消毒的目的是阻止外部病源微生物侵害雞體，排除和殺滅雞飼養過程中蓄積於舍內外的有害微生物，維持舍內外的清潔度，防止傳染性疾病在雞群間傳播。
一、影響消毒的因素
許多因素可降低消毒效果，如舍內外殘留有機物等汙染物;使用硬水，如含鈣、鎂、鐵較高的水配製消毒劑;溫度過高對某些消毒劑，如碘製劑、氯化物製劑有影響;消毒時間過短，使用方法不當，稀釋濃度太低，噴灑不均勻等。
二、幾種常用消毒藥品
1、氫氧化鈉(燒鹼、苛性鈉)
常用1-2%溶液來消滅病毒和細菌。對金屬、油漆物品均有腐蝕性作用。
2、過氧乙酸
市售20%的溶液，其本身有強大氧化性，殺菌作用快而強，對細菌、病毒、黴菌和芽孢均有效。常用含本品的0.3~0.5%水溶液作各種消毒，效果好，費用低。
3、高錳酸鉀
常用0.1%溶液，能殺死細菌。
4、甲醛溶液(福馬林)
市售含量為40%，有強大的殺菌作用和刺激作用。與高錳酸鉀配合對舍內進行燻蒸，密閉24小時，達到空間消毒。
5、新潔爾滅
常用5%溶液，用於皮膚、黏膜、用具的清潔消毒。
6、次氯酸鈉
常用2%,3%溶液對雞體噴霧消毒。可用於雞體噴霧消毒的還有過氧乙酸、新潔爾滅等。
三、消毒操作程序
徹底清除雞舍、地面、牆壁、附屬裝置上的灰塵、汙物、糞便、墊料、飼料、羽毛。排風口、明溝等地均要徹底清洗乾淨。應做到先清掃，後衝洗，再乾燥(數天)，最後消毒。
一般消毒3~4次，通常用兩種以上的消毒劑交替使用。第二次消毒要等第一次消毒劑乾燥後再進行。從清掃到消毒完畢，整個過程不得少於14天。
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