有位日本人曾經說過，在諸多的神話體系中，唯有日本神話是活著的神話。
無疑，無論在今日的流行文化或者藝術作品，乃至更為高深的學術層面，日本神話恐怕遠遠無法與希臘神話，維京神話，日耳曼神話等等諸多神話體系相提並論。但是，由於天皇與神道信仰的存在，使得日本是唯一一個未能與古老的神話體系徹底切割的發達文明，卻是不爭的事實。
正是在這個意義上，這位日本人才認為日本神話依舊還是活著的神話。
充滿神話色彩的天皇仍然活躍在日本人的觀念中
正因為如此，在談及日本人的起源之時，以《古事記》與《日本書紀》所構建的記紀神話為依據，相信日本人的始祖來自神話中的高天原的，依舊大有人在。
此種怪力亂神之言雖不足道，但由於無論是日本皇室還是日本官方，乃至於整個日本社會，都無意與神話時代切割開來，徹底否定記紀神話。所以要完全澄清日本人特別是日本皇室的起源，成為一件幾乎不可能的事情。
但另一方面，自十九世紀以來，便有一代又一代的日本學者試圖通過考古學，人類學等等諸多科學方法，試圖澄清日本的起源問題。
經過一百多年的考證，大體而言人們都認為日本人的先祖是從外部遷入日本列島的。但是在遷移路線與遷移方法上，卻有著諸多的說法。甚至連作為日本先祖的繩紋人與彌生人的來歷，又各有不同的說法。
繩紋人的來歷
關於繩紋人的來歷，目前最為流行的是陸橋遷徒說。距今18000年前的最後一季冰川期，由於當時的海平面比現在低40米左右，所以日本列島實際上通過陸橋與亞歐大陸相連，而日本海在當時還是一片內海。原始人在捕獵動物的過程中，不經意間遷徒到了日本列島。
大約18000年前，衝繩島上已經有被稱為「港川人」的原始人居住。這批人便是日本列島的第一批人類居民。
12000年前，由於海平面上升，這些人雖然被與大陸隔斷，但是他們已經能夠發展了漁獵社會，並且能夠製作比較複雜的石器，還是世界上最早的陶器製造者之一。由於他們所製作的陶器上都有草繩花紋，故這些人被稱為繩紋人。
這便是目前最為通行的陸橋遷移說。
但是這種說法有一個問題，即通常認為繩紋人與包括臺灣島、東南亞在內的長江以南人群有親緣關係，甚至有人認為繩紋人與臺灣原住民的祖先都是現在廣泛分布與南太平洋諸島的南島語族使用者。
甚至三品彰英在研究記紀神話之時，將大國主神話與南島諸文明的各種儀式進行對比，認為大國主受難的神話故事，與南島原始部落所舉行的成人式非常類似。
就此而言，如果繩紋人與南島文明之間的聯繫的更為密切，那麼除非能夠考證出在當時存在著一個能夠聯通日本列島與南太平洋諸島的龐大陸橋通行網絡，否則陸橋遷徒說便很難成立。（大司馬按：三品彰英1971年過世，可能不知道東南亞島嶼與中南半島在距今8000年前都還有巽他古陸相連。）
8000年前巽他古陸才沉入海底
其實，隨著海洋史研究的深入，認為原始人無法進行跨洋遷徒的固有認識早已被打破。最近有些日本學者開始提出日本的先祖其實是通過海路，坐船來到日本的。
如海部陽介便認為，日本最早的訪客比陸橋遷徒說要早20000年，即38000年前通過海路遷徒到日本列島的。因為過去以來日本學界都認為衝繩存在著連接大陸與日本列島的陸橋。但是最近的研究，已經否定了該時期存在這樣的陸橋。所以如果說南島系居民通過衝繩遷徒到了日本列島，那麼他們只可能通過海路坐船抵達日本列島。
不過雖然海部聲稱在伊豆發現了37500年前的遺蹟，並且開始嘗試實驗是否能夠通過草編的小船來實驗是否能夠從衝繩抵達日本。但目前這種說法尚未獲得學界公認。
其實，相較於繩紋人的來歷，第二次遷徒到日本的彌生人的來歷，爭議更大，不僅讓日本人糾結不已，甚至還時不時的將中國人與猶太人都卷進來。
彌生人的來歷
公元前三到二世紀，日本原始社會發生劇變。陶器上的繩索圖案消失，人們一夜之間從追著動物到處跑的原始人變成了熟練的水稻種植者，還鍛造出了青銅器和鐵器，而這個轉變在大多數文明中要花掉近千年時間。
在「技術爆炸」的同時，日本居民的外形也發生變化，他們身高增加了大約3釐米、臉變長變扁、面部曲線較圓潤。由於這個時代的陶器最早出土於東京彌生町，史學界稱其為彌生時代（BC300~AD300）。
彌生人與繩文人相貌之別
雖然鈴木尚等少數學者相信彌生文化是完全由繩紋文化演化而來的，但是但考古研究顯示，此時在日本列島上從事大生產的，是一個來自大陸的新群體——「渡來人」。
正是這些「渡來人」的到來引發了日本列島的技術爆炸，使得日本文明進入一個全新的時代。
關於彌生人的來歷，與中國關聯最深的，莫過於徐福東渡說與吳人後裔說兩種。前者認為彌生人實際上就是徐福及他所帶領的童男童女。
而後一種說法則認為，吳國滅亡之後，吳國遺民逃亡到日本列島，甚至成為日本皇室的先祖。其證據之一便是日語中有吳語，吳服等詞彙，而且曹魏所派遣的使節對當時日本社會的觀察，認為日本社會存在斷髮紋身的習俗，與太史公所記載的吳國習俗類似，所以這些人可能是吳太伯之後。
實際上這兩種說法都不一定能實錘，關於徐福說，權且不論區區幾百人如何能夠蓋過繩紋社會，成為日本列島的主流文明。這個說法最早出自於日本南北朝時期南朝公卿北田親房所寫的《神正統記》，而此時《史記》早已傳入日本，故而該說有可能是後來的附會之說。
日本人是否徐福的後代
尚可存疑
至於吳太伯後裔說看似更靠譜，但是吳語，吳服中的吳，其實並非是指春秋時期的吳國，而是南北朝之時劉宋所統治的吳地，大和朝廷正是在這一時期接受了劉宋的冊封，被正是納入中華朝貢體系之中。該說實際上出現的更晚，乃江戶時代儒學者們搞出來的玩意兒。
除了以上兩種與中國密切相關的說法之外，還有一種較長時間內被學界普遍認可的說法，即江上波夫所提出的騎馬民族說。
江上波夫通過將皇室儀式與內亞遊牧民族的各種儀式進行對比，並且結合對古墓的考古研究。認為彌生人實際上是來自內亞的騎馬民族，他們徵服了落後的繩紋人，成為了日本列島的新的主人。其主要依據是在該時期的墓葬中出現了大量的馬匹以及相關物品作為陪葬物品。而天皇即位儀式與內亞草原的遊牧部落首領的即位儀式非常類似等等。
但是江上波夫沒有解釋為何來自的徵服者居然會給日本列島帶來稻作文化，而且彌生人很明顯有著極其濃厚的的谷靈信仰，這更與內亞遊牧民族完全不搭。
更重要的是，如果彌生人是通過一系列的徵服戰爭來實現對日本列島控制的話，那麼這一點在記紀神話中卻完全沒有體現出來。雖然有神武東徵的神話，但這場東徵實際上一場敗仗接一場敗仗。完全是靠敵方首領的主動投誠，神武天皇才實現了對大和地區的支配。
實際上，雖然日本的天皇曾經一度承擔有軍事職能，但至少從記紀神話的記載來看，日本天皇更多扮演的是一位祭司王或者說巫王的角色，而極少承擔軍事職能。這在整個世界文明史上，都是極其罕見的。如果天皇是通過軍事徵服才確立起統治權的話，又怎麼可能幾乎沒有多少軍事職能呢？
最近還有一種更雷人的說法，即彌生人實際上遺落的古希伯來部落。這種說法的主張者認為，在所羅門王的時代，古希伯來已經具有高度發達的航海技術，使他們通過印度洋與德幹半島有著密切的貿易往來。既然能夠橫跨印度洋搞貿易，那麼遠渡重洋抵達日本列島，似乎也並非什麼不可思議的事情。而當時的希伯來國家，在極盛期有幾十萬人口，但是在巴比倫之囚事情，這些希伯來人僅僅只剩下幾千人，那麼多餘的人去哪裡了呢？當然是遠渡重洋跑日本來避難了。
這種說法，雖然是在海洋史發展的背景之下，對日猶同祖論的再度炒作，但是對於重新認識當時日本列島與世界各地的海上交通，無疑是一個非常有趣的思路。
總之，雖然關於彌生人來歷的說法可謂是五花八門，但在今日對於彌生人的來歷，其實也沒有一個很確切的答案。這在很大程度上，其實與之前提到的日本人不欲與記紀神話徹底切割不無關係。
現在唯一能夠比較確定的是，彌生人中有來自山東半島與朝鮮半島的栽培水稻的集團。正是他們帶來了水稻種植技術與谷靈崇拜。但是，這些從海外渡來的彌生人，並非單一的民族，而是存在複數的文明體系，所以要澄清彌生人的來歷與構成，是一件極其困難而漫長的事情。
結語
以上便是對於關於早期日本列島居民來歷的各種說法的梳理，大致而言，關於這些人的來歷，可以說時至今日也沒有一個很明確的答案，唯一所知道的，只是他們應該來自多個不同的文明系統，是複數的文明而不是單一的某個文明塑造了日本列島的早期人類文明。
絕大部分早期人類文明的形成，其實都是這樣的過程。只是對於這些早期日本列島居民的來歷與構成，很難徹底澄清，目前所有的各種說法，都只不過是各種的推論而已。或許，這真是日本人依舊得以部分的生活在神話時代的主要原因。