VASP教程之Phonopy聲子譜計算(Pymatflow篇)

2021-01-12 開源科學計算
計算固體聲子譜常用的方法包括有限位移、DFPT方法等,本文將為您帶來使用matflow簡化VASP結合Phonopy計算固體聲子譜的內容。這裡我們考慮的是Phonopy實現的有限位移聲子譜計算方法。該方法的核心是獲取體系原子間力常數,然後用於計算動力學矩陣等。其中力常數的計算需要經過如VASP這樣的計算工具進行提供。使用matflow,我們可以方便地用一行命令完成整個計算任務的輸入文件的生成提交。下面我們將以NaCl固體聲子譜的計算為例,展示如何使用matflow完成此項工作。


為了完成上述計算任務,只需使用Pymatflow一條命令即可:
~$ mflow vasp -r 7 --cif nacl.cif -d nacl-phonopy --pot auto --encut 300 --ediff 1.0e-6 --ismear 0 --sigma 0.01 --kpoints-mp 3 3 3 0 0 0

上述命令會在當前路徑創建nacl-phonopy目錄,然後在其下自動生成輸入文件並進行作業任務的提交。默認使用PBS作業調度器。參數--cif用於指定輸入的結構穩健,支持cif、xsd、xsf等格式。參數-d用於指定計算的工作目錄。--pot用於指定贋勢文件,這裡auto代表自動產生。--kpoints-mp用於指定Monkhorst Pack方案生成K點。其它參數如--encut、--ediff、--ismear等不需過多解釋,用於設置VASP的INCAR參數。你也可以通過--server指定其它伺服器類型,比如呂梁天河二號超算系統請使用--server llhpc參數。如果你只是想在本地單節點運行,請使用以下參數組合: --runopt genrun、--auto 0。


Pymatflow是一個用於第一性原理模擬的工作流自動化管理軟體,目前支持的計算程序有VASP、Qutum ESPRESSO、Abinit、SIESTA、CP2K。http://pymatflow.readthedocs.org/https://pymatflow.readthedocs.io/en/latest/manual_cn.html此公眾號為Pymatflow開發者所運營,歡迎關注以獲取更多關於Pymatflow和第一性原理計算的精彩內容。

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