因為抗「倭寇」，明朝少林寺迎來了自己最輝煌的時刻，話說這些僧兵可以以一敵十，許多故事和美談都是發生在這個時間段。而少林寺在這個時候與外界的交流開始頻繁起來，無數武術大師奔赴少林在哪裡切磋技藝，互相學習，無數人把自己的平生所學留在了少林。
清朝，當權者為了促進政局的穩定，通過宣揚「滿漢一家」和「仁政」，允許少林習武，同時還多次對少林進行過修繕，比如1735年，雍正寫詔書批准對少林寺進行修整。15年後，乾隆更親自到少林寺視察，並且留下了「天下第一祖庭」的御筆親書。康熙也曾親自寫下少林寺的牌匾，至今仍然被掛在山門上。
小說方面，少林武功出神入化，一覽眾山小
《天龍八部》中，玄慈佛法精湛，武功修為高，輕鬆化解五臺山清涼寺神山上人和吐蕃國師鳩摩智的挑戰。而無名掃地僧更是輕鬆化解蕭遠山和慕容博的對決，並且「秒殺」二人，蕭峰威震當世一部分原因就是跟了少林玄苦大師學藝。
《倚天屠龍記》中，少林四大神僧之首空見大師，接下金毛獅王謝遜一十三拳七傷拳，謝遜用計才能將他打死。最後看守謝遜的三名老僧功夫也都甚為了得。
《笑傲江湖》，少林寺方證大師武藝高強，內功深厚，精通《易筋經》，連任我行的吸星大法也奈何他不得，全書除了東方不敗，沒誰有把握打倒方證禪師。
《書劍恩仇錄》，紅花會上一任舵主於萬亭，一代豪傑，少林派。陳家洛武功大成，已可以擊敗張召重，卻只能接福建少林天鏡禪師四十來掌，根本沒和天虹方丈動手。
《鹿鼎記》，少林晦聰方丈的武功只描述了幾下，但招招是大宗師手筆。
權威方面，當下門派武功中多有少林功夫影子
從歷史文獻上看，少林寺起源於北魏年間，比其他像武當等門派要早近千年，更比當下幾乎所有知名的南拳北腿功夫門派早數千年，包括洪拳、詠春、虎鶴雙形拳、潭腿等。
少林功夫在中國歷史上傳承最久，隨著少林俗家弟子流入社會，自創門派於天下，對少林功夫加以創新傳承，於是強如詠春這些國內現在熟知的門派武功中，全部都有少林功夫的影子，包括他們的創始人很多都跟少林寺有淵源，如一代洪拳大師黃飛鴻、少林俗家弟子方世玉等。
與此同時，近代因為金庸等武俠小說及關於少林寺等電視劇的影響，「天下武功出少林」這句話更是眾所周知，也讓少林武功被當代更多人所知悉推崇。