說到日本人的起源，似乎大多數人都會追溯到公元前215年左右，秦始皇迷戀長生不死之術，派徐福等人帶領三千童男童女入海求仙藥，後來不知所終，有傳說是到了日本。但今天我們要說的並非如此，日本人的起源真相大白，並得到科學證實，日本人卻表示難以接受。
徐福在日本具有較高的地位，很多人都把徐福讓做自己的「祖先」，並把他視作「農耕之神」、「醫藥之神」、「紡織之神」。通過這樣的傳說，我們可以推斷，徐福當年帶著三千童男童女，並帶著中原的文化進入了日本島，後來在那「生根發芽」，有了現在的日本人。
從現在外表的長相看，日本人與中國人極其相似，以至於在歐美國家的時候，經常被人問及是中國人還是日本人，所以說日本人是徐福的後代也是有著幾分可信度的。
但在我國周朝文獻《海內北經》記有：「蓋國在鉅燕南，倭北。倭屬燕。」倭則是日本人在古代中國的一個稱呼，說明在那個時期日本人就已經有了土著人種。
而從新石器時代開始到公元前2世紀的日本，考古學上稱為繩紋式文化時代，使用石器、骨器，捕獵、捕魚，居住在豎穴中，出土有女性土偶。由此可以推斷徐福未到日本之前，那裡本就有土生土長的人種與文化。
現在與中國人長得相似的是日本的大和人，也就是現在日本人的主要民族，而日本人的構成不僅僅是這一個種族，還有另外兩個種族，他們分別是阿伊努人、琉球人。
阿伊努人在日本北海道一帶，他們的長相就與大和人有著明顯的不同，眉框之間顯得格外粗大，更像是蒙古人種。
由於受到大和人的民族歧視，阿伊努人現在只剩下兩萬多人，就像是當年的印第安人一樣，雖然是土著人種，但卻面臨著滅絕的危險。在聯合國的壓力下，日本才開始保護這支人種。
琉球人則是琉球島的本地著民，後來被日本改為衝繩，經過大和人的同化，現在的琉球人已經與大和人沒有太大的區別了。
但也由此可以推斷出，大和人是後來的人種，鳩佔鵲巢成為了主要人種，那麼大和人又從何而來呢？
科技的發展出現了一種叫「DNA」的醫學研究項目，日本人想追溯根源自然也可以通過DNA的對比來尋找答案，然而經過科學家們的研究後得出，日本人並不是漢人徐福的後代，在他們的基因中發現了另外的秘密。
經過DNA的對比分析得出：日本人百分之一的基因中與雲貴高原走進中國境內的古人類基因非常相似，同時還有百分之三十多的基因是來自於東南亞地區，有百分之五十與西藏人基因相似。
如此巨大的發現揭開了日本人類起源的真相，但真相卻讓日本人無法接受現實。沒有了徐福「根紅苗正」的血統，讓他們缺少了「吹噓」的資本；外來蠻夷的文化，讓他們缺少了正規系統的文化底蘊，同時也讓他們成為了與漢人絕緣的品種。
經過歷史學家與地理學家的推測，在遠古時代，有部分人從中國的西南部，經過朝鮮半島來到了日本，又有一部分人是從印度尼西亞、菲律賓、琉球進入日本，這也是日本人本土文化比較雜的原因，與保留了亞洲各地風俗語言習慣有著很大的關係。
真相總是讓人感到匪夷所思，雖然日本人表示難以接受這樣的現實，但歷史的真相無法篡改，科學證實是最有力的說服證據，即使日本人再怎樣入侵和同化其他民族，骨子裡的血脈和基因是讓他們始終無法更改的事實。