TSGene:腫瘤抑癌基因資料庫

2020-10-18 生信修煉手冊

抑癌基因tumor suppressor gene，簡稱TSG,是一類存在於正常細胞內，可以抑制細胞生長並且具有潛在抑癌作用的基因。TSGene是一個從文獻中收集整理的抑癌基因資料庫，文章發表在Nucleic Acids Research，連結如下

https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D970/1074154

資料庫的網址如下

https://bioinfo.uth.edu/TSGene/

最新版本為v2.0版本，共收錄了1217個human TSGs, 其中包含1018個蛋白編碼基因和199個lncRNA，同時對這些基因進行了多種注釋，包括表達量，突變位點，蛋白相互作用等注釋信息。通過官網的Query菜單，可以檢索基因的詳細信息，以BRCA1為例，結果如下

1. General information

包含了基因名稱，染色體位置，對應的pathway與疾病，序列等信息，示意如下

2. Literature

展示了該基因相關的文獻和摘要信息，示意如下

3. Expression

展示該基因在不同腫瘤的正常和患病樣本的表達量信息，以及差異分析的結果，示意如下

4. Regulation

包含了以下四種調控信息

  1. miRNA與該基因的調控關係

  2. 轉錄因子與該基因的調控關係

  3. 該基因的轉錄後修飾

  4. 該基因的甲基化表達譜

利用miRTarBase資料庫中的miRNA靶基因信息，提供了如下所示的miRNA調控網絡，示意如下

利用TransFac資料庫提供了調控該基因的轉錄因子信息，示意如下

利用Uniprot資料庫提供了該基因的轉錄後修飾信息，示意如下

利用DiseaseMeth資料庫提供了該基因上的甲基化位點表達譜信息，示意如下

5. Variant

利用COSMIC資料庫，提供了該基因上的體細胞突變和CNV位點信息，體細胞突變的結果示意如下

6. Interaction

提供了基因的相互作用信息，其相互作用來源於多個資料庫，示意如下

資料庫中的信息是免費下載的，這個資料庫和ONGene資料庫正好互補，對於腫瘤研究而言，這兩個資料庫都非常值得參考。

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