進化論（theory of evolution），並非什麼演化都是進化，進化論，是以史為鑑，要找出生命生存規律和發展方向的系統性的科學理論，是對物種起源和發展的一種科學證明。
目前對進化論的質疑，多數來自神創論，根據質疑類型可劃分為5大類。
1、針對理論地位的質疑：
進化論僅是個猜想。
——進化論是對生物多樣性的解釋，有大量的事實依據來支撐，是科學理論。
進化論沒有被證明。
——沒錯，進化論只由經驗事實支撐，所以進化論是科學。
進化論不可證偽。
——隨著生物學的發展，演化論的可證偽性已經非常成熟。比如：
如果在前寒武紀化石中發現兔子，可證偽演化過程；如果人和魚的DNA的相似度，高於人和猿的DNA相似度，可證偽共同祖先。
以上兩條都是非常有力的可證偽性。
2、針對觀察和證據的質疑：
進化論不是事實，從未被直接觀察到。
——間接觀察也是觀察，引力從未被觀察到，但是物體下落的現象，使得引力的存在成為事實。
演化規模太大，無法觀察。
——小規模演化已經在實驗室觀察到，大規模演化已經在自然界觀察到。
化石作假，碳 14 測年法不靠譜。
——哦……
3、基於生物複雜性的質疑：
進化論認為演化是漸進的，但是很多器官的產生是突變。
——到了分子生物學時代，可以把進化論理解為基因變異，環境選擇。基因本身微小變異，和表達出來的性狀出現較大差異，兩者不矛盾。比如計算機代碼，可能把很多 0 換成 1 也不影響結果，也可能換一個字節就使結果大相逕庭。而這具體如何發生，不是進化論的範疇。
眼睛這樣複雜的器官，怎麼逐漸形成？
——這個維基頁面介紹了眼睛的演化http://en.wikipedia.org/wiki/Evolution_of_the_eye
進化論可以解釋器官的變大或縮小，但不能解釋出現。
——進化論通過變異來解釋多樣性，也就是為什麼會有變化。怎樣的基因變異對應怎樣的性狀變化，不在進化論的討論範圍。因此進化論解釋了器官的出現，但是從未試圖解釋特定器官的出現。
進化論沒有解釋物種起源。
——從未試圖解釋，這不是進化論的討論範圍。
演化出這麼多這麼複雜的生物，概率太低了。
——地球形成的概率也很低。
4、關於演化的隨機性：
進化論說變異是隨機的，但是實驗說演化是有方向的。
基因變異是隨機的，環境選擇是有標準的，兩者不矛盾。
適應環境就是演化的方向，不適應環境的變異完全可以發生，但是會被淘汰。
由於這個方向沒有前後高低之分，我堅持用 「演化」 而不是進化，也有人認為可以將適應環境看做是 「進」。
5、關於達爾文自己：
達爾文自己也說過，進化論有N多問題。但是達爾文之後的生物學家們可沒有閒著哦，也在不斷地發展和完善進化論。
的確，達爾文的進化論仍有重大缺陷，但科學就是在不斷自我否定中前進，如果一個100多年前提出的科學理論沒有缺陷，那才是不正常的。沒有缺陷，不容置疑的那是宗教。
不光達爾文的學說有很大的缺陷，後來用來修補達爾文理論的新理論依然有這種或那種的漏洞。可這就是科學，不斷地在肯定與否定自我的過程中向著正確的方向大步邁進或緩慢爬行。所以沒有必要糾結演化論是否有致命缺陷，因為它的大方向是對的。