Learn VASP The Hard Way (Ex-0)

 

Ex0: 學習前的準備工作

在學習本書時,大師兄們會默認讀者掌握了一些基本的電腦操作技能,以及化學的基本常識。本章列舉出一些常用的計算工具和軟體,以及假設大家掌握的一些技能。如果沒有達到基本的要求,那麼請在學習前面幾章的同時,抓緊提升自己的能力。 化學的基本知識如果沒有掌握,不建議學習本書。

 

1 心態:主動行動,主動思考

學習過程中要時刻抱著主動去解決問題的心態,

1.1) 遇到不會的問題,主動去查找解決方法;

1.2) 遇到不懂的基礎知識,主動去找教科書;

1.3) 遇到什麼好的資源,書籍,課件等,主動去網上搜索,下載;

1.4) 主動去做本節的練習或者重複其他人的計算。

1.5) 沒事就去官網溜達,求助的話第一反應就是去找官網的論壇!

1.6) 前面說的主動是對於你自己來說的,別碰到不會的就主動求助別人,這樣你很難得到提升;

1.7) 很多人都是做實驗的,被老闆強迫做的計算,但老闆屁都不懂,在這裡,大師兄建議你找個做計算的組,讓老闆派你去交流一段時間,別自己在那裡瞎搗鼓。

1.8) 很多人吐槽計算化學是個坑,既然你選擇了這條路,要麼抓緊改行,要麼請避開這些負能量的說法。無論放棄或者堅持,都要拿出你自己的判斷力出來,請不要再聽別人在你耳邊瞎逼逼。個人的理解是，計算化學可以使你的視野更加開闊，思維方式更加靈活。不論是否繼續相關的研究，對今後的發展總會有所幫助。

 

 

2 作業系統:

2.1) Windows 系統:會使用Windows系統:會開機,打字,安裝軟體;

2.2) Linux 系統, 推薦使用 Ubuntu16.XXX版本的系統(強烈推薦使用linux系統,但不局限於Ubuntu系統);

2.3) Mac 系統(大師兄周圍很少用的,這裡就忽略掉了....)。

 

3 文本編輯工具(列舉幾個)

3.1) 初步使用遠古神器vim, linux自帶,如不會,慢慢學習(這個必須學);

3.2) notepad++:  https://notepad-plus-plus.org/  (Windows用戶,要求會創建文件,輸入內容並保存文件!這個軟體必須學會使用!);

3.3) Atom:https://atom.io/ (這個Atom是文本編輯工具,不是原子的意思,Windows,Linux均可使用,要求會輸入文件,保存文件。裝X神器,單身狗們可以拿來給小師妹們炫耀!);

3.4) 記事本等其他編輯工具,大家根據自己的喜好進行選擇;(強烈不建議!可以說是厭惡甚至杜絕使用!)

注意1: Windows下面編輯的文件如果想在linux伺服器上運行,由于格式問題,最好先執行:dos2linux 這個命令。

注意2: Windows用戶計算出錯了,一定要首先想到 dos2linux 這個命令來解決問題!!!

 

4 常用建模相關軟體:

4.1) Material Studio 

自行下載（百度裡面一大堆）,安裝（教程也是一大堆）。

PS:  默認已經安裝成功,會不會使用暫且不要求; 不要問我從哪裡下載,安裝出現問題也不要找我解決! 這個自行百度即可搞定。

4.2) p4vasp 

網址：http://www.p4vasp.at

Linux,Windows均可安裝,Linux下功能更加強大,

Linux下安裝(Ubuntu系統): sudo apt-get install p4vasp  (一行命令搞定!!!)

注意: Ubuntu17.XXX 版本p4vasp會出現問題,建議大家使用16.XXX版本。

Windows:下載程序,解壓,雙擊圖標即可運行。(可以在大師兄QQ群文件中下載,也可以在其他群文件中搜一搜)

4.3) VESTA 

Linux,Windows均可,小日本的良心軟體,

linux下安裝: 下載binary程序文件,本人解壓後放到了/opt/VESTA-x86_64目錄, 編輯 ~/.bashrc 文件

export VESTA=/opt/VESTA-x86_64

把目錄添加到PATH裡面

PATH="$HOME/bin:$OPENMPI/bin:$VASP:$VMD:$MOLDEN:$MOLEKEL/bin:$GAUSS_EXEDIR:$g09root/gv:$VESTA"

運行的時候,在終端裡面輸入 $ VESTA 即可

Windows下同p4vasp一樣,下載程序,解壓,雙擊圖標即可運行; 

4.4) Xcrysden

Linux下使用,可以批量生成圖片, 網址:http://www.xcrysden.org/      ;

4.5) Molden

Linux下使用,可以查看頻率振動等信息, 網址:http://wwwNaNbi.ru.nl/molden/   ;

4.6) VMD

Windows,Linux均可,功能極其強大,http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/   ;

4.7) 經驗豐富的,可以嘗試安裝下ASE(Atomic Simulation Environment),網址:https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ 

4.8) 其他程序等,vasp 官網列舉了一些, 可以參考下該網址: https://www.vasp.at/index.php/resources     ;

4.9) 注意事項: 不要過於糾結,擔心不會使用這些程序。 

剛剛開始,前面三個軟體能安裝成功就OK了(4.2是必須要安裝好的)。會初步使用更好,學習軟體跟學習vasp一樣需要時間的積累。

 

 

5 伺服器相關

5.1) 知道怎麼連接自己組內或者租賃的伺服器;

5.2) 初步使用linux命令:

   進入目錄 :cd;  

   移動文件(夾):mv;

   複製文件: cp;  

   複製文件夾記得用: cp -r ; 注意 cp 和 -r 直接有個或者N個空格, (這個一定要記住,因為後面學習過程你可能會遇到相關的錯誤!)

   創建文件夾:mkdir; 

   刪除文件: rm ; 

   刪除文件夾: rm  -r 

   強制刪除文件夾: rm -fr  或者 rm -rf  (f 和 r 的順序可以顛倒 )     

   顯示目錄下文件: ls,等命令;

   這裡大師兄就不再囉嗦了,老司機們自動略過,新手自行百度:linux 命令,你會得到鋪天蓋地的信息。

 

5.3) 組裡面已經安裝好vasp程序或者手上有可以正常運行的VASP。版本5.2以上最好。注意:我們在本書裡,不討論:

1) 怎麼下載VASP;

2) 去哪裡下載VASP; 

3) 去哪裡下載VASP的pseudo potentials

4) 怎麼安裝VASP;

5) 前三條命令禁止,杜絕在大師兄群裡提問,第四條VASP安裝遇到問題可以交流。

 

5.4) 自己組裡已經有提交任務的腳本,如果沒有的話,請

1) 找組裡的師兄師姐幫忙;

2) 第一個啃螃蟹的人,找老師解決或者伺服器商求助

3) 自行百度解決

 

  

6 程序學習 (建議大家學習兩個語言)

6.1) shell 語言,下面有分很多種,ash, bash, dash等等。其中的區別俺也搞不清楚,本人學的是bash ;

6.2) python: python是一款很容易上手的程序,有著豐富的資料庫支持;

注:learn python the hard way 是本人推薦的python學習書。(自行百度或者谷歌下載,不要問我從哪裡下,其他的參考書當然也可以。)

6.3) 初步學習下程序語言,一方面可以極大地提高自己的工作效率,另一方面也可以改變自己看待事物的思維方式。

 

 

7 總結: 

初學者學習本書,所必須具有的技能:

7.1) 熟練使用一個作業系統;

7.2) 會編輯文本,寫入和保存(Windows 用戶Notepad++必須掌握,linux用戶vim或者其他編輯器);

7.3) 安裝好或者會初步使用一款建模軟體,p4vasp 必須安裝在自己的電腦上。

7.4) 會連接伺服器,且已經安裝好了vasp程序;(這個大師兄幫不了你,自行找伺服器商或者其他售後人員解決)

7.5) 冰凍三尺,非一日之寒,即使自己是徹頭徹底的小白,也不必要擔心。相對於那些積累了很多錯誤經驗的人來說,什麼都不知道則具有更好的可塑性;

7.6) 大師兄要求:儘可能多地瀏覽VASP官網,閱讀手冊,最重要的是不要偷懶,遇到不會的東西或者困難,立刻記下來或者去解決,否則明天你就會忘掉;

7.7) 好東西要學會分享。

 

 

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