你不知道的FlowJo軟體的專業分析功能

2021-01-20 生物醫學聯盟

流式數據分析軟體大家耳熟能詳的也就是FlowJo了，對於它的認識，我們可能還是依舊在Flowjo7.0，單參數柱狀圖，雙參數的散點圖，然後還有就是周期分析等等，但隨著多色流式技術的普及，數據中蘊含的信息量也越來越豐富。簡單的和大家分享下在大數據的背景下，我們可以用FlowJo做什麼？

OK，如果你沒有安裝Flowjo 10.0以上就不要往下面看了。


1.先來個最常用的，我們做Histogram的時候，如果你收集的細胞數量不一樣，你疊加在一起就會高高低低，所以若果放在以前你必須要讓你靶細胞的細胞收集數量差不多才會整齊，現在不用，你可以使用高級功能中的DownSample進行處理，從而使各個靶細胞群細胞數量一致。


2. 強大的補償矩陣計算能力，三五個顏色我們可以兩兩調節補償慢慢調節，但是如果20個顏色，怎麼辦？Flowjo可以根據單染管自動計算，這不是最厲害的，我們知道Facs DIVA7.0也可以做到，但是Flowjo會根據顏色深淺自動標註補償大小，你可以重點關注某些值，另外在補償矩陣下方會自動顯示兩兩參數之間的補償圖。嗯，不過如果不是27寸顯示器沒什麼鬼用哈，親身經歷，看得頭暈。



3.上面這個可能並不能驚豔到你，但是對於多參數數據的降維計算，真的很厲害！

對於多參數的流式兩兩之間的關係分析是非常頭疼的，尤其對於非標記分子的功能分群分析，降維計算我覺得可以想像成對於多維空間的數據不斷按照某個維度不斷壓縮最終形成二維圖像的過程。至於有什麼用，https://flowjo.wistia.com/medias/5fq9khd425官方連結。下面是一個分析實例，我們可以看到隨著處理因素時間變化細胞群的變化，可以結合我們手動圈門進一步確認該亞群的性質。


4. 聚類分析，和Heatmap，也可以像我們做RNA-seq一樣，進行聚類以及熱圖分析，操作都非常簡單。


總的來說，我們可以看到在大數據的背景下Flowjo做的努力，我真心覺得都是超級實用的功能。現在Flowjo已經是BD旗下的產品，希望以後越來越BD，再傻一點，再少點手工分析，多些批量處理，哈哈哈。


如果你想要這個軟體，大家都知道去哪裡找的哈，強烈推薦！！！

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