依照整體搬遷工作部署，根據院裡要求的時間節點，微生物研究所於2007年2月10日前順利完成了主體搬遷任務。2月12日，微生物研究所與國家納米科學中心圓滿完成了兩棟實驗樓的交接工作。整個搬遷過程組織有序、調度合理、秩序良好，這得益於研究所堅強的領導、嚴密的組織和周密的部署。
微生物研究所新園區建設工程在建設過程中終始得到院黨組的關心和指導，研究所領導班子也始終將新園區建設工程作為一項重要政治任務來對待。在中國科學院各級領導的大力支持下，在建設單位、監理單位和設計單位的共同努力下，微生物研究所園區建設工程自2004年2月8日開工，經過一年多的努力，於2005年12月28日順利通過施工方、監理方、總包方和建設單位的四方驗收。
為加快北郊科學園的建設，同時為中關村科技園區建設創造條件， 2006年12月在院裡的統一安排和部署下，微生物研究所啟動了北郊新所址的搬遷工作。整個搬遷工作分為三個階段，2007年1月16－24日為準備階段；1月25日－2月11日為搬遷階段；2月12日以後為收尾階段。為保證搬遷工作順利進行，微生物研究所成立搬家工作小組，設置了4個搬遷工作專項小組，負責新址使用、搬運調度、安全保衛、國有資產處置等具體工作。制定詳細周密的搬家計劃，列出時間節點，責任到部門、責任到人。2007年1月19日，召開了研究所搬遷工作動員大會，高福所長和譚華榮書記分別做了搬家總動員，希望全所上下發揚團結協作精神，做好周密部署，確保安全、平穩、有序地完成搬遷任務。從1月25日開始，微生物研究所全所人員投入到緊張的搬遷工作中，由於計劃周密，組織有序，措施得當，在短短的21天時間裡，順利完成了研究所主體搬遷工作。
事實證明，微生物研究所搬遷到北郊是院黨組的英明決策，我們充分認識到在北郊建設「天、地、生」園區是院黨組的重大戰略、決策。當今世界學科交叉是主流和方向，「天、地、生」毗鄰而居，改變了微生物研究所以前「小作坊」式的發展模式，為空間生命科學的合作提供了一個很好的平臺，有利於學科交叉、資源共享，進一步推動產、學、研結合，進而為建設創新型國家作出實實在在的貢獻。
目前，微生物研究所在保持和發展在微生物資源、工業與應用微生物、病原微生物與生物安全三大研究領域引領地位的同時，自2006年已初步形成極端微生物生命機理及環境適應機制研究、微生物資源(真菌)評價及利用、工業生物技術、突發和新生病原及免疫、植物生物技術等多個核心科研團隊。繼2004年東秀珠研究員任首席科學家的「極端微生物及其功能利用的基礎研究」、2005年所長高福研究員任首席科學家的「重要動物源性病毒跨種間感染與傳播機制研究」之後，微生物研究所又連續第三年獲國家973計劃項目首席科學家，馬延和研究員擔任首席科學家的973項目「生物煉製細胞工廠的科學基礎」獲得批准，標誌微生物研究所確立的「微生物資源、工業與應用微生物、病原微生物與生物安全」三大研究領域各擁有一「973」項目，基本完成研究所三期創新期間的學科布局。同時，微生物研究所2006年獲得了國家自然科學基金委 「極端環境微生物生命特徵及環境適應機理」創新研究群體，在工業與應用微生物領域主持有863重點項目「工業酶的分子改造和工程化技術」，在病原微生物與生物安全領域牽頭主持有國家支撐計劃重大項目，為微生物研究所今後的快速發展和核心競爭能力的形成打下良好的基礎。上述成績的取得，一方面得益於中國科學院知識創新工程的實施以及院領導的大力支持和指導，另一方面也得益於微生物研究全體科技人員的辛勤努力和頑強拼搏。
新園區的建成是微生物研究所發展史上的一個重要裡程碑。微生物研究所在所領導的大力推進和倡導下，抓住搬遷契機，不斷完善已有的「三大領域」的學科布局，上下一心，努力開創研究所工作的新局面。近日，微生物所陳遠童研究員的 「長鏈二元酸的研發與工業生產」獲得2006年度國家科技進步二等獎，路甬祥院長為微生物所寫來賀信，對微生物研究所和陳遠童研究員取得的成績表示祝賀。微生物研究所全體職工深受鼓舞和激勵，有信心和決心以新所址搬遷為契機，結合院三期創新要求，開放進取、與時俱進、不斷創新，緊抓基礎與應用兩方面研究，為實現路院長對研究所「勇攀世界科學高峰，不斷為我國經濟建設、國家安全和社會可持續發展做出基礎性、戰略性、前瞻性的重大創新貢獻」的要求和希望而紮實工作、努力奮鬥!