食用酵素的生產對環境、設備、質量管控都有很高的要求，不是一般家庭自製能實現的。
自製酵素在選材、製作、細菌控制等環節無法做到科學管理，做出來的酵素風險很大，主要有以下四點。
第一、有害微生物滋生
現在市面上很多產品都喜歡加上「天然」「自製」，讓大家都以為這一定是健康食品。其實酵素食品製作在設備簡陋、方法落後，原料器皿均不在嚴格無菌環境下操作，發酵過程中容易導致雜菌和致病菌的產生：如大腸桿菌、黃麴黴菌、李斯特菌等。林口長庚醫院毒物科顏宗海醫師表示，自製酵素多數會造成有害微生物滋生。發酵過程中一旦遭到黴菌，致病菌和其他有害物質汙染，輕則腸胃炎，上吐下瀉，重則引起敗血症，對健康危害很大。
對發酵各階段的時間、溫度都無法精確控制，導致菌的種類數量以及代謝產物的種類含量都是未知，比如產生有害發酵常產物亞硝酸鹽、甲醇等。
乳酸菌在發酵過程中會產生亞硝酸鹽，攝入含有亞硝酸鹽的酵素，在胃酸和硝酸還原菌作用下產生亞硝胺。
亞硝胺具有強烈的致癌作用，主要引起食管癌、胃癌、肝癌喝大腸癌等。水果含有大量的果膠，而果膠經過微生物發酵作用的一大產物就是甲醇。甲醇對健康的危害是相當大的，這會導致肝臟損害、導致失明，嚴重的話還可能會危及生命的。對生育也有一定的影響。
第二、糖分含量高
人們普遍在自製酵素時會加入大量的糖，因為糖使得所需要的發酵菌種得以生存並履行發酵分解的職能。而且糖分高的酵素味道更吸引人，一般發酵都會產生大量的有機酸，味道是偏酸的，如果糖加的多一點，就會甜味多一些。
同時自製酵素原材料配比沒有嚴格計算，糖添加也沒有嚴格限量，出品糖分不可計量，不適合控糖人群食用。據世界衛生組織調查得結論：嗜糖之害，甚於吸菸，長期食用含糖量高的食物會使人的壽命明顯縮短。飲食當中控糖很關鍵，根據最新版中國膳食推薦，建議糖攝入量在每天25克以下。
第三、塑料容器風險
自製酵素溶液中含有多種有機醇、有機酸及活性酶，這些液體可能與塑料瓶發生微量反應，導致塑化劑等成分溶解。
第四、器皿「爆炸」危險
自製酵素如果沒有及時排出產生的氣體，可能有「爆瓶」的危險。
總得來說，自製酵素有風險，食用需謹慎！