Cell文獻可視化技巧復現的心得體會

2021-02-15 二代測序

通常我們是只做柱狀圖進行多維比較,但如何加入p value統計檢驗。

註:主要使用R中ggpubr包處理

https://www.jianshu.com/p/b7274afff14f

https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/79334448

 

可能遇到的問題,如果安裝不上ggpubr,可以試試如下方法:

install.packages("ggpubr", repo="http://cran.us.r-project.org")

如果依然不行,可以用如下方法:

if(!require(devtools)) install.packages("devtools")

devtools::install_github("kassambara/ggpubr")

如果還是不行,

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("ggpubr")

如果再不行,可能是R版本問題導致,請自行解決。

 

compare_means()函數:可以進行一組或多組之間的比較,在作圖時選擇正確的統計方法(T-test,秩和檢驗,方差分析,KW檢驗)

stat_compare_mean():自動添加p-value、顯著性標記到ggplot圖中

 

最後,如果以上方法確實無法實現,但比較熟悉python,也可利用python和plotly可視化來實現。

 Signature特徵圖譜(WES分析常用,每一種特徵反映了一種腫瘤體細胞突變的物理、化學或生物過程)

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