原標題：劉少奇抓四清挖根子直至中央 與毛澤東分歧公開
運動第二階段：比土地改革更為廣泛更為複雜更為深刻的大規模的群眾運動
四清運動的鋪開和深入階段，劉少奇指導運動的思想和實踐，集中體現在四件事情方面。
第一，起草和批發了一系列關於四清運動的文件。四清運動的鋪開和深入階段，毛澤東、劉少奇等中央領導人在總結運動上一階段經驗的基礎上，對四清運動的具體方針政策進行了研究及調整。1964年5月，中央召開工作會議，決定成立「五反」「四清」運動指揮部。8月初，中共中央書記處會議正式決定由劉少奇掛帥「五反」「四清」運動指揮部。位居四清運動領導工作第一位的劉少奇，主持了對《後十條》的全面修改，為中央起草和批轉了一系列關於四清運動的文件，如：桃園經驗、小站地區奪權的報告、白銀廠奪權報告、北大社教試點經驗、《關於社會主義教育運動奪權鬥爭問題的指示》等，使四清運動由「小四清」（清帳目，清倉庫，清財物，清工分）演變為「大四清」（清政治，清經濟，清思想，清組織），進一步向「左」的方向發展。四清運動各重點縣區集中上萬人的工作團，撇開當地的各級黨組織和廣大基層幹部，搞「大兵團作戰」，在眾多地區開展奪權鬥爭，不斷擴大打擊面，致使基層幹部人人自危，受到過火的鬥爭，使「奪權」成為這一階段運動的突出特徵[4]。
第二，認定四清運動中很多幹部表現出嚴重的右傾思想，對運動領導不力，必須開展反右傾思想的鬥爭。1964年6月開始，劉少奇到全國許多地區視察四清運動開展情況，除了在廣州主持修改《後十條》外，還針對四清運動開展情況作了多次講話。他認定，國內階級鬥爭形勢比預想的更為嚴重，強調說：四清運動中，許多領導幹部右傾，要反右傾。6月21日，劉亞樓、吳法憲致信王光美，反映撫寧縣公安局的問題，劉少奇看信後於7月3日批示：撫寧縣委和縣公安局的錯誤，實質上是嚴重的右傾思想的表現。7月24日，他在河南省委、各地市委第一書記座談會上，又指出：社會主義教育運動是個大革命，實際上比土地改革、合作化運動，比過去任何一次革命都廣泛、深刻、複雜得多。領導幹部不親自去蹲點，沒有資格當地委書記、省委書記。不下去蹲點，就是右傾思想表現[5]。7月30日，在中央工作會議上，劉少奇說：我這次在各地的講話，實際上是批駁右傾機會主義，只是沒有戴帽子[6]。8月11日，他在廣東聽中共廣東省委負責人匯報四清運動情況時，又指出：現在黨內嚴重右傾思想相當普遍[7]。10月12日，經毛澤東、周恩來、鄧小平等同意，劉少奇批發《李雪峰致劉少奇的信》，再次強調：在目前情況下，不向黨內各級幹部明確地指出當前的主要的危險是右傾危險，是不利的[8]。10月18日，劉少奇覆信李富春還指出：右傾危險是當前的主要危險。主要表現在階級鬥爭、經營管理方法、幹部的精神狀態和生活作風方面[9]。此前，9月30日，劉少奇答江渭清的信，就嚴厲批評過江渭清等領導幹部在四清運動中的右傾思想，指出要反右傾。江渭清在回憶錄中說：劉少奇同志脾氣大得很，他在山東已經發了脾氣，到合肥發了大脾氣，強調國內階級鬥爭的嚴重性，提出四清運動中要反右傾[10]。從以上引證可知，劉少奇視察四清運動開展情況後，認為四清運動過程中領導幹部存在嚴重右傾思想，應該開展反右傾。這是劉少奇指導四清運動的一個基本思想，四清運動向更「左」的方向發展，反右傾鬥爭是一個根本原因。
第三，劉少奇領導四清運動，以反運動中的右傾為基本指導思想，提出「挖根子」主張。前已論及，劉少奇認為，四清運動「是一次比土地改革運動更為廣泛、更為複雜、更為深刻的大規模的群眾運動」，「當前的農村革命鬥爭，是一場新的革命，一場內容十分豐富、具有許多新的特點的革命。現在，敵人反對無產階級專政和社會主義的方法，更加狡猾了。他們對幹部拉攏腐蝕，實行和平演變，建立反革命的兩面政權，還利用我們文件中的某些條文同我們進行合法的鬥爭」，我們搞四清運動，就是要防止中國出修正主義，挖修正主義根子[11]，要在運動中摧垮「反革命兩面政權」[12]。他強調說：蘇聯搞了40年，出了修正主義！因此，也要想想我們會不會搞修正主義！凡是不注意的一定會搞。如果出了這種情況，「一個省可以獨立，可以造反」[13]。劉少奇多次指出：在農村裡，幹部出問題，分為兩種，一種是犯一般的「四不清」，一種是犯嚴重的「四不清」[14]。敢犯嚴重的「四不清」，有根子。1964年春節期間，劉少奇在聽取王光美的匯報時提出：敢犯嚴重的「四不清」，根子是封建主義和資本主義勢力的腐蝕和影響，如一般所說的「錯在幹部，根子在地、富」，這是下面的根子，群眾還提出有上面的根子，應該切實查一下上邊的根子。犯嚴重「四不清」，如果沒有上面幹部的保護，就不敢犯那麼嚴重「四不清」，不敢犯大錯誤。科員不拉科長下水；科長不拉處長下水；處長不拉部長下水，就不敢亂搞、大搞。生產隊幹部沒有大隊幹部撐腰；大隊幹部沒有公社幹部撐腰；公社幹部沒有上面幹部撐腰，就不敢胡搞。因此，可以挖嚴重「四不清」在上面的根子。
自1964年6月起，劉少奇視察全國各地的四清運動開展情況。在這個過程中，劉少奇多次強調：要挖嚴重「四不清」的根子，要追上面的根子直至中央。6月2日，劉少奇主持政治局常委、書記處書記和中央局第一書記會議，他指出：「和平演變」已經演變到高級機關中的某些人，省委、市委都有他們的人。一切有嚴重問題的人和集團，都要積極向上級領導機關找靠山，找保護人，找代理人，就是找上層建築來保護[15]。根子不僅上面有，而且上下左右都有根子，就是上下左右都有聯繫。不僅追下面的根子，上面的根子也要追，上面的根子更危險，一律要追，追到什麼地方算什麼地方，是公社的追到公社，是縣委的追到縣委，是地委的追到地委，是省委的追到省委，是中央的追到中央[16]。值得注意的是，劉少奇還把「追根子」思想寫入了《後十條》修改案中。