2007年9月21日《生化危機》系列電影迎來了第三部。第三部的主要拍攝場景轉移到了沙漠，而電影中的喪屍也從科恩市擴散到了整個世界，而造成這一事件的罪魁禍首卻還是躲在地下繼續研究T病毒。電影一開始還是和前幾部一樣將之前發生的事情大致概括了一遍。
這一部開頭的劇情並沒有和上一部銜接上，而是又重複了一些第一部的劇情，雖說後面的劇情中還是有提到第二部最後的劇情，但是只用了短短的一句話就過去了，所以邏輯還是有點混亂。在第三部中威力巨大的核武器並沒有讓這場浩劫結束，而是變得更加的惡劣。但還是有很多的倖存者，卡洛斯·奧利維拉、L.J.等五人一起向北方的「潔淨之地」前行著。
此時女主還在沙漠中獨自前往北方，在聽到卡洛斯等人呼喚倖存者時她並沒有選擇和他們一起，而是到了第二天早上看見大群的鳥後才跑過去救他們。這些鳥已經不是普通的鳥了，而是一種食人鳥。女主可能是因為，想起了之前的事情，變動用力量將空中的鳥全都殺死了。
之後女主跟他們一起踏上了去往北方的路，一起打喪屍，為了保護被喪屍咬了的同伴，她只能殺回科恩市，從保護傘公司偷取血清。愛麗絲並非孤軍作戰。先前的五人「亡命」小組最終加入了愛麗絲懲惡揚善的隊伍，一同奔著陰森可怖的保護傘公司的總部殺將過去。在殺進去之後其他人坐飛機逃了出去，留下艾麗絲一人去找血清，當然艾麗絲並不是被她們拋棄了，而是自己主動留下來的。伊薩克斯已然為愛麗絲準備好了一切：強壯成群的殭屍、各種殺人陷阱、以及更令人毛骨悚然的可以在瞬間毀滅數百萬正常人的最新型的T病毒。
殺入保護傘公司總部之後，她首先遇到了「白後」，在「白後」的指引下她找到了亞瑟斯博士，但此時的亞瑟斯博士已經被病毒感染，因為不斷地往自己身上注射血清，導致了他自己最後變異成了一個怪物。亞瑟斯博士的一句「我本以為你是整個世界的希望，但現在看來我才是。」整個世界都是被他們毀掉的，還不知悔改的繼續研究病毒，這個博士未免有點太高傲了，從不會去尋找問題的原因，不會尋找自己的錯誤，最後他也是死在了自己創造的艾麗絲的「克隆體」的手上，這也是自作孽不可活啊。
在電影結束時兩個艾麗絲站在了一起，此時他們都很明白自己都是「克隆體」，她們的周圍全都是艾麗絲的克隆體被孕育在「水泡」中。看著那麼多的克隆體可以想到當時的科技技術到底有多好，但是在電影中並沒有看見她們的本體出現過，那麼現在回想前兩部電影，出現的是本體還是克隆體呢？這是一個值得深思的問題。如果所有的克隆體都被叫醒，那麼多的艾麗絲又會發生什麼樣的事情，讓我們一起來期待下一部吧。