1953年就讀於廣東實驗中學。
1960年，畢業於北京醫學院(現北京大學醫學部)並留校任教。
1970年，到廣州醫學院進修。
1979年4月，曾到英國進修。
1981年8月，結束進修歸國。
1984年，被授予首批國家級有突出貢獻專家稱號。
1985年後，被指定為中央領導保健醫生，受聘為世界衛生組織醫學顧問、國際胸科協會特別會員、亞太分會理事。同年任碩士研究生導師，並獲首批國家級有突出貢獻的專家稱號。
1990年，被評為全國衛生系統優秀留學回國人員，獲政府通令嘉獎，1992年獲全國衛生系統模範工作者稱號。
1993年，受到廣東省人民政府通令嘉獎。
1995年，任博士生導師，同年被評為全國先進工作者，並榮獲全國五一勞動獎章。
1996年5月，當選為中國工程院醫藥與衛生工程學部院士，是中國工程院醫藥衛生工程學部副主任，著名呼吸內科專家。
1997年，當選為中共十五大代表。連任第八、九屆全國政協委員。
1998年6月，任中國工程院醫藥衛生工程學部副主任。
2003年，作為中國抗擊非典型肺炎的領軍人物，在SARS(中國大陸地區民間通稱為"非典型肺炎")猖獗的非常時期，鍾南山不但始終在醫療最前線救死扶傷，還積極奔赴各疫區指導開展醫療工作，倡導與國際衛生組織之間的密切合作，因功勳卓著，榮獲全國"五一"勞動獎章，同時被廣東省榮記特等功，被廣州市授予"抗非英雄"稱號。
2004年被評為"感動中國2003年度"十大人物之一。[8]
2005年4月13日，當選中華醫學會第23屆會長，他是新中國成立後中華醫學會七任會長中的第二位學者。
2007年獲得英國愛丁堡大學榮譽博士學位。
2008年當選第十一屆全國人大代表。
2009年9月14日，他作為100位新中國成立以來感動中國人物之一，受到中共中央全體常委領導同志的親切接見。
2010年獲得澳門科技大學榮譽博士學位。[2]
2012年10至2013年7月，任廣州醫學院附一院廣州呼吸疾病研究所教授/常務副所長。
2013年7月至今，任廣州呼吸疾病研究所所長。
2014年，獲頒香港中文大學榮譽理學博士學位。
2016年3月27日，參加中國首屆流感高峰論壇並發表講話。[1]
2020年1月20日，國家衛健委高級別專家組召開發布會，鍾南山任專家組組長。
2020年1月21日，新型冠狀病毒聯防聯控工作機制科研攻關組第一次會議，鍾南山任組長。
2020年9月3日，入選世衛組織專家組。
2020年9月8號，獲授共和國勳章。
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