妙玉，在元春省親即將省親之時，在王夫人下帖力邀之下，住進大觀園，落腳櫳翠庵。從此，妙玉的命運，就與賈府牽連在了一起。
妙玉入住大觀園之前，在林之孝家的和王夫人對話之中，曹雪芹似乎有意告訴我們，妙玉和賈府並沒有太直接的關係，只不過是一個官宦人家出身的小姐，又沒了師父，獨自一人住在西門外的牟尼院。然而，從王夫人迫不及待地下了帖子請妙玉進府，從妙玉知道賈母不吃六安茶，而奉上了老君眉，從邢岫煙的一句，「聞得她因不合時宜，權勢不容，竟投到這裡來」，我們依然可以看出，妙玉與賈府的關係，非同尋常。
她的家族，與賈府之間，應該有著某種極為密切的關係，賈府為了她，也不惜冒了某種風險。
前八十回的文字中，妙玉的出場並不多，也不過是在賈母帶著劉姥姥逛大觀園的時候，來過她的櫳翠庵；再就是蘆雪廣聯詩的時候，李紈提到「櫳翠庵的紅梅花有趣，我要折一枝來插瓶，可厭妙玉為人，我不理她。如今罰你（賈寶玉）去取一枝來」；然後就是邢岫煙和賈寶玉談到自己家曾經賃了妙玉廟裡的房子住；最後就是林黛玉和史湘雲在凹晶館聯詩，妙玉為她們續詩。
屈指可數的幾次，或明或暗的出場，更是讓這位「因不合時宜，權勢不容，竟投到這裡來」的妙玉，身份越發撲朔迷離。她孤僻的性格，她對劉姥姥的鄙視，她請黛玉、寶釵、寶玉喝茶時的清高甚至輕狂，也使得很多讀者對她喜愛不起來。
然而，我們不能忽視的是，妙玉也是「金陵十二釵」之一。既然位列「金陵十二釵」，妙玉就是《紅樓夢》中極為重要的一個角色。自打「賈迎春誤嫁中山狼」之後，《紅樓夢》正式掀開了悲涼的序幕，其中那些嬌憨可人的女兒們，一個個開始了流散的命運——晴雯被攆後死在了姑舅哥哥家的土炕上，迎春出嫁後一年「付黃粱」，探春遠嫁後沒有了消息，黛玉淚盡而亡，寶釵如願做了寶二奶奶，卻獨守空房，惜春出家了，王熙鳳「反算了卿卿性命」……賈府被抄後，「落了片白茫茫大地真乾淨」。
賈府都「白茫茫一片大地真乾淨」了，那麼，借居賈府的妙玉，究竟會有什麼樣的結局？她的判詞與判曲，都隱隱透漏出一絲不祥：「欲潔何曾潔？雲空未必空。可憐金玉質，終陷淖泥中！」「氣質美如蘭，才華馥比仙。天生成孤僻人皆罕。你道是，啖肉食腥羶，視綺羅俗厭。卻不知，太高人愈妒，過潔世同嫌……到頭來，依舊是風塵骯髒違心願。好一似，無瑕白玉遭泥陷；又何須，王孫公子嘆無緣！」
「可憐金玉質，終陷淖泥中」，「無瑕美玉遭泥陷」，終究隱藏著妙玉什麼樣的結局？在高鶚的續書中，說妙玉被強盜擄去，最後因不屈從而被殺。而脂硯齋的批語，卻透漏出來，妙玉的結局，甚至比這個還要可悲。
在靖藏本中，脂硯齋有一條關於妙玉的重要批註：妙玉偏闢處，此所謂過潔世同嫌也。他日瓜州渡口勸懲不哀哉，屈從紅顏固能不枯骨……後面的字跡，疑似被蟲蛀去。
賈府是在京城之中，瓜州渡口在揚州京杭運河下遊與長江交匯處，足有千裡之遙。一個弱女子，是如何跑到這千裡之外的？很明顯，已經被抄的賈府，不能再給妙玉提供保護，她只能逃了出來。
一個正值青春妙齡的絕色女子，獨自逃到了千裡之外，她會遭遇到什麼？「紅顏」，無疑是妙玉的代稱，「枯骨」，指的是死者的朽骨。從「紅顏」到「枯骨」，則很明顯地表露出來，妙玉已經香消玉殞。一個二十多歲的女子（妙玉進賈府時十八歲），是不可能無故喪命的，所以，妙玉在瓜州渡口，必定遭遇到了極其不尋常的事。
這些不尋常的事，無疑就隱藏在妙玉的判詞和判曲中，「欲潔何曾潔」，「可憐金玉質，終陷淖泥中」，以及「無瑕美玉遭泥陷」。很明顯，妙玉在臨死之前，遭受了巨大的羞辱。
在妙玉進賈府之前，林之孝家的曾經提到，她的師父「極精演先天神數」，曾經告訴妙玉，「衣食起居不宜回鄉，在此靜居，後來自然有你的結果」。然而，師父的忽然離世，使得妙玉孤身無依，沒有在牟尼院靜居，而是從牟尼院搬到了賈府之中；賈府被抄之後，她又從京城意欲返回家鄉——妙玉原籍蘇州，離揚州非常近。這無疑是妙玉忘記了師父「不宜回鄉」的話，意欲返鄉，輾轉來到揚州，卻不想正應了師父的話。
從靖藏本的脂批，結合曹雪芹寫給妙玉的判詞，我們可以推斷出來，《紅樓夢》中最孤傲的女子妙玉，最終的結局很可悲。她在賈府被抄之後，忘了師父的話，準備返回家鄉，卻在瓜州渡口遭遇到了不幸，香消玉殞，成為「萬豔同悲」中的一員。