2018年9月21日/
生物谷BIOON/---本周又有一期新的Science期刊（2018年9月14日）發布，它有哪些精彩研究呢？讓小編一一道來。
圖片來自Science期刊。
在免疫反應期間，許多免疫細胞經歷成熟而變成功能增強的細胞，從而使得它們能夠以特定方式對特定類型的病原體作出反應。這被稱為「效應細胞分化（effector cell differentiation）」。對一種稱為濾泡輔助性T細胞（T follicular helper cell, Tfh）的免疫細胞而言，了解這種效應細胞分化機制可能是產生更好疫苗、幫助臨床醫生抵抗難以消滅的病毒、
細菌或多細胞病原體和理解如何抑制
自身免疫疾病的關鍵。
在一項新的研究中，來自美國阿拉巴馬大學伯明罕分校、哈森阿爾法生物技術研究所、麻省總醫院、哈佛醫學院和辛辛那提兒童醫院的研究人員詳細介紹了一種為產生兩種主要的效應細胞亞群--- Tfh細胞和非Tfh細胞---的命運決定作好準備的機制。相關研究結果發表在2018年9月14日的Science期刊上，論文標題為「Differential IL-2 expression defines developmental fates of follicular versus nonfollicular helper T cells」。
這兩種類型的細胞均由在淋巴結中表達表面標誌物CD4的初始T細胞（naïve T cell）發育而來。當激活信號指出體內其他部位遭受感染時，這些初始T細胞經誘導後發育成Tfh細胞或三種類型的非Tfh細胞---Th1、Th2或Th17細胞---之一。
在效應細胞分化的早期事件期間，已知一部分活化的CD4+ T細胞開始產生細胞信號轉導因子IL-2。但是科學家們沒有任何標誌物來區分哪些活化的CD4+ T細胞產生IL-2，而且也無法區分哪些活化的CD4+ T細胞會變成Tfh細胞，哪些活化的CD4+ T細胞會變成非Tfh細胞。
當阿拉巴馬大學伯明罕分校Casey Weaver實驗室的研究成員對IL-2報告小鼠進行基因改造時，情形發生了變化。這些小鼠具有一個與IL-2基因連接在一起的綠色螢光蛋白（GFP）編碼基因。一旦活化的CD4+ T細胞開始產生IL-2，那麼當暴露於藍光時，它們就會發生綠光。這允許將產生IL-2的CD4+ T細胞和不產生IL-2的CD4+ T細胞自動分選為兩組不同的細胞群體。在這些報告小鼠發育成熟之前，Tfh和非Tfh細胞能夠在遭受激活化僅兩到三天後就可加以區分。
通過這些報告小鼠，論文共同第一作者、阿拉巴馬大學伯明罕分校博士後研究員Colleen Winstead 博士和論文共同第一作者、阿拉巴馬大學伯明罕分校醫學科學家教育項目博士生Daniel DiToro就能夠區分產生IL-2的CD4+ T細胞和不產生IL-2的CD4+ T細胞，並在遭受活化後數小時內對它們進行分選。
對每組經過分選的CD4+ T細胞進行測試表明它們誘導一系列不同的基因表達。產生IL-2的CD4+ T細胞誘導已知在Tfh細胞發育和功能中發揮重要作用的基因表達。相反，不產生IL-2的CD4+ T細胞誘導非Tfh效應細胞分化特徵性的基因表達。這提示著產生IL-2的CD4+ T細胞命中注定變成Tfh細胞，不產生IL-2的CD4+ T細胞命中注定變成非Tfh效應細胞。即使在經過活化的T細胞開始細胞分裂開始之前，這種命運決定似乎在數小時內就被確定。
2.Science：重磅！發現一種新的細胞內蛋白運送途徑----ER-SURF在一項新的研究中，來自德國凱澤斯勞滕大學、以色列魏茨曼科學研究所和瑞士巴塞爾大學的研究人員發現新合成的蛋白到達細胞中各自靶區室的一種新機制。旨在運送到線粒體中的蛋白並不會被直接運送到線粒體中，而是先被引導到內質網的表面上，在那裡，它們沿著內質網的表面「衝浪」。這種機制讓新合成的蛋白保持運送能力，並且可能阻止它們聚集在一起。蛋白聚集可能是導致阿爾茨海默病和帕金森病等人類疾病的關鍵問題。相關研究結果發表在2018年9月14日的Science期刊上，論文標題為「An ER surface retrieval pathway safeguards the import of mitochondrial membrane proteins in yeast」。論文通信作者為凱澤斯勞滕大學線粒體生物學專家Johannes Herrmann教授和魏茨曼科學研究所的Maya Schuldiner。
Herrmann團隊與Schuldiner密切合作，觀察到線粒體蛋白最初被靶向引導到內質網的表面上。內質網是一種細胞內室，起著將蛋白運送到各種細胞結構中的中央分選站的作用。內質網起著緩衝系統的作用。Herrmann解釋道，「新合成的蛋白質通常易於錯誤摺疊和聚集。它們被結合到內質網表面上並被儲存在那裡，直到它們被傳遞到線粒體上。因此，ER-SURF將蛋白維持在一種保持運送能力的構象中，並阻止它們聚集。這樣的蛋白聚集物對細胞是有害的，並被認為是許多疾病發展的基礎。」
3.Science：新型生物傳感器在15分鐘內定量檢測一滴血中的代謝物濃度在一項新的研究中，來自德國馬克斯-普朗克醫學研究所、海德堡大學兒童醫院、瑞士洛桑聯邦理工學院和洛桑大學醫院的研究人員開發出一種新型生物傳感器，它能夠利用一滴血準確地定量測試代謝物濃度。這種方法的準確性和簡單性可能讓它成為一種
診斷和監測多種疾病的首選工具。相關研究結果發表在2018年9月14日的Science期刊上，論文標題為「Semisynthetic sensor proteins enable metabolic assays at the point of care」。論文通信作者為馬克斯-普朗克醫學研究所的Kai Johnsson教授。
論文第一作者、馬克斯-普朗克醫學研究所化學生物學系研究員Qiuliyang Yu說，「我們介紹了一種通過血液分析測量代謝物的全新機制。我們開發出一種新的分子工具，而不是將現有技術小型化。」這種分子工具是一種發光蛋白，它在還原的輔因子煙醯胺腺嘌呤二核苷酸磷酸（nicotinamide adenine dinucleotide phosphate, 縮寫為NADPH）的存在下會改變顏色。NADPH分子能夠在對感興趣的代謝物特異性的酶催化反應中產生，這意味著能夠通過分析發出的光的顏色來確定代謝物濃度。通過使用不同的酶催化反應，這種新型的生物傳感器就能夠對苯丙氨酸、穀氨酸和葡萄糖等各種代謝物進行定量測定。
事實上，這種方法是非常簡單的。就苯丙氨酸而言，通過無痛手指刺破從患者身上取出一滴血。然後將一部分血液樣品加入反應緩衝液中並且將它添加到含有這種生物傳感器的試條上。當苯丙氨酸被消耗和NADPH產生時，這種生物傳感器發出的光會呈現出從藍色變為紅色的顏色變化---這種變化可通過日常的數位相機或智慧型手機加以檢測。隨後這種顏色變化就被用來計算苯丙氨酸濃度。
這種方法的整個過程僅需10到15分鐘，能夠做到即時測試（
POCT），而且所需的血液量僅為0.5μl。它是如此簡單和準確以至於患者最終應當能夠自我測試，這是科學家正在追求的目標。Yu總結道，「我們如今正在尋找進一步自動化和簡化這種測試的方法。」
4.Science：新研究挑戰分子生物學中心法則！核糖核苷酸的整合竟促進NHEJ途徑介導的DNA雙鏈斷裂修復據預測，在人體中，在每個細胞周期中，每個細胞可能發生著50次內源性DNA雙鏈斷裂（double-strand break, DSB）。非同源末端連接（Non-homologous End Joining, NHEJ）和同源重組（Homologous Recombination, HR）成為人細胞中的DSB修復的兩種主要模式。儘管當姐妹染色單體可用時，同源重組在S/G2後期的DSB修復中佔主導地位，但是NHEJ在修復DSB時不需要模板DNA，在G1期以及S期早期發揮著重要的作用。未被修復的DSB在細胞分裂期間能夠導致基因喪失，並導致染色體轉位、突變率增加和癌變。在免疫多樣性的產生過程中，NHEJ也在V(D)J重組和類別轉換重組（class switch recombination）中導致程序性DSB。
同源重組以完全相同的染色體作為模板執行精確的修復，因而僅發生在DNA經歷或完成複製的S和G2期。NHEJ可在整個細胞周期發生，因為這種修復模式不需要模板，僅基於DSB的結構而容易產生錯誤。哺乳動物細胞中的DSB主要通過NHEJ加以修復。
NHEJ涉及多蛋白複合物介導的一系列步驟，這些步驟主要包括：聯會（synapsis）、末端加工和連接。當發生DNA雙鏈斷裂時，環形的Ku70/Ku80二聚體在斷裂的DNA末端上形成，DNA依賴性蛋白激酶催化亞基（DNA-PKcs）通過Ku70/Ku80二聚體介導聯會複合物的形成，接著核酸酶加工位於DNA斷裂末端的突出端（overhang）。經末端加工後，DNA連接酶IV（LigIV）經招募後與XRCC4形成複合物用於連接DNA斷裂末端，其中在這種複合物中，XLF/Cernunnos的存在會增加LigIV的活性。簡言之，NHEJ通過將斷裂的染色體末端連接在一起來保持基因組穩定性。此外，人們認為DNA基因組損傷通常被認為是用DNA進行修復的。
在一項新的研究中，來自美國北卡羅來納大學的研究人員吃驚地發現在DSB修復期間，核糖核苷酸通常通過哺乳動物NHEJ途徑被整合到斷裂的DNA末端上，從而增強DSB修復。這一重要的發現證實了將核糖核苷酸短暫地整合到DNA中具有生物學功能，從而挑戰了分子生物學的中心法則。相關研究結果發表在2018年9月14日的Science期刊上，論文標題為「Ribonucleotide incorporation enables repair of chromosome breaks by nonhomologous end joining」。
這些研究人員證實在多種情形---包括V(D)J 重組和Cas9誘導的染色體斷裂---下，兩種「DNA」聚合酶是NHEJ特異性的，在通過NHEJ 途徑進行的DSB修復中偏好地將RNA加入到細胞基因組中。這些RNA的加入有效地促進至為重要的連接步驟發生，隨後會被DNA片段替換，從而這個NHEJ修復過程，然而脫氧核苷酸的加入不會有效地促進連接步驟發生。DSB修復動力學特徵表明DNA的第一條鏈發生核糖核苷酸依賴性連接，接著第一條鏈的互補鏈利用脫氧核苷酸加以修復，隨後插入到第一條鏈中的核糖核苷酸被脫氧核苷酸替換掉。這些結果表明多達65%的細胞NHEJ修復產物具有短暫插入的核糖核苷酸，這促進了DSB修復的靈活性，為此付出的代價是形成更加脆弱的中間產物。
5.Science：新模型準確地預測全球的鳥類遷移每年有數十億隻鳥類遷徙到全球各地，而且在我們的現代環境中，許多鳥類與人類製造的建築和車輛發生碰撞。預測遷移事件發生的尖峰時間和位置的能力可能極大地提高我們減少這些碰撞的能力。Van Doren和Horton使用雷達和大氣條件數據來預測北美洲遷徙鳥類在遷移時的尖峰時間和流量。 他們的模型高精度地預測了海拔在0到3000米之間的鳥類遷徙模式，並且可提前7天就可預測，這種時間跨度將允許圍繞這些重要的遷移事件進行規劃和作好準備。
6.Science：穀氨酸觸髮長距離的基於鈣離子的植物防禦信號傳遞一片葉子因啃食昆蟲而遭受損傷的植物能夠提醒它的其他葉子開始預期的防禦反應。通過研究模型植物擬南芥（Arabidopsis），Toyota等人證實這種系統性信號始於穀氨酸的釋放，所釋放出的穀氨酸會被穀氨酸受體樣離子通道（glutamate receptor–like ion channel）感知到。 然後，這些離子通道引發一系列鈣離子濃度的變化，這些變化通過韌皮部脈管系統和被稱為胞間連絲（plasmodesmata）的細胞間通道加以傳播。這種基於穀氨酸的長距離信號傳遞是快速的：在幾分鐘內，未損壞的葉子就能夠對遠處葉子的命運作出反應。
7.Science：血紅素-[4Fe-4S]金屬酶像天然酶那樣催化亞硫酸鹽還原酶促還原亞硫酸鹽等含氧酸根離子（oxyanion）需要多個電子和質子的傳遞，這是通過為催化和電子傳輸定製的輔因子實現的。在蛋白質支架中複製這一策略可能擴展能夠從頭設計的酶的範圍。Mirts等人選擇含有天然的血紅素輔因子的支架蛋白，然後設計適合於結合第二個輔因子---鐵硫簇（iron-sulfur cluster）---的空腔。 通過合理突變將所得設計的酶優化成具有與天然的亞硫酸鹽還原酶類似的光譜特徵和活性的催化劑。
8.Science：對促進森林砍伐的驅動因素進行分類森林損失受到各種因素的驅動，包括商品生產，林業，農業，野火和城市化。Curtis等人自2001年以來，使用高解析度的谷歌地球（Google Earth）圖像對全球森林損失進行了繪製和分類。全球森林損失的四分之一以上是由於為了生產商品（牛肉、大豆、棕櫚油和木材纖維）的目的引起的永久性土地利用變化造成的森林砍伐。儘管存在區域差異以及政府、環保主義者和企業為遏制損失所做的努力，但是自2001年以來，商品驅動的森林砍伐總體率並沒有下降。
9.Science：反覆活化的皮質迴路進行濃度不變的氣味編碼我們仍然不知道氣味如何在一系列濃度下保持它們的特性。通過利用小鼠開展研究，Bolding和Franks同時記錄了嗅球和梨狀皮質（piriform cortex）中神經元的放電活動，其中嗅球和梨狀皮質是嗅覺的兩個重要的大腦區域。氣味信息從嗅球中高度濃度依賴的表示轉變為在梨狀皮質中基本上濃度不變的表示。這種內在的機制涉及「贏家通吃」橫向抑制。在梨狀皮質的側支網絡中，這些主要的神經元迅速地對嗅球的輸出作出反應，而且反覆抑制減少了信號的強度依賴性。（生物谷 Bioon.com）
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