rboAnalyzer丨有了它,做生信分析更容易了

2021-02-15 南博屹生物

我們一般做數據挖掘時都是通過BLAST或其它相似工具在資料庫中尋找大量相似的序列，然而因為搜索得到的序列結果與資料庫中的主題序列存在部分匹配，大大增加我們翻譯、解釋這些結果的難度。

在今年7月來自捷克的Schwarz課題組在Frontiers in Genetics發表了著作，他們開發了rboAnalyzer軟體，主要針對非編碼RNA，以自動化工作流程取代手動工作，可有助於解釋序列搜索結果。

（圖片來自於：

https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00675）

 

rboAnalyzer 軟體操作步驟簡單地分為三步

1) 把部分匹配擴展到其可能的全長序列。

2) 識別主題RNA的同源性。

3) 預測二級結構。

rboAnalyzer 在Linux系統上運行，利用具有Biopython、NumPy、Pandas、matplotlib和Jinja2的Bash和Python 3操作。Schwarz課題組用該軟體對放線菌的分歧桿菌ms1 RNA的同源性分析做了示範，你看：https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00675）他們選取3個不同質量的高分值片段對HSP，圖5A代表的是高質量HSP，HSP 覆蓋了查詢序列的很大一部分，但間隙相對較少，表明查詢序列與主題RNA具有很強的相似性，從而表明它們的同源性。高序列相似性導致精確擴展的全匹配，使得能夠預測由 Turbofold 和 rfam-Rc 預測最好表示的準確二級結構。圖5B代表的是同源性RNA，5C代表的是非同源性RNA。rboAnalyzer 軟體能夠準確地識別同源性。事實上，ms1 RNA是個唯一的細菌RNA，而非同源性HSP的存在於真核細胞。這篇文章的作者認為rboAnalyzer軟體是必需的，因為通常只有全長序列才能對RNA做有效分析。二級結構、同源性和功能鑑定的預測分析也同樣重要。

 

 

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