距今90006000年前的衢州
到了距今10000多年至8000年前，即全新世早期，依照王開發、張玉蘭先生對滬杭地區所作的孢粉組合分析結果，在距今103009500年（前北方期），滬杭地區氣候冷涼乾燥；距今95007500年屬北方期）左右，氣候轉為溫涼略幹，平均氣溫比目前約低1℃2℃。也正是在這一時期，衢州開始了人類活動的歷史。
人們常說「中華上下五千年」，是從三皇五帝開始算起的，說的是建立國家、劃分社會階層的中華文明史的概念。今天我們說的「衢州九千年」是一個人類活動時間節點的概念。
2002年發現的衢江區上方鎮蔥洞觀音洞遺址把衢州人類活動史追溯到距今6000年前，而其後發現的龍遊青碓遺址、荷花山遺址又把衢州人類活動年代從距今8000多年追溯到距今9000多年前，接近萬年。可以毫不誇張地說，即使以最苛刻的目光審視，州有人類活動的歷史至少有9000年了。
（一）衢江上方蔥洞觀音洞遺址，距今6000年前
20世紀60年代初，考古專家在原衢縣上方鎮蔥洞村發現了3號蔥洞。洞內基層分為三層:上層為堅硬的淡黃色土與石灰巖角礫，含印紋陶片，厚48釐米。
中層是石灰膠結的黏土，厚20釐米，含少量軟體動物及哺乳動物化石；下層為棕色黏土夾灰巖角礫，厚10釐米（尚未見底），含有錐狀石片石珠等石器，說明其年代似乎可以追溯到舊石器時代晚期。
為了進一步探尋浙江的舊石器時代遺存，浙江考古研究所對上方鎮蔥洞、觀音洞遺址進行了發掘。蔥洞、音洞位於溪流之上的一個二級臺地上，前有河流，背靠大山，為原始人提供了很好的生活條件。考古人員在遺址中發現了大量獸骨，屬於野豬、犀牛、大熊貓等，它們為當時的人們提供了相當廣泛的食物來源。
從出土的情況看，當時的人們使用直口圜底釜、平底罐等炊器，質地主要為夾砂紅陶、泥質紅陶、灰黑陶等。其中，陶釜的形制原始、繩紋拍印到口沿；由於燒結溫度高因此火候較好。
造型與浙江省河姆渡文化和馬家浜文化陶釜明顯不同，具有鮮明的地域特色。夾砂陶是一種耐火材料，適宜人們在火上熬煮食物。其中一件夾砂陶釜設計得非常人性化，在近口沿部還帶有兩個鋬，利於提取。不少陶片上飾有繩紋，既是一種結網捕魚生活方式的體現，也反映了當時人們的審美觀。
還出土了棕紅色的環形石器、黑色的石錛等石器。特別是環形穿孔石器，推測可能是一種石制紡輪是用於紡麻的工具，說明當時人們已經有「衣可以蔽體；石錛則是原始農業開闢耕地時的重要農具，說明當時的衢州先民至少已處於刀耕火種階段，原始的農耕文化已經產生。正是根據這一遺址的出土文物，衢州的人類活動史提早到距今6000年前。
在距今約6000年前，當浙北平原地區已是稻作農耕文化之時，浙西山區還存在相對原始的穴居現象。就這一點而言，主要以盆地、丘陵、低山為主的衢州地區，發展程度相對晚於平原地區，也是與地理環境相適應的。
（二）龍遊青碓遺址，距今9000年
青碓遺址位於今龍遊縣龍洲街道寺後村西面500米處，靈山江西岸，海拔約50米。現遺址分布範圍南北長約170米、東西寬約160米，面積約3萬平方米。2010年浙江省考古所對其進行了初步試掘。在一南一北兩條探溝揭示的遺址文化層發現了夾炭紅陶器、石磨盤、石磨棒等上山文化特徵的遺物。
遺址兩個階段的文化層分別為陶器和石器。下層陶器以夾炭紅衣陶為主，石器豐富。從類型學的比較來看，青碓上層陶器等遺物與浦江上山遺址中層的文化面貌基本一致，具有明顯的跨湖橋文化特徵，距今約8000多年。
下層遺物具有濃鬱的上山文化晚期特徵。青碓遺址中上山文化、跨湖橋文化時期文化遺存基本完好，也把龍遊史從距今5000年上溯到距今9000年。
（三）龍遊荷花山遺址:世界稻作文明的發祥地之一
2011年4月，因為農田改造，荷花山遺址被發現。遺址位於龍遊縣湖鎮邵家自然村南側的一個山丘上，衢江南側，海拔4—64米。遺址因鄉鎮經濟開發而遭到破壞，於2011年4月被發現。
2011年9月下旬開始，浙江省文物考古研究所、龍遊博物館開始發掘該遺址，發掘分東西兩區進行，面積共約900平方米。在發掘的同時，還對荷花山約50000平方米範圍作了進一步的考古調查。
遺址最深厚位置包含7個文化層堆積，發掘清理了灰坑、柱洞等遺蹟現象和豐富的陶、石器。初步復原陶器20多件包括大口盆、平底盤（淺腹、深腹）圜底盤、圈足盤、雙耳罐等器形，陶質以夾炭紅衣陶和細砂粗泥陶為主。從這些復原陶器和大量帶有器形特徵的陶片分析，物屬於典型的上山文化。
西區晚期出現了不少跨湖橋文化的因素，如侈口微斂、沿外側置對稱舌形的繩紋陶釜和圜底缽、錛形石錘、青灰巖石錛等，都具有跨湖橋文化特徵。
也具有自身的特色，如大口盆器耳的多樣化、平底盤中出現筒腹較高的器形、圜底盤以及多鏤孔的圈足盤等。石器形態粗糙，但數量豐富。有磨石、石錘、穿孔器等，多數為鵝卵石簡單加工而成，或直接使用，留下了摩擦、錘擊的痕跡。
少量為精加工的磨製石器，如錛、鏃等。文化層中發現大量的鵝卵石，當取自附近河灘、作為石器原料而帶入遺址。夾炭陶片中同樣羼和了大量稻殼，通過調查，荷花山遺址的遺存堆積存在片區分隔的不連續現象，這一現象在上山、小黃山遺址中已有顯露，在保存較好的荷花山遺址中得到了更完整的體現。
特別是西區探方中，發現一處「石堆」遺存，在百餘平方米範圍內，鵝卵石密集分布，分層累積，其中雜有大量的粗石器，包括石磨盤、石磨棒石錘、穿孔器等。
這些跡象，對復原原始人類聚落生活內容，具有重要的研究價值隨後浙江省考古所對其進行了搶救性發掘。主持發掘的蔣樂平先生最初認為遺址的年代約相當於上山文化晚期，但延續時間較長。
2013年9月，由浙江省文物局、龍遊縣政府舉辦的「龍遊荷花山遺址暨錢塘江早期新石器時代文化學術研討會」召開。與會專家認為，組成了以金衢盆地為中心的錢塘江地區至今所見到浙江省年代最早的新石器時代遺址群。
這一遺址群的面貌與以往所見到的長江中下遊地區新石器時代文化（馬家浜文化、河姆渡文化）不同，是另一種文化譜系的考古學文化（上山文化）。該遺址群的1C年代檢測數據為距今100009000年。南京博物院林留根先生認為，以荷花山遺址為典型代表的上山文化是浙江省的「根」，甚至是長江下遊的「根」。
中國科技大學博物館張居中先生對荷花山遺址5件石器、3件陶器進行殘留物分析，實驗結果發現了多種澱粉粒沉積。這表明，至少9000年前，衢州就開始加工水稻了。專家們一致認為:龍遊荷花山遺址以及錢塘江，充分反映了水稻栽培在早期階段的馴化變異，證明龍遊所在的錢塘江上遊地區是世界稻作農業文明的重要發祥地。