FlowJo一直以來都是流式分析行業的老大,看看各大期刊中流式分析軟體的分布就知道:
但FlowJo沒有停止創新,從10.1版本開始,我們可以看到這款20多年歷史的流式分析軟體除了導出/數據合併功能的增強、細胞周期分析功能的增強、補償功能的調整、用戶界面大變樣之外,還增加了我最看好的插件功能,這使得FlowJo成為數據分析領域的一把瑞士軍刀。
這裡簡單介紹一下FlowJo V10的幾個比較有特色的新功能。
1、Heat map with 3rd parameter功能
Heat map,指的就是根據你選擇的抗原,在散點圖上按照其表達強度對各個點著色,默認是彩虹色,顏色越暖(紅),說明表達強度越高,顏色越冷(藍),說明表達強度越低。如此,我們在一個散點圖上,就能夠看到各種抗原的表達強度分布。
示例見下圖:
2、Table Editor中高效的可視化組件
新版FlowJo中,數據統計結果可通過Heat Map的方式展示在Table Editor中,可以根據指定的指標數值高低在表格中以不同顏色的形式表現出來,大大加快了研究者對數據的宏觀理解程度,見下圖:
3、多樣本快速合併、靈活呈現
FlowJo中獨有的Concatenate功能快速合併多個樣本,並且結合Keyword使用,可以一張圖中輕鬆呈現多個流式數據,使得樣本間差異一目了然,見下面兩幅圖:
4、Cell Cycle 功能的增強
在V10以前,Cell Cycle功能也有,但形同雞肋,新版本中的Cell Cycle擬合功能更強大和穩定:
5、細胞增殖分析平臺
細胞增殖的示蹤,一般是用CFSE等示蹤染料標記細胞,隨著細胞分裂代數增加,染料逐步稀釋,從而產生每一代螢光強度遞減的分布,從而能夠方便地分析出細胞增殖代數和比例。以往,Modfit是細胞增殖分析的首選,但現在FlowJo也增加了這個分析功能,值得一試。
FlowJo的細胞增殖分析結果,除了常規的直方圖之外,還增加了更豐富的圖形呈現:
6、導出ACS格式
所謂ACS,全稱是Archival Cytometry Standard),是ISAC推出的一種類似於綜合性文檔格式,文檔內包括了:
-One or more table of contents
-Cytometry data (FCS files) and any additional metadata files
-The workspace which contains gating-ML, gating hierarchy, MIFlowCyt Information, and all other analyses performed as well as tables and layouts
-Version numbering of any wsp that has been changed and resaved
-Any CLR (CLassification Results) file that was created or imported
詳細標準見:http://flowcyt.sourceforge.net/acs/latest.pdf
其實這看下來可能大家不能理解吧,其實就意味著導出這個格式之後,對方用FlowJo打開,裡面就是原版的分析結果。可能有人說以前也可以,是的,以前是需要將wsp、配置文件、FCS文件自己打包發送,現在導出ACS之後相當於已經直接壓縮為類似於zip壓縮格式了,而且是國際公認的標準化格式。
7、插件中的t-SNE
V10.5版本對 t-SNE 算法進行優化,增強了 t-SNE 功能的自動化和易用性。
tSNE 專屬功能圖標
無需繁瑣設置
可視化進度條
結果顯著,時間大幅縮短
FlowJo 可以在幾乎所有的電腦作業系統上使用, 你的電腦可以是 Windows,也可以是 Mac。除了兼容性,FlowJo 還有中文版,簡單易學,並且附帶多種特殊分析模型, 可以做數據的採集後螢光補償,我們甚至還以將數據以動畫格式導出…
而現在,這款超好用的流式數據分析軟體登陸中國啦,自從 FlowJo 加入了 BD 流式家族,大家不用再費盡心思找沒有用的破解版了。
簡直是激動人心,而現在購買,你獲得的將不僅僅是這樣一個超好用的流式數據分析軟體,還有網紅故宮博物館的筆記本一本。
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活動時間:即日起至 12 月 31 日
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