角加以裝飾，所用的青銅鏡和法鼓也都刻畫著鹿的形象，說明蒙古先民、特別是森林狩獵民曾以鹿為圖騰神靈。
鷹圖騰
科爾沁右翼杜爾伯特烏爾圖那蘇貝是成吉思汗弟弟哈薩爾的第二十七世孫，他們的氏族自稱是鷹氏族，各代的長子、長孫都以各種鷹來命名。
據《蒙古秘史》中記載，成吉思汗10世祖的小兒子孛端察兒蒙合黑，被4個哥哥拋棄後，走投無路時曾靠一隻鷹捕獵維生，他的後人孛兒只斤氏就把鷹視為救命恩人，當作保護神敬奉起來。而鐵木真在稱汗之前，曾被他的「安達」（兄弟般的摯友）札木合所陷害，也是一隻獵鷹救了他。
蒙古薩滿傳統認為，海青是天的神鳥使者，它受命降到人間和部落頭領成婚，生下一個美麗的女孩，把她培養成了世界上最早的「渥都根」(女巫師)。而布裡亞特的薩滿神話傳說中，男薩滿的最早化身也與鷹有血緣關係。
熊圖騰
布裡亞特和達爾哈特人常稱熊為祖先、神聖的，稱呼熊「斡拖葛」，意思是長者、老人，他們認為人是從熊變來的，並直呼熊為祖父、父親、祖先，這正是人們把熊看成與自己有血緣親屬關係的表現，所以才用相應的親屬稱謂稱呼它們，像親屬一樣對待它們。達爾哈特人在獵熊時遵循一套非常特殊的習俗和禮儀，如公熊四季均可捕獵，母熊則不然，要等到它生養了小熊，春天走出洞穴之後才開始捕獵等等。
捕捉熊以後，分吃熊頭肉，似是古代原始人「圖騰聖餐」習俗的遺留。在原始人看來，用圖騰的血和肉作為聖餐，更能鞏固他們與圖騰的親密關係，重新獲得圖騰的靈威。
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