使用OncoLnc進行TCGA生存分析

2021-01-19 生信修煉手冊

歡迎關注」生信修煉手冊」!

通過收集整理TCGA中不同腫瘤患者的生存數據和基因表達譜信息，OncoLnc提供了一個生存分析的web服務，對應文章的連結如下

https://peerj.com/articles/cs-67/

網址如下

http://www.oncolnc.org/

OncoLnc收集了TCGA中21種腫瘤，共8647個病人的生存數據，以及對應的mRNA和miRNA的表達譜數據。同時收集了來自MiTranscriptome項目lncRNA表達量數據，從而提供了包含mRNA，miRNA，lncRNA 3中基因的生存分析，可以方便的挖掘各種腫瘤中和生存相關的基因。

用法非常的簡單，示意如下

1. 選擇感興趣的基因和腫瘤

在首頁的搜索框中輸入需要查詢的基因，可以是entrez ID, 也可以是gene  symbol。以TP53為例，示意如下

點擊submit按鈕，可以看到事先用cox回歸計算好的生存分析結果，示意如下

選擇感興趣的腫瘤，可以進一步進行KM生存分析。

2. 輸入樣本分組

為了探究基因和生存的相關性，這裡根據基因表達量的大小將樣本分為high和low兩組，自己指定每組的比例，加起來是100%， 示意如下

上圖中設置兩組的比例都是50%，根據該基因的表達量從低到高排序，前50% 定義為地表達組，後50%定義為高表達組，示意如下

3. KM生存分析

確定好分組之後，點擊submit, 就可以得到如下所示的生存分析結果

通過OncoLnc可以方便的進行TCGA數據的生存分析，快速的查看多種腫瘤中與生存相關的基因。

掃描關注微信號，更多精彩內容等著你！

Long-press QR code to transfer me a reward

As required by Apple's new policy, the Reward feature has been disabled on Weixin for iOS. You can still reward an Official Account by transferring money via QR code.

相關焦點

  • TCGA資料庫生存分析的網頁工具哪家強
    看自己感興趣的基因在自己研究的癌症的預後相關性是高頻需求，其實就是拿到基因在癌症病人的表達信息，然後就可以根據表達量高低對病人進行分組，最後這個分組是否統計學顯著的把病人的生存情況區分開來
  • TCGA生存分析快捷通道——不會編程也能信手拈來!
    但是對於想要研究腫瘤的醫學生來說，不會R語言編程是個痛點；今天給大家介紹幾款在線生存分析資料庫，方便大家研究基因表達與生存的關係。網址：http://www.oncolnc.org/OncoLnc收集了TCGA中21種腫瘤，共8647個病人的生存數據，以及對應的mRNA和miRNA的表達譜數據。
  • 研究利器 OncoLnc:TGCA數據挖掘工具
    oncoLnc是一個交互式工具可以探索生存相關性，下載臨床數據後，將其與mRNA，miRNA和lncRNA表達數據進行偶聯分析。oncoLnc的網址：http://www.oncolnc.orgoncoLnc包含的數據：OncoLnc包含8647個病人的生存數據，它們來自TCGA的21種癌症研究，其中mRNA和miRNA來自TCGA的RNA-seq
  • 臨床科研那點事之軟體學習(二):OncoLnc在線分析軟體
    TCGA資料庫，簡而言之，就是一個包括不同腫瘤差異基因表達的資料庫，關於TCGA的使用方法，當前網上有許多教程，大家可以自行翻閱，TCGA資料庫中包含了許多基因在相關腫瘤中的表達水平，但是TCGA資料庫並未涉及這些基因對患者的生存影響，那麼如何分析這些基因在腫瘤患者中的預後意義呢？
  • 即搜即用的TCGA資料庫挖掘網站匯總
    其中level1/2為controlled-access，level-3有部分是controlled-access，這一類型的需要向TCGA申請使用權限,而大部分普通用戶只能訪問Level3的部分處理及標準化的數據。
  • TCGA資料庫任意腫瘤任意基因,隨意分析
    4 任意一個基因在任意一個腫瘤，或腫瘤的某種特徵中的生存分析讀取數據 這一步耗時較長（如果這個過程你的電腦hold不住了，可以直接用後面整理好的數據，開始作圖）rm(list = ls())library(tidyverse)#讀取數據ALLdata <- data.table::fread("t
  • TCGA數據下載 | TCGAbiolinks、gdc-client、UCSC、官網等方式下載TCGA數據
    ) ，來搜索、下載和準備TCGA相關數據，以便在R中進行分析。應該是TCGA伺服器的問題0.0為了避免下載失敗可以對數據進行拆分GDCdownload(query,method = "api", files.per.chunk = 20)# 拆分下載，減少下載失敗風險method：
  • 工具篇丨三大經典在線生存分析工具測評(含教程)
    在腫瘤相關研究中，一張精美的生存分析圖，已經成了腫瘤研究高分文章的標配。好的臨床預後效果，往往在一定程度上決定了文章發表的層次。然而對剛剛拿到一個新基因的新手來說，生存分析永遠是跨不過去的一個坑：預後結果不顯著了？出圖被吐槽太醜了？沒關係，今天大師姐親手抱你出坑！
  • 把tcga大計劃的CNS級別文章標題畫一個詞雲
    TCGA計劃官方文章在：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga/publications全部的標題的英文很容易提取和整理，如下：Comprehensive
  • 使用TCGAbiolinks下載TCGA的數據
    TCGAbiolinks是一個分析處理TCGA數據的R包，通過GDC API來查詢和下載TCGA的數據，同時提供了差異分析，生存分析，富集分析等常見的分析功能，網址如下http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCGAbiolinks.html
  • 生存分析在線工具2020年4月吐血整理!
    老的生存分析在線工具不斷更新的同時，新的工具不斷湧現，真是讓人應接不暇。今天在這將現有的這些工具做一個綜合整理。關於在線分析軟體相關文獻的發表期刊和年份我分別用紅色和黑色加粗字體標記了，在選擇相應工作的時候可以作為參考。加了的是網頁使用比較順暢的。
  • 高分生信必備的TCGA資料庫一站式分析神器！真捨不得告訴你
    「Expression in Normal vs Tumor」 分析模塊使用的是標準化的RNA-seq數據，使用錯誤發現率（FDR）校正的Student t檢驗，可以在癌症和正常組織之間進行差異表達分析。
  • 如何使用Excel進行數據分析?
    各項因素對結果的影響可以使用Excel 的相關係數工具來進行分析，通過對比各項因素的相關係數來判斷客觀的影響力度。1.注意事項數據分析的對象雖然不僅僅局限於純粹的數字類信息，但是Excel 分析工具只能對數據類信息進行處理。
  • 迷你世界:從環境進行分析,萌眼星球能否生存?
    #迷你世界攻略#很多玩家們都習慣了在迷你世界最普通的地方進行生存玩家們進入到萌眼星的時候面臨第一個問題就是在萌眼星中的氧氣是有毒的所以就代表了玩家們無法在萌眼星中進行長期生存下去，所以想長期進行生存的話就必須進行解決氧氣的問題，但是又不是一個長遠之計只能使用氧氣背包，但是氧氣背包的時間又不是無限長，所以這個時候就使得玩家們難以在萌眼星中進行生存下來。
  • 使用OrthoFinder進行直系同源基因分析
    該軟體持續更新，安裝更加友好，因此我決定使用它來做直系同源基因的相關分析。OrthoFinder能做什麼？此外他還能分析所提供物種的系統發育樹，將基因樹中的基因重複事件映射到物種樹的分支上，還提供了一些比較基因組學中的統計結果。OrthoFinder的分析過程OrthoFinder的分析過程分為如下幾步:BLAST all-vs-all搜索。使用BLASTP以evalue=10e-3進行搜索，尋找潛在的同源基因。
  • 使用OriginLab進行PMT能譜分析
    PMT的能譜分析主要涉及兩個方面，一方面是對ADC的採樣值進行分析確認ADC採樣正確。另一方面是對ADC的採樣值進行積分，針對此積分值進行分析，即所謂的PMT能譜分析。
  • R數據分析:生存分析的做法和結果解釋
    生存分析研究的我們感興趣的事件發生的時間的分布情況。這裡面的「生存」不一定指存活，因為生存分析在醫學隨訪數據中用的很多，而這類數據的隨訪終點往往就是病人死亡，所以才叫做生存。生存分析研究的時間分布也不一定是真的時間，比如我想研究汽車使用時間與汽車發生故障之間的關係，因為汽車很多時候是閒置的，所以這種情況下，時間應該為汽車行駛的裡程數。
  • 使用IMonitor進行免疫組庫分析
    > 其實前面我們已經分享了MiXCR，還有igblast，這兩個免疫組庫上遊分析軟體已經夠用