華中農業大學發布首個多作物遺傳變異參考面板資料庫

2021-01-11 食品夥伴網

　　多物種遺傳變異資料庫


　　近日，華中農業大學信息學院生物信息團隊在Nucleic Acids Research中發表題為「Plant-ImputeDB: an integrated multiple plant reference panel database for genotype imputation」的研究論文。該研究通過收集包括水稻，玉米、小麥、油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息，構建了植物中首個多物種的高質量遺傳參考變異庫，為植物遺傳育種研究提供了寶貴資源。


　　基因型填充（Genotype imputation）是根據參考面板（reference panles，又譯參考集）中的單體型和基因型對目標樣本中缺失基因型的估計填充過程。基因型填充可有效增加單核苷酸多態性（SNPs）密度，因此被廣泛用於相對便宜和低密度的SNP晶片的填充以進行大規模全基因組關聯研究（GWAS）。然而，大多數植物缺乏高質量的參考面板，這極大限制了基因型填充在植物中的應用。


　　為克服這一限制，研究團隊開發了植物遺傳參考變異庫--Plant-ImputeDB，資料庫整合了包括水稻，玉米、小麥、油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息和全基因組重測序數據（包括34,244個樣本的約6,990萬個SNP的遺傳變異信息），構建了植物中首個多物種參考面板的綜合資料庫。該資料庫提供在線的基因型填充，支持SNP和基因組block兩種方式搜索、瀏覽並提供相應數據下載，同時接受不同類型的基因組變異數據的提交，提供對所有公開可用數據的免費和開放訪問，以支持全球範圍相關研究。


　　信息學院碩士研究生高英傑、博士研究生楊植全、楊文倩為論文並列第一作者，牛曉輝副教授、楊慶勇副教授和龔靜教授為論文共同通訊作者，博士研究生楊彥波參與了研究工作，該研究成果得到中央高校基本科研業務費、國家重點研發計劃、華中農大科技創新基金等項目資助。


　　資料庫連結：http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB/


　　原文連結：https://doi.org/10.1093/nar/gkaa953

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