菌種在生產季節過後，不管是母種、原種還是孢子，都需要保存妥善，以便下一個生產季節使用。你知道菌種如何保存嗎？下面來簡單介紹一下！
在夏季的室溫中，各種食用菌的母種、原種和栽培種，接種後均可在1個月內長好，若不再接種或用於生產，則會很快敗壞。如果及時將菌种放在低溫的地方，則能保存較長的時間。在過去，會採用「繼代培養低溫保存」的方法保存菌種，比較簡單易行。這個方法主要是用來保存母種。為了更好地保存母種，還需製作專用的母種保存培養基，這種培養基要降低濃度，增加水分和營養。其配方是：馬鈴薯去皮切片200克，洋菜14克，葡萄糖20克，磷酸二氫鉀3克，磷酸氫二鉀2克，蒸餾水1000毫升。按常規的方法調製，裝試管、滅菌就可以了。
要保存的母種，需要先轉接在母種保存培養基的斜面上，等到菌絲長到1/3~1/2，發育健壯，無汙染，再存放在冷涼的地方，比如天然的地方有地道、山洞和深5米左右的井中。這些地方四季恆溫，大約在16~18℃，在這一溫度中，試管中菌絲長滿需2~3個月，長滿後再存放2~3個月不變質，共6個月。然後取出來轉接入新試管中，試管中仍用母種保存培養基。轉接後用同樣的方法繼續存放，直到用於生產時，再取出來接原種和栽培種。
試管也可存放在冰箱中，箱內溫度保持4℃（草菇13℃），可長期存放。但若需要繁殖，應當先取出放在室內，使菌絲恢復到周圍環境的自然溫度，以便菌絲從休眠狀態活化過來，再行轉管繁殖。轉管時要恢復使用普通的馬鈴薯洋菜培養基。在冰箱中存放的時候需要注意，溫度不能過低。如低到1~2℃，時間一長（例如1年），菌絲的活力會衰退，不容易恢復健壯。
不只是母種，原種也是能保存的。在原種接種後，等到菌絲吃料1/3~1/2，就把它放入冷涼的地方。如溫度為16~18℃，則2~3個月菌絲才長滿，長滿後再過2~3個月菌絲不敗壞。若還需繼續存放，可以轉接入新瓶中存放。如果在冰箱中存放，溫度與母種相同，不要過高或過低就可以了。
孢子貯存更容易。為了採集孢子，可參照孢子分離法的裝置，培養皿中預先鋪上消過毒的乾燥濾紙。選一個良好的子實體，讓孢子落到濾紙上成為孢子印。然後將濾紙捲起來，或將濾紙先剪成紙條，裝入消過毒的空試管中。試管口用聚乙烯膜包紮密封，也可塞入棉塞，然後用蠟燭密封。試管存放在乾燥、通風、冷涼、黑暗的室內。用這個方法能貯存孢子1年以上，密封好的能貯存3年不喪失生活力。取用時可以將濾紙夾出一條來（或者臨時剪一條），將孢子落入蒸餾水中，用吸管吸取含有孢子的蒸餾水，接種在馬鈴薯洋菜培養基上進行繁殖就可以了。