古籍來源：臺灣國立圖書館
《祝由科》或名《秘訣奇書》。《祝由科》五冊，未分卷，惟封面分為乾、元、亨、利、貞冊。卷首云：「此書原碑已入御庫康熙十三年御纂十三科內矣，乾隆六年徐焯先生尚存於後」，可見此書成於清初之前。其主要內容為命理、術數（內含大量符咒）。
「祝由」一說，從現存典籍來看，最早見於《黃帝內經》中的《素問》和《靈樞》。據這兩本書的描述和「祝由」一詞的本義，「祝」是指「祝禱」，多半是由「巫」來承擔的，因為「巫」和「祝」在古代基本上具有同樣內涵。「由」則指病因、病由。因此「祝由」就是根據病因之所在，用祝禱去治病的方法。
《素問》說它是一種「古之治病」的方法，是通過「移精變氣」的手段來達到其去除病因的目的。由此可知，「祝禱」只是人們可以目睹的表面形式，真正實質性的除病過程是在超越感觀以外的「移精變氣」中去進行的。
又據《靈樞》，祝由這種治病方法，自來就善治那種突如其來、既無外因又無內因的怪病。這種病一般人都歸於鬼神所為，因此由巫來祝禱就是理所當然的了。但歧伯認為，其中也有病邪留在體內「未發」，一旦病者心中情志波動，「血氣內亂」、正邪「兩氣相搏」而成病的。由於這種病的病因(物質結構)極其微細，「視之不見、聽而不聞」，因此就像鬼神引起的一樣。
當黃帝問為甚麼可以祝禱而治癒時，歧伯回答說，古代那些巫，由於知道各種疾病的克制方法，又預先看到病是從哪裡來的，因此用祝禱來治療就能奏效。按《歷代職官表》所載，「祝由」治病的方法在周代至唐代以前的官方醫療機構中都沒有被提到，但是在唐代的「太醫署」中卻是四大科之一，只不過名字叫作「咒禁」，更加強調其「祝禱」的內涵以及禱詞的「咒語」性質。唐代的「太醫署」既是醫學教育機構，又是醫療單位，在編制上分為四科：醫科、針科、按摩科、咒禁科。每一科中設「博士」、「醫師」、「醫工」等，在當時的「咒禁科」中設有「咒禁博士」、「咒禁師」、「咒禁工」等。
元代以後醫事更加的分化，分為十三科，即；祝由科、大方脈科、小方脈科、雜脈科、風科、產科、眼科、口齒科、咽喉科、正骨科、金瘡腫科、針灸科、禁科（指使用禁方、禁藥和單方重劑治療病邪的方法），故民間有「中醫十三科，不識祝由科，別稱十三科之說」。
明代的最高醫療管理和教育機構是「太醫院」。太醫院中設有十三科：大方脈、小方脈、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、接骨、傷寒、咽喉、金鏃、按摩、祝由。因祝由科排在十三科之末，所以有「祝由十三科」之稱。到了清初，太醫院的科別設置減為十一科，祝由科被排斥出了太醫院。