歐盟自2006年1月起全面禁止在畜禽飼料中添加抗生素，我國在飼料中批准使用的抗生素種類也在逐漸減少。人們開始紛紛尋求其它的替代品和替代技術，以保證畜牧業生產的效率與效益不受影響。同時飼料和糧食生產一直是我國國民經濟的薄弱環節。由於受人口增長、耕地減少和肉食品消費增加的影響，我國糧食供需平衡十分脆弱。我國人均佔有糧食一直在400kg以下，其中糧食總產量的40％左右用於飼料生產。在耕地和水資源長期緊缺的情況下，我國糧食產量已很難提高，飼料資源短缺的問題長期制約著我國畜牧業的發展。因此發展高效飼料工業，生產生態健康型飼料是當務之急。
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1、微生物發酵飼料定義
發酵飼料是指在人工控制條件下，微生物通過自身的代謝活動，將植物性、動物性和礦物性物質中的抗營養因子分解或轉化，產生更能被畜禽採食、消化、吸收且無毒害作用的飼料原料。通過發酵處理的飼料不僅具有改善飼料營養吸收水平，降解飼料原料中可能存在的毒素，還能起到促進生長，維持動物體內微生態平衡，增強機體的免疫力，防病治病的作用。
2、微生物發酵飼料菌種
我國農業部 2003年12月發布的第3l8號公告「飼料添加劑品種目錄」中有l5種：地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、兩歧雙歧桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、乳酸腸球菌、嗜酸乳桿菌、乾酪乳桿菌、乳酸乳桿菌、植物乳桿菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、產朊假絲酵母、釀酒酵母、沼澤紅假單胞菌。目前市場上用於飼料發酵的益生菌種類主要是乳酸菌、芽孢桿菌、酵母和黴菌。
乳酸菌是應用最早、最廣泛的益生菌，是一類能在可利用的碳水化合物發酵過程中產生大量乳酸的細菌的總稱。通常為厭氧或者兼性厭氧菌，耐酸，在pH值為4.5以下時仍可生長，研究發現代謝產物和活菌液對革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌都有很強的抑菌效果 ，隨著pH值的降低抑菌作用逐漸變強，活菌體內和代謝產物中含有較高的超氧化物歧化酶(SOD)，能增強動物的體液免疫和細胞免疫。
芽孢桿菌是一種能夠產生芽孢的好氧菌，能耐受高溫、高壓和酸鹼，生命力強。芽孢桿菌能夠耐受胃酸和消化道上段膽鹽和消化液破壞，在到達消化道下段以後出芽生長繁殖；芽孢桿菌是好氧菌，在消腸道內消耗大量的氧氣，維持腸道厭氧環境，從而促進乳酸菌雙歧桿菌等厭氧益生菌的生長，抑制需氧致病菌的生長，維持動物腸道的菌群平衡。芽孢桿菌能夠產生維生素B1、B2、B6等B族維生素、維生素C、蛋白酶、澱粉酶和脂肪酶等酶以及多種代謝產物，對飼料的降解消化吸收和動物的營養代謝起到促進作用。
酵母是一類非絲狀真核微生物，一般泛指能發酵糖類的各種單細胞真菌，酵母菌體中含有非常豐富的蛋白質、B族維生素、脂肪、糖、酶等多種營養成分。大量的應用研究試驗證明，酵母在提高動物免疫力、提高動物生產性能和減少應激等方面均起作用。飼用酵母的主要種類有啤酒酵母和產朊假絲酵母。啤酒酵母除用於釀造啤酒及其他的飲料酒外，還可發酵麵包。菌體維生素、蛋白質含量高，可作食用、藥用和飼料酵母。產朊假絲酵母能發酵葡萄糖、蔗糖、棉子糖，能同化硝酸鹽。產朊假絲酵母的蛋白質含量和維生素B含量均高於啤酒酵母。它能以尿素和硝酸鹽為氮源，不需任何生長因子。特別重要的是它能利用五碳糖和六碳糖，還能利用造紙工業的亞硫酸、木材水解液及糖蜜等生產人畜食用的蛋白質。
常用的黴菌有根黴、黑麴黴、米麴黴等。黴菌可利用分解纖維素和澱粉。
3、微生物發酵飼料的種類
微生物發酵飼料按照水分含量的多少可分為液體發酵飼料和固體發酵飼料。液體發酵飼料國外使用較多，普遍採用飼料中天然存在的乳酸菌、酵母發酵；而國內普便使用微生物發酵劑或菌種，使用固體發酵飼料技術。
3.1 益生菌液體發酵飼料
國外在製作微生物液體發酵飼料時一般不添加菌種，自然發酵而成，在發酵好的液體發酵飼料微生物菌群中佔據主導地位的是乳酸菌。Winsen提出的液體發酵飼料指標被廣大研究者認同：pH
3.2 微生物固體發酵飼料
微生物固體發酵飼料的種類，大致可分為：全價發酵飼料、發酵濃縮料、發酵豆粕、酵母培養物和其他發酵產品。
3.2.1 全價發酵飼料
全價發酵飼料是在營養均衡全面的無抗生素全價配合飼料中加入微生物和水，混合後在適當的溫度下經厭氧或好氧發酵而成的飼料。該類飼料不僅能全面滿足動物的營養需要，還能增加多種消化酶有機酸、維生素、多肽、小肽、胺基酸的含量，富含大量的益生菌。具有明顯的促生長、防治疾病等生物學效應，對腸道疾病的控制效果好，並能節約生產成本。
3.2.2發酵濃縮料
發酵濃縮料是將不含抗生素的濃縮飼料與微生物和水等混合後發酵而成的非全價飼料。發酵濃縮料跟全價益生菌發酵飼料相比只是在製作時少添加能量飼料，其他的功能作用相同，具有體積小運輸使用方便的優點 ，是最具市場前景的一類產品。
3.2.3發酵豆粕
發酵豆粕是一種以豆粕為原料，經微生物發酵而成的富含小肽的高檔飼料蛋白質。由於小肽營養機理研究的深入 、益生菌發酵豆粕在飼料中應用的優良效果以及全球魚粉產量減少價格走高等原因，益生菌發酵豆粕 目前成為飼料行業中的熱點。益生菌發酵豆粕中小肽含量高低和抗營養因子消除程度與發酵所使用的微生物菌種及發酵工藝息息相關，在生產中一般採用多種益生菌搭配使用，促進酶解，分解抗原和抗營養因子，經過多種益生菌分階段發酵酶解，使蛋白質得到充分降解，產品富含多種活性小肽、益生菌、生物活性酶等。益生菌發酵豆粕在我國許多地方已大批量生產，在高檔飼料中作為優質飼料蛋白的植物蛋白源。
3.2.4 酵母培養物
從目前國內外用得較多的酵母培養物產品來看主要分為兩大類：一類是以酵母活細胞為主要功能部分的酵母培養物；另一類以含有的大量的酵母代謝產物為主要功能部分的產品，並不強調活細胞的作用，產品主要由酵母代謝產物、酵母菌體和經過發酵後變性的培養基所構成。酵母培養物可明顯提高反芻動物的生產性能。
3.2.5 其他發酵產品
除了以上介紹的已進行大規模工業批量生產的益生菌發酵飼料外，還有其他各具特色的發酵產品如：青貯飼料；對棉籽餅 (粕)、菜籽餅 (粕)和油茶枯餅等進行發酵脫毒而製成的飼料蛋白；用工業廢棄物如甜菜渣、啤酒渣、豆渣、檸檬酸渣、玉米澱粉渣、果渣等製成的發酵飼料；用農業廢棄物秸稈等製成的發酵飼料等。