蒙蒂和哈珀沒有進入休眠倉，他們利用藻類生物在飛船上生存，並誕生了一個孩子喬丹。
他們在地球外守了近60年，發現地球並沒有好轉，只能尋找新的生機，蒙蒂破譯了埃利吉烏斯三號文件，發現了當時人類就開始尋找新的生存地點，阿爾法星球是距離最近的一個，根據定位，需要飛行75年到達，當克拉克醒來後，他們已經休眠了125年...
克拉克和貝拉米叫醒了部分夥伴，控制運輸船降落到地面，探索後發現了人類建造的營地，但卻沒有發現任何人，覺得非常詭異。
突然，紅日降臨，人們失去了理智相互砍殺，雖然他們早已將自己鎖住，仍對夥伴造成了傷害。
紅日過後，湧來了大批人類，克拉克他們仿佛看到了生機，失去心智的貝拉米被救醒。與此同時，運輸船被人開回宇宙，神秘人進入飛船，最後被囚犯首領抓住，又帶領一批人類降落到阿爾法星球。
克拉克等人在人類營地裡了解他們的生活和故事，第二批小奧等人降落後就被人追殺，在無意間碰到了星球上的另一波地球人，了解到了另一個版本的故事…
原來埃利吉烏斯計劃中，人類就已經研發出來抗輻射的黑色血液，部分擁有黑色血液的人被派往新的地方尋找可以生存的星球。
來到阿爾法星球的人類，通過獻祭的手段，讓擁有著黑色血液的年輕人作為載體，利用晶片讓領導者能夠「永遠的活著」。
類似於阿莉一代晶片，星球的領導者們的思想被上傳至晶片內，當肉體死亡後，可以取出頸部的晶片，直接植入其他暗之血脈的人類頸部，晶片內的思想就可以完全抑制住獻祭者的思想，使晶片內的「人」成為永生的存在！
只有血液的限制，任何人的思想都可以上傳到晶片，而晶片的數量有限，所以部分領導者可以利用晶片讓「自己人」永遠的活著，而獻祭者失去了原有的思想，就像一種謀殺！
營地內的人類，則是利用如此手段，領導者已經活了上百年。營地外的人則是反對如此草菅人命的傳承，他們對當局者進行反抗、揭秘，屬於敵對勢力。
營地人發現了克拉克也擁有黑色血液，設計將克拉克作為載體，使當局者的女兒「復活」。
但是暗之血脈的人類越來越少，克拉克的到來導致了衝突的加劇。
當局者通過向墨菲提供永生的手段來讓墨菲幫助他們控制了克拉克。又通過了讓凱恩（在第五季結束時受傷，生命危在旦夕，已無法救治）永生的條件來使艾比幫助他們製造更多的暗之血脈的人類。
凱恩「被重生」後，覺得這樣的行為已經超越了人類活著的意義，選擇了放棄生命，艾比在將自己改造為暗之血脈後，被當局者用來「重生」他的妻子。
最後由於克拉克的「主角光環」，克拉克的思維奪回了身體的控制權，克拉克和小奧配合，使營地內的人類知道了真相，當局者也被克拉克逼入絕境！
另一方面，營地外的人類被營地內的人類抓住，貝拉米等人也被抓了，營地人在知道真相後依然信奉著當局者，因為這一切已經成為與他們融為一體的信仰，失去信仰，也就失去了活著的意義...
故事最後，克拉克帶領飛船上的人進駐了營地，貝拉米看著小奧被刺傷後消失，這個世界存在了太多的未知...