RNA提取試劑盒,你選對了嗎?

2021-03-01 植物研究進展

做RNA提取的老司機,看到這個標題,可能會一臉懵:這誰呀…,傻X,這個問題還用討論嗎?

①什麼是「總RNA」?「總RNA」的定義是什麼?

②總RNA提取試劑盒提出來的是「總RNA」嗎?為什麼是2條帶而不是3條帶?Trizol呢?

③為什麼不能用Trizol提取的RNA去做全轉錄組測序?

④全轉錄組測序該選「總RNA提取試劑盒」?還是該選microRNA提取試劑盒呢?普通轉錄組測序該怎麼選?

總RNA=mRNA+tRNA+rRNA,即:總RNA就是指mRNA、tRNA、rRNA的總和。這是在還沒有發現lncRNA等microRNA的時候的概念。但是卻被各大公司默認的概念,一直延續至今。所以各位可以去各大公司的網站,看一看總RNA提取試劑盒案例提供的RNA電泳圖,只有代表總RNA的2條帶——28s和18s;代表microRNA的5s帶,要不沒有,要不很弱。
二、要提mRNA就選總RNA提取試劑盒,或者Trizol。

那麼mRNA在哪裡呢?從RNA電泳圖上能不能看到呢?

真正成熟的mRNA,主要集中在28s和18s之間和上下的螢光背景(一般每條基因mRNA量很少,所以,整體一般看不到明顯帶,只表現為28s和18s中間和上下的連續的塗抹帶)。例如下圖:28S:18S= 2:1,說明RNA沒有降解。連續的塗抹帶就是mRNA。不要認為膠圖不好看,這才是和下遊蛋白翻譯直接相關的,成熟的mRNA的表達量。
三、要提microRNA就選microRNA提取試劑盒,而不能選Trizol。

相信有很多同學,看到這個論斷,下巴都快要驚掉了吧?!為什麼不能選Trziol?

請看下面這篇文章:用Trizol提取microRNA,因丟失很多microRNA,造成文章被質疑,撤回。Molecular Cell, Volume 43, Issue 6, 1005-1014, 16 September 2011 doi:10.1016/j.molcel.2011.07.031RETRACTED: Cell Adhesion-Dependent Control of MicroRNA Decay 
Young-Kook Kim1, Jinah Yeo1, Minju Ha1, Boseon Kim1 and V. Narry Kim1, 2
1 School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul 151-742, Korea
2 Bioinformatics Institute, Seoul National University, Seoul 151-742, KoreaCorresponding author
This article has been retracted: please see Elsevier Policy on Article Withdrawal (http://www.elsevier.com/locate/withdrawalpolicy).This article has been retracted at the request of the Editor-in-Chief and Author.In this paper, we reported that the levels of specific microRNAs (miRNAs) decrease when cells are grown at low density or when cells are detached from a culture dish. Based on our results, we proposed that some miRNAs are selectively destabilized depending on the adhesion status of the cells. However, in subsequent studies, we discovered that structured miRNAs with low GC content are selectively lost during sample preparation, particularly when a small number of cells is used for RNA preparation using the standard TRIzol protocol (see the Letter to the Editor published in this issue for details). These findings provide an alternative explanation for our original data. While the original data are all reproducible, we are retracting the paper because we feel the main conclusions have been compromised. We apologize for any inconvenience this may have caused.設想:用Trizol和microRNA試劑盒分別提出來的RNA去做全轉錄組測序,microRNA數據的多寡,會直接證明這個設想。也為後來的研究者提供理論依據。

值金百特生物成立5周年之際,願意拿出5000元人民幣,用來獎勵願意為探索真理而較真兒的科研工作者。給付標準:第一位發表文章的第一作者。

四、全轉錄組測序就選microRNA提取試劑盒,不能選trizol,也不能選總RNA提取試劑盒。全轉錄組測序主要是測mRNA和microRNA。Trizol會丟失很多microRNA,所以不能用。總RNA提取試劑盒的重點是mRNA,是不考慮microRNA的回收率,連RNA膠圖都出不來5s帶,更不能考慮啦。
金百特生物的microRNA提取試劑盒可以一次性把mRNA、tRNA、rRNA、microRNA都提出來。如下圖:

金百特生物的microRNA提取試劑盒也可以一次性把microRNA和總RNA(mRNA、tRNA、rRNA)分別提出來,如下圖:

R015-50-通用型microRNA提取試劑盒,這款試劑盒的裂解液是Trizol,所以只要Trizol可以提取總RNA的樣本,都可以用這款,包括植物、動物、細胞、昆蟲等。

如果Trizol無法提取總RNA的樣本,特別是多糖多酚的植物樣本,請選擇R410-50-植物microRNA提取試劑盒,功能同R015-50。全世界只有我們一家有這款試劑盒。

五、普通轉錄組測序就選總RNA提取試劑盒,或者trizol。

普通轉錄組測序主要是測mRNA。所以選總RNA提取試劑盒或者Trizol,均可。

口罩不用戴、研缽不滅菌、粗放操作,20分鐘,讓高質量RNA與你邂逅!

想更好更快的提取總RNA,以及提RNA的注意事項,請參考:www.gene-better.cn官網首頁動態裡的文章「不帶口罩也能提RNA?!」

有同學問:金百特公司的基因組過濾器是不是能把gDNA過濾的一點不剩?

答案:金百特生物的gDNA過濾器能做到和DNase I膜上消化15分-30分鐘的效果完全一致。如果有疑問的話,可以做下平行比較,用這兩種方法分別提取同一樣本RNA,把RNA當模板,用gDNA的引物擴增,PCR,跑電泳,條帶是否出來?條帶的深淺?是判斷兩種方法優劣的直接表現。


爆款:
R015-50-通用型microRNA快速提取試劑盒(帶gDNA過濾器)——植物、動物組織、細胞、昆蟲
R410-50-植物microRNA快速提取試劑盒(帶gDNA過濾器,免氯仿,免β-巰基乙醇)——簡單植物、多糖多酚植物

R318-50-多糖多酚植物總RNA提取試劑盒(帶gDNA過濾器,免氯仿,免β-巰基乙醇)——根、莖、葉、花!多糖多酚樣本放心選!作物類樣品更沒問題!全能型選手!

R513-50-果實種子總RNA提取試劑盒(帶gDNA過濾器,免氯仿)——果實、種子、中草藥

經費不足的課題組可選這兩款:
R013-50-通用型總RNA提取試劑盒(trizol+吸附柱)——動物組織、細胞、作物類葉片、血液、病毒
R011-100-RNAzol(Trizol)——支持全程操作在室溫下進行。儘量不裂解核膜的配方,使得RNA更純!

北京金百特生物技術有限公司
Beijing GeneBetter Biotech Co.,Ltd.

網址:www.gene-better.cn

地址:北京市昌平區中關村生命科學園北清創意園3-3棟106室

編後語:

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