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小晶片同時檢測16種動物源性成分
近日，深圳檢驗檢疫局動植物檢驗檢疫技術中心研製出國內首個具有自主智慧財產權的、可以同時檢測16種動物源性成分的基因晶片，該中心運用這一技術對市場銷售的動物產品進行了動物源性品種鑑定，對標識為「羊肉卷」的產品進行了16種動物源性成分的檢測，結果顯示該晶片對是否含有羊肉成分以及羊肉的種類均能作出準確的鑑定和識別。
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多重序列比對(MSA)分析工具怎麼選,看這一篇就夠了
原本以為可以快速地進行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列比對這一環節出現了棘手的問題。以前，我都是經過PRANK軟體進行多序列比對，然後再使用Gblocks軟體對數據進行過濾的。現在，由於師弟師妹在拼接CDS序列時，有些鹼基並不是保留3的倍數，造成很多編碼序列出現移碼突變，甚至變成了偽假基因（幾百個基因）。
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如何進行基因組序列比對?
、比對軟體、SAM文件拿到人基因組全外顯子illumina下機數據fastq文件之後，如何進行後續的變異檢測呢？首先要做的就是將測序得到的reads比對到人基因組參考序列上。隨著人類基因組計劃（Human Genome Project，HGP）的進行，International Human Genome Sequencing Consortium在2001年首次公布了人基因組序列的草圖，2003年人類基因組計劃宣布完成。
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基因測序技術在食品檢測領域的應用
基因測序技術是分子生物學研究和生物工程領域一項重要的基礎技術手段。近年來，測試技術的飛速發展，使檢測通量有了革命性的改進，同時大大降低了測序成本。此外，消費者對於食品安全越來越重視，無論是生產者、消費者還是監管檢測機構，都需要開發更精確、更高效的檢測方法，基因測序技術正迎合了這樣的需要，故而，基因測序技術與食品檢測領域的結合也應運而生。
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轉基因食品的檢測方法
PCR定性檢測是高靈敏度的DNA水平檢測，但常伴有各種假性結果出現：（1）DNA提取時產生的各種反應抑制因子，使PCR呈假陰性；（2）產品深加工時核酸被破壞成碎片，含量極低，使PCR呈假陰性；（3）當作物受到花椰菜花葉病毒的感染而帶有35S啟動子或因農桿菌感染而帶有nos終止子時，PCR呈假陽性；（4）實驗室的殘留汙染使檢測結果呈假陽性；（5）在收穫、運輸或加工過程中轉基因食品
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科學家發明蛋白序列比對新工具
：HHblits，這是一種能極大增加蛋白功能性分析技術的軟體，能通過新穎的序列尋找方法，更快更準確的識別資料庫中具有相似序列的蛋白，比現有的方法能快2500倍！ 領導這一研究的是慕尼黑大學基因中心的Johannes Söding博士，他表示，「我們的方法能延伸序列分析的廣度和力度，從而能方便之後的蛋白結構和功能的解析。」 蛋白存在於生命中幾乎所有生化過程中，一個蛋白的功能很大程度上依賴於其20種胺基酸排列組合的順序，以及胺基酸序列組成的三維空間結構。
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基因晶片技術在轉基因食品檢測中的應用
基因晶片技術是20世紀90年代興起的前沿性生物技術。該技術具有快速、高效、大規模、高容量、高並行性等特點。轉基因食品是用轉基因生物技術生產和加工的食品，也叫基因修飾食品（GMF)，具體包括2類：包含基因修飾組分的食品和食品基料；由基因修飾生物生產，但並不包含基因修飾組分的食品。轉基因食品作為一種新型的食品種類，其安全性一直是人們所關心的熱點。
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Nat Methods:蛋白序列比對新工具HHblits更快更準
，更快更準確的識別資料庫中具有相似序列的蛋白，比現有的方法能快2500倍！。領導這一研究的是慕尼黑大學基因中心的Johannes Söding博士，他表示，「我們的方法能延伸序列分析的廣度和力度，從而能方便之後的蛋白結構和功能的解析。」
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BBRC:章張等開發出編碼蛋白質DNA序列並行比對工具ParaAT
近日，國際雜誌Biochemical and Biophysical Research Communications在線刊登了中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室「百人計劃」章張研究員團隊的最新研究成果，研究者成功開發出「編碼蛋白質DNA序列並行比對工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation
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武漢金銀潭醫院上線AI全基因檢測平臺 可識別16800種病原微生物
人民網北京3月13日電 （記者楊虞波羅）今日，武漢金銀潭醫院上線病原宏基因組檢測平臺，通過引進達摩院醫療AI技術，可同時完成新型冠狀病毒和其他16800多種病原微生物的全基因組序列檢測，可為新冠病毒肺炎引起的繼發、並發感染迅速找到病原，以此實現精準診斷，提高救治效率，降低病死率。
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Methods:德發明蛋白序列比對新工具——HHblits
HHblits是一種能極大增加蛋白功能性分析技術的軟體，能通過新穎的序列尋找方法，更快更準確的識別資料庫中具有相似序列的蛋白，比現有的方法能快2500倍！領導這一研究的是慕尼黑大學基因中心的Johannes Soding博士，他表示，「我們的方法能延伸序列分析的廣度和力度，從而能方便之後的蛋白結構和功能的解析。」
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BBRC:章張團隊研究開發出DNA序列並行比對新工具
最近，中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室「百人計劃」章張研究員，帶領其團隊成功開發出「編碼蛋白質DNA序列並行比對工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）」。
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序列比對綜合分析軟體
PhyloGrapher（2003.4.3）用來顯示與研究相類似的基因與蛋白序列之間的進化關係的軟體。Vector NTI Advance 11.5.2 Demo綜合性蛋白核酸分析工具包，非常有名。SeWeR 3.0基於WEB的常用序列分析工具集。WinBlast v.0.2.0免費的NCBI BLAST程序windows界面程序。
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STAR-Fusion帶你深入了解融合基因
因此，準確檢測出融合基因/轉錄本，對於這類腫瘤疾病的預防、治療和全面理解有重要的意義。左側步驟，識別基因組不一致的比對信息將測序reads與基因組進行比對定位，從中尋找Junction/Spanning_reads；JunctionReadsCount指一條read覆蓋在假定的融合連接位點處，可以拆分匹配到融合位點兩側基因的reads數目;
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【科研工具】做序列比對,這個工具最好用!
在做基因分析的實驗室裡，經常要做序列比對（sequence alignment),多數人都會選擇用NCBI上的BLAST工具。其實，用一個名叫BLAT的工具，有時可以體驗到更好的比對效果。BLAST很常用，但在實際工作中，BLAST做序列比對有一些不足之處，例如比對分析速度偏慢，比對結果不直觀、難於處理，比對不能顯示基因內含子及其基因定位等等。相比之下，BLAT比對簡單方便，速度更快，可以做單一或多個序列的同時比對，還可以輸出直觀的比對結果。
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轉基因食品的檢測技術分享
轉基因食品大體上分為如下三類。 1、轉基因植物食品 由轉基因植物如轉基因的玉米、大豆、水稻、馬鈴薯、番茄、香蕉、蘋果、菠菜等生產加工而成。 2、轉基因動物食品 如轉基因的魚、雞、牛、羊等。目的主要通過導入外源基因或對自身基因加以修飾來使受體動物降低結締組織交聯度、改善肉質．或使受體生物個體肥大，或生產營養價值高的蛋、肉、乳等。 3、轉基因微生物食品 如轉基因微生物發酵而製得的葡萄酒、啤酒、醬油等，此類食品是利用轉基因微生物（如轉基因酵母和酶）的作用而生產出來的食品。後兩類轉基因食品目前在市場上還很少。
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中科院趙方慶團隊發表環形RNA定量和剪接體轉換識別的新方法
與常用的環形RNA分析軟體相比，CIRIquant可以更準確對環形RNA轉錄本進行識別和定量，並為環形RNA的差異表達分析提供了便捷的一站式分析工具。環形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的具有特殊環狀結構的非編碼RNA分子。已有文獻表明，在生物體內，環形RNA有著miRNA海綿，RBP海綿以及翻譯短肽等多項功能，在許多生物學過程中發揮著重要的作用。
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Nature子刊:趙方慶團隊提出環狀RNA定量和可變剪接體轉換識別的新...
同時，同一基因內部也可能產生多種不同的環狀RNA，基因內對環狀RNA產生位點的使用偏好，也在一定程度上反應了轉錄過程對環狀RNA產生的調控。因此，環狀RNA轉錄本水平的準確定量，是目前環狀RNA分析的重要基礎。
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快速準確檢測食品中石蠟含量
石蠟在國家標準GB2760中允許使用的範圍很小，質檢人員不會把它作為食品中的必檢項目，因此，具有很大的隱蔽性。 利用硫黃與石蠟在燃燒時的特徵反應，能定性地分析食品中石蠟的存在。筆者利用國產氣相色譜儀研究了食品中石蠟的定量分析方法，並採用氣相色譜——質譜聯用儀進行了比對試驗。試驗證明該分析方法簡單，準確度高，分析速度快，在質檢系統中具有實用性。
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常用在線序列比對工具
序列比對算法。多序列比對工具當然也支持配對序列比對，不過更多的是用來比對3條及以上序列，研究序列之間是否同源以及序列間的進化關係。序列相似性搜索工具主要是在一個序列資料庫中查找一條序列，找出與查詢序列最相似的序列。