隨著新的冠狀病毒在全球傳播，科學家們正在努力了解它的來源。在疫情爆發的最初幾天，流行的理論認為，病毒來自武漢的海鮮市場。這些市場出售活的動物以及肉類等，而且通常以野生動物為特色。但專家們現在表示，武漢冠狀病毒的真實來源可能更加複雜，並鼓勵更廣泛地尋找這種疾病的來源。
了解一種疾病的起源非常重要，因為它有助於流行病學家追蹤和預防其傳播，也因為一種病毒的基因構成可以為疫苗和治療的設計提供信息。傳染病起源的細節也可以幫助決策者找出如何預防未來的疫情爆發的方法。
對該疾病的基因組進行測序，並將其與其他冠狀病毒株進行比較（如SARS、MERS），結果有點類似於蝙蝠冠狀病毒。
蝙蝠被認為是SARS和MERS的源頭。它們有一個不尋常的免疫系統，可以耐受許多不同的病毒而不造成傷害，包括狂犬病和冠狀病毒。它們的飛行能力使它們與許多其他動物接觸，這增加了疾病進化和傳播的可能性。但即使蝙蝠被證實是這場傳染背後的元兇，它們的參與也無法告訴我們2019-nCoV是如何傳染給我們的。
流行病學研究追蹤感染者並將他們可能感染病毒的地方拼湊在一起，可以產生互補的見解。對2019-nCoV的早期報導顯示，許多病例與武漢市的華南海鮮市場有關聯。媒體報導稱，市場上採集的585份樣本中，有33份與冠狀病毒的DNA匹配，其中31份來自出售海狸和蛇等未馴化生物的區域。新華社報導：「研究結果表明，新型冠狀病毒的爆發與野生動物交易密切相關。」
但是，對這種疾病的外部研究表明，這種疾病可能根本不是來自市場，而是進入了市場。由於該病毒的潛伏期似乎長達14天，而且第一例報告病例出現在12月1日，所以最初的人類感染可能發生在11月。由於這種病毒在許多人身上只表現出類似感冒的症狀，所以在衛生官員知道要找什麼之前，零號病人都可能早就把它傳播給其他人。這意味著它可能在進入市場之前就已經感染了人類。
在美國傳染病學會的全球健康博客上發表的一篇採訪中，科學家們呼籲不要只盯著華南海鮮市場，病毒可能在「一個或多個市場」發生了人與動物之間的傳播。
科學家表示，新病毒起源於海鮮市場的廣泛報導，與2003年非典時的情況類似。許多人將這場最終導致774人死亡的SARS歸咎於果子狸。後來的研究進一步追溯了這種感染，表明它最初是由蝙蝠傳染給果子狸的。這種疾病並不是從果子狸開始的，它們只是進化過程中的一步。要真正了解病原體的起源和進化，你必須更仔細地觀察。
2019-nCov的起源仍然是個謎，但華南或其他市場很可能幫助了它的傳播。科學家說：「在我們確定新病毒的起源之前，基因測序和流行病學調查分析方面還有很多工作要做。」