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2015年,瑞典皇家科學院(Royal Swedish Academy of Sciences)授予託馬斯·林達爾(Tomas Lindahl)、保羅·莫德裡奇(Paul Modrich)和阿齊茲·桑薩爾(Aziz Sancar)諾貝爾化學獎,以此表彰他們對DNA修復機制的研究。
01、哪些物質損傷DNA?
對DNA修復的研究早在很多年前就已經開始。
以上先驅的開創性工作表明:紫外線能夠誘導DNA損傷,導致細胞生長停滯甚至死亡;使用特定光照能夠(部分)修復紫外線的影響。半世紀後的今天,我們已經知道不僅是紫外線,化學毒性物質、藥品、病毒、輻射、內源性有毒物質、DNA複製錯誤等內外多種因素均可造成DNA受損。
02、DNA的修復
DNA中的核糖、鹼基以及磷酸二酯鍵都能成為DNA損傷的部位。常見的DNA損傷包括點突變、缺失、插入、倒位或轉位以及雙聯斷裂、鹼基破壞、脫落,DNA-蛋白質鉸鏈等。
DNA損傷之後,機體可以通過一些保護措施修復損傷,包括光逆轉、切除修復、重組修復等。在這些修復所需要的工具中,DNA聚合酶、DNA連接酶顯得十分重要。
辨別DNA聚合酶、DNA連接酶
1967年,蓋勒特、雷曼、理察森和赫爾維茨實驗室發現了DNA連接酶,它是DNA代謝的基本酶,如DNA複製、重配對和重組。DNA連接的第一步是用腺苷-磷酸(AMP)部分對連接酶進行腺苷醯化。隨後,AMP部分從連接酶轉移到DNA的5'端的磷酸基團。然後,3'端的羥基攻擊腺苷5磷酸,在兩端之間建立磷酸二酯鍵,完成連接。
03、NAD+如何參與DNA修復?
煙醯胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)作為具有通用功能的輔酶,幾乎參與了所有能量代謝。除作為循環使用的遞電子體,作為被消耗的供體/底物,NAD+參與sirtuins活化、NADPH合成、PARPs激活等途徑,發揮從組蛋白修飾到DNA修復的諸多作用。
NAD+作為底物通過PARP參與DNA修復
PARP(poly(ADP-ribose)polymerase)中文全稱聚ADP核糖聚合酶,具有感應DNA損傷的功能,它在識別了DNA片段的結構損傷後被激活。PARP可起「修飾」作用,主要修飾組蛋白、RNA聚合酶、DNA聚合酶、DNA連接酶。
PARP家族中PARP-1、PARP-2和PARP-3參與DNA修復。PARP-3已被證明在DNA雙鏈斷裂修復中起主要作用,而PARP-1和PARP-2激活是由鹼基切除修復過程中發生的DNA單鏈斷裂觸發的。
PARP家族中研究最多的是PARP-1。
PARP-1包含六個結構域
Zn1和Zn2使PARP-1能夠識別DNA單鏈和雙鏈的斷裂;
Zn3可能與其他域有協同作用;
AD承載自動化的主要位點,並且包含BRCT(BRCA1 C末端)摺疊;
WGR是未知功能的基本結構域;
催化結構域(CAT)由螺旋結構域(HD)和ART結構域兩個亞結構域組成,催化結構域相對保守。NAD+在此結構域中釋放煙醯胺單元,向ADP核糖轉化,並且將其轉移到受體蛋白的賴氨酸、天冬氨酸和穀氨酸殘基的羧基上。
NAD+作為底物,供給PARP-1參與DNA修復。
我們說NAD+參與DNA修復,主要便因為它是PARP家族的底物,有了NAD+, PARP才能發揮相應作用。反過來說,PARP也是細胞中NAD+主要的「消費者」之一,被PARP用完的NAD+變成了煙醯胺NAM,隨後匯入補救途徑,在NAMPT、NMNAT等酶的幫助下再次合成NAD+。當細胞處於應激狀態(包括DNA修復過程)時,大量NAD+通過補救途徑合成,以維持供需平衡。
NAD+作為Sirtuins底物參與DNA修復
Sirtuins是由7個成員(SIRT1-SIRT7)組成的蛋白去乙醯化酶家族。SIRT1、SIRT6、SIRT7存在於細胞核中,SIRT2在細胞質中發揮作用,SIRT3、SIRT4、SIRT5為線粒體蛋白。一些Sirtuins分子(尤其是SIRT1和SIRT6)在DNA損傷後的DNA修復和細胞代謝中發揮著重要的作用。
作為NAD+的「消費者」,Sirtuins和PARP相互依賴、互相調控,分工協作參與DNA修復或細胞凋亡:
SIRT1和PARP-1相互影響。DNA氧化損傷後,PARP會被激活,PARP通過消耗NAD+修復受損DNA片段,當NAD+耗竭,刺激SIRT1,直接導致細胞凋亡。
SIRT6參與DNA修復調控。SIRT6能夠轉位到DNA損傷部位,促進DNA修復,SIRT6直接參與鹼基切除修復和DNA雙鏈斷裂修復,通過單-ADP-核糖基化與PARP相互作用,從而刺激其活性。
Sirtuins和PARP之間能夠通過消耗共同的輔酶NAD+直接或間接地相互調節。
NAD+為DNA連接酶IV提供DNA末端連接的腺苷酸供體參與DNA修復
所有的真核DNA連接酶都使用三磷酸腺苷(ATP)進行DNA連接。但人類DNA連接酶IV作為DNA雙鏈斷裂(DSB)修復的關鍵酶,也可以利用NAD+作為DNA連接酶的底物。
NAD+作為人類DNA連接酶Ⅳ的底物,通過分解得到AMP,並實現對DNA連接酶Ⅳ的腺苷醯化,為DNA修復連接提供物質基礎。
★ 結語 ★
綜上,本文簡單介紹了NAD+在DNA損傷修復過程中的相關作用,NAD+不僅在能量代謝途徑上扮演著關鍵分子,在DNA修複方面也是至關重要的底物。NAD+通過作為PARP、Sirtuins的底物以及為DNA連接酶Ⅳ提供腺苷酸參與DNA修復,補充NAD+將有助於修復DNA受損。
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