精彩幻燈:生物序列的相似性搜索-blast簡介及其應用

2020-11-23 丁香園

精彩幻燈：生物序列的相似性搜索-blast簡介及其應用

2016-05-02 20:50 來源：丁香園 作者：

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相關焦點

  • 序列比對及Blast的應用
    一、BLAST簡介大多數研究目前都通過國際網際網路Internet應用NCBI研製的BLAST程序(Basic Local Alignment Search Tool)來進行DNA和蛋白質序列相似性搜索。
  • 新手上路,一文秒懂Blast結果圖(附序列比對網址)
    轉載請註明：解螺旋·臨床醫生科研成長平臺 眾所周知，同源性是預測基因和蛋白質功能的主要線索，而序列同源性的判斷則離不開兩個或多個序列之間相似性的檢測一般來說，序列間的相似度越高，它們是同源序列的可能性就越高。 其中，序列比對無疑是評估序列相似性的最簡單方法。顯然，Blast就是序列比對檢測的中堅力量。Blast自1990年首次亮相以來，憑藉從各大資料庫（EST、PDB資料庫等）獲取信息的能力，迅速成為序列比對界的領頭羊。
  • 一文秒懂Blast結果圖(附序列比對網址)!教你快速上手,絕對實用!
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  • 分子形狀相似性及其應用
    3D相似性搜索屬於基於藥效團和基於形狀或體積的方法。雖然基於藥效團的查詢為搜索提供拓撲和幾何約束。3D相似性方法面臨著容易計算和化學有意義數學函數組合生成具有代表原子空間排列的能力的挑戰。分子相似性通常通過分子之間的最大分子體積來解決，必須通過快速且穩健的分子比對算法來實現。相似性搜索常常涉及分子比對，比對方法嘗試找出兩個分子的最佳疊合，以最大化重疊體積或特徵點之間的對應性。最大化體積重疊的主要方法是將分子形狀表示為高斯集合，採樣幾個起始點，並使用數值優化來計算局部最大值。一種替代方法是通過離散特徵來表示分子形狀，並使用點對應算法來產生進行比對。
  • 常用在線序列比對工具
    常用的在線序列比對工具主要由EMBL-EBI提供，包括但不限於Needle, Water, Clustal Omega, Muscle, Mafft, T-coffee等，以及NCBI提供的blast2seq工具；常用的序列相似性搜索工具有NCBI提供的BLAST、UCSC提供的BLAT等。EMBL-EBI與NCBI同時期也開發了一套序列相似性搜索工具FASTA，然後最終沒能流行起來。
  • 實驗專欄 | Blast,有種,有料,有用!
    首先，登陸blast主頁http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi　　Blast導航主頁面主體包括三部分 BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST和Specialized
  • 序列比對軟體
    FASTA軟體包包含用於蛋白質：蛋白質，DNA：DNA，蛋白質：翻譯的DNA（具有移碼）以及有序或無序肽搜索的程序。FASTA軟體包的最新版本包括特殊翻譯的搜索算法，當將核苷酸與蛋白質序列數據進行比較時，該算法可以正確處理移碼錯誤（六幀翻譯的搜索不能很好地處理）。
  • 為什麼 Biopython 的在線 BLAST 這麼慢?
    它具有三個非可選參數：第一個參數是用於搜索的 blast 程序，為小寫字符串。目前，qblast（biopython==1.7.4）僅適用於 blastn，blastp，blastx，tblast 和 tblastx。第二個參數指定要搜索的資料庫。關於這個選項，在 NCBI Guide to BLAST 上有詳細的描述。第三個參數是包含查詢序列的字符串。
  • 學界| Facebook新論文介紹相似性搜索新突破:在GPU上實現十億規模
    選自arXiv.org機器之心編譯作者：吳攀相似性搜索的規模和速度一直是研究者努力想要克服的難題。近日，Facebook 人工智慧研究團隊在 arXiv 發布的新論文《Billion-scale similarity search with GPUs》宣稱在這一問題上取得了重大進展，在 GPU 上實現了十億規模級的相似性搜索。
  • 精彩幻燈:ImageJ 的使用講解
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  • 精彩幻燈:引物設計要點分享
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  • Igblast的安裝與使用
    receptor，TR）序列。Igblast的安裝同Blast一樣，IgBlast也可以使用網頁工具https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/igblast/，使用方法同Blast大同小異。而這裡主要是說的本地化IgBlast的安裝，以human的IG序列比對所需要的Igblast安裝配置為例。1.
  • biopython簡介
    OBF的成員項目部分如下 biopython基於python這個簡單易學的程式語言，提供了一系列處理常見生物信息任務的接口，具體可以完成以下幾種任務 1. 對常用的文件格式，比如fasta, blast等，進行讀寫 2.
  • 曙光生物基因序列研究解決方案
    廣泛使用的基因序列比對和搜索軟體有Fasta ，Blast，以及多序列搜索工具Clustalw，Clustalx，這些基因組信息學軟體都已經在曙光伺服器上得到部署和應用，並有相應的成功案例。 　　曙光公司助力生物信息學的發展，可為基因組信息學研究提供系統的解決方案，包括相應的硬體平臺和軟體配置。
  • 21個國家的377個全基因組序列,探究COVID-19病毒之間的相似性和...
    本文作者利用他們最新研發的大序列數據分析工具I-MLCS、現有的MEGA 6.0系統和聚類算法，對來自21個不同國家的COVID-19病毒序列以及COVID-19病毒與其相關病毒的相似性和進化關係進行了計算分析。圖1.數據來源和採樣/測序時間。
  • 餘弦相似度及其生物信息學應用
    本來呢，pearson，kendall以及spearman這3個相關性公式就讓人頭疼了，但是最近我在教程：比較不同的腫瘤somatic突變的signature 發現兩個不同算法的signature的相似性並不是和文章完全一致，原因是作者使用了一個cosine similarity（餘弦相似度）的概念
  • Current Opinion in Structural Biology:從蛋白質序列到功能的預測
    在以前，已有的預測方法都是基於序列的同源性，進化關係和在基因組的位置來預測序列對應的模板及其功能。而對於三維結構信息，在這些預測中使用的很少。然而這種情況正在改變。得益於日漸成熟強大的同源建模技術，很多未知的蛋白質結構可以得到高可信度的預測。基於模板功能預測的更新，就是建立在這樣的同源建模上。
  • 郭茂祖——哈爾濱工業大學——人工智慧及其應用、生物信息學...
    >所在院校： 哈爾濱工業大學       所在院系： 人工智慧與信息處理 職稱： 教授       招生專業： 模式識別與智能系統 研究領域： 人工智慧及其應用