在發達國家將高效液相色譜儀方法作為常用的環境監測方法，如美國EPA531方法，用高效液相色譜—螢光法測定飲用水中的N—甲基氨基甲酸酯殺蟲劑；EPA605方法用HPLC/電化學法測廢水中的聯苯胺類化合物；EPA8310方法用液相色譜儀/螢光分析固體廢棄物中的多環芳烴，就連氣體中的有害有機物不少也是用高效液相色譜儀測定。
深圳通用儀器的高效液相色譜儀已在環境分析中得到廣泛應用，特別適用於低揮發性、分子量大、熱穩定性差的有機汙染物質的分離和分析。如多環芳烴、酚類、多環聯苯、鄰苯二甲酸酯類、聯苯胺類、陰離子表面活性劑、有機農藥、除草劑等，其中多數屬於美國環保局清潔水法案中頒布的114項優先有機汙染物範圍。