生物菌肥的優點：
1.改良土壤，（1）通過大量繁殖有益細菌，大量有益細菌在植物根部周圍形成優勢種群，抑制其他有害細菌的生命活動。（2）土壤有機質快速分解，促進土壤團聚體形成，通過有益菌活動疏鬆土壤，土壤肥力，肥料供應，保水，供水和透氣性得到很好的調節。（3）分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下一季作物造成植物毒性。它還分解植物生長過程中根部排放的有害物質。
2.固氮，磷溶解和鉀溶解功能，它可以部分利用空氣中的氮，通過有益菌的生長和代謝產生相應的酶和酸，並可以分解土壤中難溶的磷鉀肥（土壤中難溶性磷肥的95％）和98％的難溶性鉀）。它成為植物可以吸收的磷和鉀肥料。因此，可以大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。
3.提高作物質量，在溶解磷和溶解鉀的同時，它可以促進土壤中微量元素的釋放，並被作物使用。同時，有益細菌可以代謝產生各種植物，例如小分子胺基酸，生長刺激物質和維生素。
4，達到生物防治疾病的效果，灌根可以抑制土壤中的細菌，噴灑到葉面，防止疾病的侵襲。
5.促進早期種植和長期採伐。由於土壤理化性質的改善，土壤養分豐富均衡，土壤肥料可以更好地被作物吸收，從而促進作物早熟，延長收穫期。
6.與有機肥配合使用，可持續改善土壤。在2 - 3年內，土壤可以完全達到生產有機作物的標準，有益菌可以快速分解有機物質吸收作物，從而克服有機肥的影響。緩慢的特徵是有機肥產量低。
7.生物肥料不會像化學肥料那樣將過量的可溶性養分帶入土壤。生物肥料可以避免環境汙染，有益細菌不斷地，不過度地繼續在植物根部周圍繁殖和代謝。為作物提供營養。
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