通常我們是只做柱狀圖進行多維比較,但如何加入p value統計檢驗。
註:主要使用R中ggpubr包處理
https://www.jianshu.com/p/b7274afff14f
https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/79334448
可能遇到的問題,如果安裝不上ggpubr,可以試試如下方法:
install.packages("ggpubr", repo="http://cran.us.r-project.org")
如果依然不行,可以用如下方法:
if(!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("kassambara/ggpubr")
如果還是不行,
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggpubr")
如果再不行,可能是R版本問題導致,請自行解決。
compare_means()函數:可以進行一組或多組之間的比較,在作圖時選擇正確的統計方法(T-test,秩和檢驗,方差分析,KW檢驗)
stat_compare_mean():自動添加p-value、顯著性標記到ggplot圖中
最後,如果以上方法確實無法實現,但比較熟悉python,也可利用python和plotly可視化來實現。
Signature特徵圖譜(WES分析常用,每一種特徵反映了一種腫瘤體細胞突變的物理、化學或生物過程)