在各種科研項目中，相對於973、國家科技支撐、行業重大公益項目而言，國家自然科學基金由於其開放、公平、公正的特色，得到了大多數廣大知識分子的稱讚。比較而言，那些動輒數百萬元的大項目，由於其在運作過程中，從項目建議、立項、中期考核、驗收等環節的不透明性，遭到很多人的詬病。由於所屬的學科不景氣，作為一個外來教師，沒有任何大樹可乘涼，在申報國家自然科學基金屢屢受挫的情況下，為了生存，從2002年，我斷斷續續地以蝦兵蟹將的打工仔身份，參與一些所謂的大項目項目。在此，談一些自己的不成熟的看法。不足之處，敬請指正。
一、國家宏觀方針政策的制定需要大項目的科技支撐
進入21世紀，人類面臨著人口、資源、環境一系列問題。作為一個發展中國家，我國面臨的問題更為嚴重。國家在制定人口、資源、環境宏觀政策，特別是在籤訂與人口、資源、環境有關的國際公約，如《生物多樣性公約》、《氣候變化框架公約》的時候，需要重大課題提供的科技成果作為決策依據。比如，在籤署《生物多樣性公約》之前，就需要對我國生物多樣性的本底及價值進行評估、對外來入侵物種的數量及引起的生態系統經濟損失及其評價，對遺傳資源的市場價值進行核算。又如，在籤署《氣候變化框架公約》之前，就需對水泥、石化、煤炭等行業的碳排放現狀及未來發展趨勢進行研究。眾做周知，NSFC的課題側重於國外基礎理論、方法、技術的跟蹤，採用NSFC課題方式是不太適合研究這些重大問題的。
二、大項目的行業特色，不太適合採用競爭的方式
很多大項目，都帶有明顯的行業特色，如林業系統的森林生態系統監測網絡研究、、農業部門的外來入侵物種研究、環保部門的自然保護區研究、外交部門的應對氣候變化的談判對策。行業的性質，決定了這些所謂的大項目，不太適合採用NSFC的競爭方式。通常的運作方式，是由牽頭部門負責參與制定項目指南，由各部委確定一個主要承擔單位，由承擔單位來申報，最後經主管部門批准後報發改委、財政部審批。這樣做好處，是降低了運作成本，當然，也帶來了其中的暗箱操作。正如一個負責大項目管理的部委領導所說：每年X部總是Y在報項目，題目翻來翻去，沒什麼變化；不給他吧，還不行，因為部長打過招呼；從部門平衡的角度，X 部一個不給也說不過去。
三、大項目的管理從制度的層面是比較嚴格的
雖然從立項、申報的角度看，大項目的運作缺乏透明性，然而在管理的層面，各項規章制度還是比較嚴格的。大項目在立項前，需要答辯，在課題啟動後，需要前期檢查、中期評估、後期驗收。從筆者參加的幾次中期評審會來看，國家項目管理部門領導目光之犀利、評審專家專業水準之高，遠超一般人的想像。不止一次，在中期評估會上，國家科技部、發改委的領導，把大項目的課題的研究成果批駁得體無完膚，而全國範圍內挑選的專家的發言，則從根本上把一些大項目的研究意義給否定掉了。從財務制度上看，大項目資金國家審計署要進行審計，經費管理的嚴格程度超過NSFC，前期費用無法支付，勞務費比例過小，課題經費各項開支之間不得挪用，結題後經費不得結餘。由於大項目參與人員眾多，在眾多參與課題人員工資無處著落情況下，很多大項目負責人為了養活團隊，不得不尋覓橫向課題彌補經費缺口。
四、大項目的研究難度大、周期短、不可預料情況多
眾多學者對大項目詬病的一個主要原因是，大項目投入大、產出少。其實，很多大項目都是對未來的未知情況進行的探索性研究，本身就充滿了不確定性，如「氣候變化對野生動動植物影響」，「外來入侵物種物種對生態系統服務功能損失經濟評估」。氣候變化是個爭議頗多的課題，野生動植物的本底數在我國都是個未知數，而外來入侵物種數量是個動態的概念，生態系統服務功能包含的內涵五花八門，價值評估方法多樣。在各種基礎數據不全、方法爭論頗多的情況下開展研究，這種風險性、不可預料性都是難以避免的。除此之外，很多大項目是為政府宏觀決策提供科學依據的應急研究，如與籤署《生物多樣性公約》、《氣候變化公約》等國際條約相關研究，時間緊、任務重。科學研究，特別是重大科學研究，需要雄厚基礎研究、長期觀測數據的積累，要求在短時間內拿出理想的成果，實在也是勉為其難。
五、幾點思考
1、很多部委辦的行業重大項目彼此之間、與科技部和教育部之間由於科研資助信息不共享，存在重複立項現象，建議建立全國科研信息管理系統；
2、由於研究內容較廣，有的項目牽頭單位採取科研協作、項目外包的方式減輕科研壓力，有的則主要由1-2家單位承擔。由於缺乏NSFC那種公平、競爭機制，協作、外包單位科研水平、人員科研素質參差不齊，導致大項目整體科研水平差距較大。水平的高低很大程度上與項目負責人的眼光與視野有關。
3、大項目的驗收標準也是個值得商榷的東西。很多大項目的立項的主要目標是為重大決策提供科學依據。那麼，驗收的標準是什麼呢？論文、專利、技術保準顯然不是，建立在科研基礎上的政策建議又是個非常虛化的東西。過於泛化的政策建議如同 commonn sense,沒有意義；具有堅實科學基礎的涉及國計民生重大問題政策建議，也絕非2-3年的研究所能給出。