氣功與中醫理論相通，氣功鍛鍊的調心、調息、調身，主要是在大腦主動的調控下，通過意念、呼吸、姿勢來調整臟腑機能，增強氣功功能，促使身體平衡陰陽、調和氣血、疏通經絡、培育真氣的作用，從而達到防病、治病、延年益壽和開發智力的目的。
中醫學認為宇宙間任何事物都包含著相互對立而又統一的兩個方面，即陰與陽。
《內功圖說》講：「天地本乎陰陽，陰陽本乎動靜，人身——陰陽也，陰陽——動靜也，動靜合宜，氣血和暢，百病不在，乃得盡其天年」。
人體的生長和發育、生理和病理過程都是陰陽對立統一的運動過程。人體內的臟腑、氣血、津液都是人體生命活動的基礎，而臟腑的功能，氣血的運行，津液的分布以及它們的其它生理活動和病理現象，均可概括為陰陽的是否平衡和協調。
《素問》中說：「陰勝則陽病，陽勝則陰病，陽勝則熱，陰勝則寒」；「陰平陽秘，精神乃治，陰陽離決，精氣乃絕」。都說明維持機體陰陽平衡的重要性。
從生理生化觀點來看，人體內是存在著兩個矛盾而統一的對立面的，如交感神經與副交感神經，前者可謂「陽」而後者可謂「陰」，對內臟等組織的調節作用正好是相反，但又是統一的，協調的，只有這樣才能使生命活動正常地進行，兩者調節平衡失調，則將導致生病。
又如CAMP與CGMP，前者可謂「陽」，後者可謂「陰」，兩者的生理作用又是矛盾而統一的，CAMP能促進脂肪分解，心肌收縮，平滑肌舒張，而CGMP能促進脂肪合成，心肌舒張，平滑肌收縮等等。
實驗研究初步證實，氣功對機體調節陰陽平衡起著重要作用。
陰陽學說認為動為陽，靜為陰，故練靜功時應該外靜內動，靜中有動；練動功時，應該外動內靜，動中求靜，動靜結合。
《靈樞·通天論》指出：「人有太陽之人，有少陽之人，有太陰之人，有少陰之人，有陰陽平衡之人，凡五人者其態不同，其筋骨氣血不等。」
因此練功時，應根據不同情況來選擇呼吸形式，守竅部位等辨證施功，這樣才能更好地使人體氣血和暢，陰陽平衡，以達到最佳功效。
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