近日，《自然》子刊《自然微生物學》發表了一篇探討新冠病毒起源的論文，提出新冠病毒可能在約40年至70年前就從與之關係最緊密的蝙蝠病毒中分化出來了。這一發現意味著：產生新冠病毒（SARS-CoV-2）的病毒譜系可能已經在蝙蝠中傳播了數十年。
該研究由來自美國賓夕法尼亞州立大學、比利時KU魯汶雷加研究所、英國愛丁堡大學、英國格拉斯哥大學病毒研究中心等多家研究機構共同完成。
追溯新冠病毒SARS-CoV-2的演化歷史是件困難的事。因為，病毒會重組，即不同病毒之間交換遺傳物質，而冠狀病毒具有高度重組能力。對於冠狀病毒來說，重組意味著病毒的小基因組亞區可能具有不同祖先起源。
此前，有中國科學家研究指出，新冠病毒與一種從蝙蝠中採集到的RaTG13冠狀病毒關係很近，序列相似性達到96%，提示新冠病毒COVID-19的暴發可能源於蝙蝠。也有科學家在穿山甲體內發現了相似冠狀病毒，由此認為穿山甲可能是新冠病毒的中間宿主。
新冠病毒是一種新的Sarbecovirus亞屬的β冠狀病毒。研究團隊使用有關Sarbecovirus的基因組數據，分析了新冠病毒的演化歷史。他們採用了3種生物信息學方法來鑑定未經歷重組的，以及可用於重構病毒演化歷史的SARS-CoV-2病毒區域。
所有方法均表明，RaTG13與SARS-CoV-2擁有共同的單一祖先譜系，估計SARS-CoV-2分別在1948年、1969年和1982年從相關蝙蝠病毒中分化出來。
研究人員還檢查了SARS-CoV-2刺突蛋白的受體結合域（RBD），它使病毒能夠利用人ACE2受體進入細胞。雖然已經表明SARS-CoV-2的刺突蛋白在遺傳上更接近穿山甲病毒而非RaTG13，但研究者沒有在刺突蛋白上發現證據，可表明產生SARS-CoV-2的病毒與其他已知Sarbecovirus病毒之間發生了重組。
根據這一發現，他們提出，刺突蛋白及其RBD是產生SARS-CoV-2病毒、RaTG13與穿山甲病毒的先祖特徵。並得出結論：雖然SARS-CoV-2與穿山甲病毒擁有一個共同祖先，且穿山甲可能在SARS-CoV-2傳人的過程中發揮了一定作用，但它們不太可能是中間宿主。
研究者認為，SARS-CoV-2分化時間長，表明可能存在未取樣、具有潛在傳染力的蝙蝠病毒譜系，這種傳染力來源於承自祖先的SARS-CoV-2 RBD上人適應接觸殘基的遺傳位點。不過，研究人員還需要更好地開展採樣來評估這一點。
研究者總結表示，蝙蝠病毒譜系中病毒重組的現有多樣性與動態過程證明了，要事先鑑定出有可能引發重大人類疫情暴發的病毒有多麼困難。這突出表明，我們需要建立一個人類疾病全球實時監測系統，具備快速鑑定病原體的能力。
作者：本報記者 佘惠敏
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