蛋白質樣品的N/C末端序列分析，對於醫藥工業來說是非常重要的信息。目前N末端序列分析大多採取Edman降解法，但Edman降解法不能解決N端封閉和蛋白質修飾的測序問題，而質譜法測序則不受限制。蛋白質的C末端分析，並不能採取類似N端胺基酸序列分析的化學分析。無論是國內要求，還是國外藥典，現階段都是採取質譜法對蛋白質樣品的C末端序列分析。20世紀80年代末發展的基質輔助雷射解吸電離（MALDI）和電噴霧電離（ESI）使質譜技術在蛋白質結構分析上的應用發生了革命性飛躍。肽段在質譜中的碎裂有一定規律，通常最容易斷裂的是肽鍵位置，得到分別命名為b離子和y離子的M/Z圖譜，分析圖譜得到蛋白質的N/C端序列。
「Edman降解法並不能解決所有的蛋白質胺基酸序列測定問題。」
電噴霧電離（ESI）質譜可以對蛋白質或者多肽樣品的N/C端胺基酸序列進行鑑定。APT為客戶進行N/C端胺基酸序列分析的儀器為LTQ-Velos，這是一種雙壓線性離子阱質譜，在定量和定性分析方面都具有優勢。由於高傳輸離子透鏡和快速掃描雙壓阱，LTQ-Velos顯著提高了碎裂能力，將碎裂時間縮短，同時提高質譜解析度。LTQ-Velos可以與液相色譜兼容，並同時快速分析大量蛋白質成分。
技術指標
進樣方式：Microspray；
毛細管溫度：200℃；
檢測方式：正離子；
多肽和多肽碎片的質量電荷比按照下列方法採集：每次全掃描（fullscan）後採集20個碎片圖譜（MS2scan）。
案例分析
抗體類蛋白質樣品的N/C端胺基酸序列分析
其中Trypsin酶解後的樣品經過LC-MS/MS分析後，得到和理論C端序列（************）相符合的MS2圖譜，此MS2圖譜為2電荷離子，Xcorr得分為3.3，超過可信標準的要求（Xcorr≥2.2），圖譜如下：
質譜法C端胺基酸序列測定的圖譜（實例），b、y離子匹配圖譜
Q&A
儘管Edman法技術已近乎完善，但仍有不盡人意之處，例如Edman降解法不能解決N端封閉的測序問題（環化、封閉）、被修飾的蛋白不能給出確切的信號，要求蛋白或多肽的純度在95%以上，靈敏度較低。質譜法不受N末端封閉的限制，能對側鏈基團翻譯後加工或化學修飾進行定位，靈敏度很高，因而具有其獨特優勢，與傳統的Edman降解法相互補。
抗體類蛋白質藥物分子重鏈C末端賴氨酸會有不同程度的缺失現象發生，質量控制中需要建立對這類現象的定性和定量分析方法。C端賴氨酸（K）缺失後，會造成供試品酶解後C末端多肽分子的序列發生變化，並且這兩種C末端多肽分子（缺失或者不缺失K）的定量結果可以反映蛋白質分子C端賴氨酸的缺失程度。
APT在合成供試品理論C端多肽分子和缺失賴氨酸C端多肽分子的基礎上，使用外標法建立起對供試品C端賴氨酸缺失程度的定性定量方法。