1940年新年後，晉察冀軍區一分區五支隊司令趙玉昆叛變投敵了，隨他投敵的部隊一說200多人、一說1200人，後人多有爭論，其實是一個時間差的問題，當場帶走的有200多人，後來相繼追隨叛變的有1000多人，這個數據還是吻合的。對於此叛變，楊成武等軍分區領導人第一時間掌握了在良崗整訓的25、26兩個主力團，並把張琴南同志冒著生命危險從易上趙玉昆老窩帶回的部分別動隊員，得以保存了實力。那麼這支部隊後來的歸宿如何呢？
其一、楊成武刀下救出宋學飛
趙玉昆叛變時，宋學飛正在家為其父辦理喪事，趙玉昆叛變後，宋學飛成了重點處理對象。改編前後宋學飛一直都是趙玉昆的參謀長，易縣坊間還有趙玉昆三顧茅廬請宋學飛出山的美談，趙玉昆待宋學飛為上賓，對此計策更是言聽計從，而且趙玉昆每次去宋家拜訪，都會帶上禮物，對於宋父的喪事，趙玉昆甚至還送給宋學飛一些銀元。說他沒有投敵的嫌疑，任誰也不相信！無論宋學飛怎麼解釋，鋤奸科的同志都不相信，他們已經認定了宋學飛投敵的罪名，打算直接拿下他，甚至要槍斃他。
楊成武聽說之後，力保宋學飛，為什麼楊成武要救下宋學飛？一是此時只有宋學飛才能穩定五支隊的大局，他是五支隊的靈魂人物，當時趙玉昆叛變後，獨立支隊幾千人人心惶惶，若是處理不好，隨時都有譁變的可能；二是在與楊成武將軍的交往過程中，宋學飛多次提醒過他趙玉昆有叛變革命的可能；三是在五支隊移師良崗（一分區所在地）整訓中，宋學飛是竭力配合的；四是楊成武對宋學飛很是欣賞，正規軍校畢業，在東北軍幹過營長，是一位不可多得的軍事人才。
楊成武沒有看錯人，宋學飛被保下後，一直擔任25團團長到抗戰勝利，把這個團打造成一分區主力團，該團在宋學飛的率領下傷害最小，戰功不少。1943年鬼子對一分區進行掃蕩時，楊成武身患重病，是宋學飛率領25團拼死扛住了鬼子的進攻，掩護楊成武安全撤退的。宋學飛將軍為1955年開國大校，1961年晉升為少將。
其二、重組隊伍的張琴南
而另一位傳奇人物張琴南，可是1924年北京鬱文法專畢業的法律高材生，1926年加入國民黨並任易縣縣黨部負責人，還是1933年入黨蹲過國民黨大牢的老黨員，是五支隊一個傳奇人物，曾經開車持槍大搖大擺在日軍佔領區宣傳過抗日，是拿著鍘刀威懾漢奸的「黑包公」，是五支隊便衣隊的當家人。對於他，楊成武將軍也給予了信任與重用。1940年夏秋，他遵照指示下山招募和收斂了被漢奸、日本鬼子衝散的戰友，重新組織了「定易徐淶縣遊擊隊」，張琴南親任支隊長。1942年，該支隊與曾雍雅支隊合編為晉察冀軍區一分區第四支隊，曾任支隊長，張琴南任副支隊長，下設四個大隊，總人數達500多人。
張琴南於1946年轉業任察哈爾省高等法院書記官。1947年底，在土改運動中，以「破壞土改」罪被民主政府秘密處決。1984年8月經保定地區中級人民法院複查，認定原判不能成立，系錯殺，給予平反昭雪，恢復黨籍、恢復名譽。
其三、被郭天民拆散的26團
百團大戰期間，26團被郭天民經晉察冀軍區調撥歸其指揮，而且很快被拆散分編入各團，實際上是讓一分區無建制部隊可要。最終沒有了番號。
五支隊自此不撤自消了。