如今國家及相關監管部門對實驗室的管理和要求越來越嚴格，但是呢，檢驗檢測實驗室可以通過LIMS實現管理水平的提升與檢測效率的提高，從而不僅可以達到認證標準也可以進一步減少實驗室運作成本。
比起傳統模式下人工操作歸檔記錄，實驗室信息化LIMS系統的運行可以降低大量重複的繁瑣的易出錯的實驗室記錄操作，而在LIMS管理過程中必然會產生一系列的電子歸檔文件，那麼在LIMS中是如何做到實驗室各類文件及檔案的管理呢。
首先，電子檔案設置
以一個普通的第三方檢驗檢測實驗室來舉例，其實驗室的主要業務是將客戶所需要檢測的樣品根據其要求進行檢驗檢測，並出具檢測報告。
所以說呢，在其所適用的LIMS中，實現了全流程的全程電子化，主要的工作流程是：
合同評審人員接收並在LIMS中登記客戶送檢樣品及要求（電子原始記錄）——業務受理人員分配電子任務——實驗室主管安排檢測任務給檢測人員（權限設置，任務安排）——檢測人員開展檢測——檢測後提交電子原始實驗記錄給校核人員（權限設置）——校核無誤後提交授權籤字人審核(電子籤名)——審核無誤後提交審核稿編制人（權限設置）——審核稿提交實驗室主管審核（權限設置）——審核無誤後提交報告編制人（權限設置）——編制完成提交報告審核人（權限設置）——審核無誤後交報告發送人（權限設置）——發送檢測報告（電子報告，支持下載列印）。
當所有的流程走完後，LIMS系統中自動報告發放人員點擊歸檔，該任務的相關原始記錄和報告以及任務單等歸檔材料便進入「歸檔模塊」。
第二，電子檔案整理
對於有些檢測範圍較廣的檢驗檢測機構來說，檢測報告類型複雜，為便於管理，可按不同行業領域建立獨立的編號，該編號具有唯一性，從接收樣品登記開始一直跟隨著所有的材料和流程，直到歸檔。
檔案管理人員每天登錄系統，對接收到的歸檔材料按領域進行分類，填寫材料保存期限和材料查閱級別，以該項檢測業務的唯一性編號作為檔案號，統一對文件命名後建立目錄並將歸檔材料邏輯歸檔到檔案管理模塊。
由於檢測報告的特殊性，經常會出現客戶想補測或修訂的情況，若是該歸檔材料有後補或修訂更替內容，要通過另一個文件審批流程，經過申請、審批，點擊歸檔後，由檔案人員進行歸檔材料的變更操作。
第三，電子檔案管理
在LIMS系統的檔案管理模塊中，有歸檔材料的利用服務功能。需要借閱檔案的人可以在系統上完成申請查閱，線上審批，網上查閱。首先檔案申請人進入檔案利用欄，輸入需要閱覽的檔案號（即該檢測業務的唯一性編號）或關鍵詞，檢索出該檔案目錄，點擊借閱申請，註明利用目的。
提交申請後進入技術負責人審批程序，審批後流程進入檔案管理員，檔案管理員設置完該借閱人的閱讀權限後通知借閱人，借閱人便可在網上瀏覽到該檔案。使用歸還後，檔案管理人便可關閉權限。系統便會自動記錄借閱人，借閱時間，歸還時間及在借狀態。
LIMS系統能根據保管期自動判斷並提示到期，對已到達保管期限的文件，檔案人員講導入銷毀模塊，利用銷毀模塊的功能，編制好銷毀文件列表，並上傳相關領導審核，審核通過方可銷毀，銷毀後的檔案目錄講轉入「已銷毀」模塊。對於一些到期但還有保存價值的檔案，將通過程序識別，自動保存到「長期保存模塊」，以減輕系統壓力。
實驗室檔案由傳統的純手工紙質記錄管理模式向電子化的管理模式轉變早已是一種趨勢，實驗室信息化管理LIMS系統中的檔案管理功能改變了原來檔案資料靠紙質載體來傳遞、審核、歸檔，效率低下，且由於日益增長的紙質檔案在保管上受空間制約的現狀。在利用工作上也得到了新的突破，隨時隨地了解跟蹤實驗進度，掌握整體實驗室狀態，信息檢索方便快捷，不受空間和時間的限制，提高了各項檢驗檢測工作的效率。